PDB-5jvk: Structural insights into a family 39 glycoside hydrolase from the...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jvk

タイトル

Structural insights into a family 39 glycoside hydrolase from the gut symbiont Bacteroides cellulosilyticus WH2.

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / Bacteroides / GH39 / phylogeny / Endo-glycoside hydrolase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacteroides cellulosilyticus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Ali-Ahmad, A. / Garron, M.L. / Zamboni, V. / Lenfant, N. / Bourne, Y. / Vincent, F.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: J. Struct. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural insights into a family 39 glycoside hydrolase from the gut symbiont Bacteroides cellulosilyticus WH2.
著者: Ali-Ahmad, A. / Garron, M.L. / Zamboni, V. / Lenfant, N. / Nurizzo, D. / Henrissat, B. / Berrin, J.G. / Bourne, Y. / Vincent, F.

履歴

登録	2016年5月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2016年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月29日	Group: Database references
改定 1.2	2024年5月8日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jvk.cif.gz	308.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jvk.ent.gz	247.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jvk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jvk_validation.pdf.gz	493.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jvk_full_validation.pdf.gz	501.4 KB	表示
XML形式データ	5jvk_validation.xml.gz	56 KB	表示
CIF形式データ	5jvk_validation.cif.gz	79.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jv/5jvk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6pkc-1 1j11-3 1j18-d 5lmg-2 1j0y-4 6ol7-4 4z37-d 2r0c-d 1j11-4 1j12-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

B: Uncharacterized protein

C: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

196 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.540, 157.540, 155.644
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 64834.320 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacteroides cellulosilyticus (バクテリア) 遺伝子: BcellWH2_03314 / プラスミド: pDest17 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A0N7IFL6
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-CXS / 3-CYCLOHEXYL-1-PROPYLSULFONIC ACID / 3-(シクロヘキシルアミノ)-1-プロパンスルホン酸分子量: 221.317 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₉NO₃S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 537 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.79 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.93 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 2 M AmSO4, 0.1 M CAPS pH 8 and 0.2 M LiSO4

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID29 / 波長: 0.8726, 1.2543

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年9月27日

放射

プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.8726	1
2	1.2543	1

反射

解像度: 2.5→48.9 Å / Num. obs: 71297 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 14.5

反射シェル

解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 2.7 % / R_merge(I) obs: 0.446 / Mean I/σ(I) obs: 14.5 / % possible all: 65.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.5→29.77 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 9.899 / SU ML: 0.208 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.403 / ESU R Free: 0.26 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24117	1429	2 %	RANDOM
R_work	0.20641	-	-	-
obs	0.20711	69794	92.02 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.956 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.01 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→29.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11487	0	106	537	12130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.02	11876
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	11187
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.112	1.972	16192
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.865	3	25810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.723	5	1467
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.562	24.767	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.829	15	1878
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.41	15	48
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.065	0.2	1806
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	13377
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2603
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.009	3.701	5877
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.009	3.7	5876
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.868	5.548	7341
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.868	5.548	7342
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.668	3.731	5999
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.668	3.731	5999
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.277	5.55	8852
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	3.635	28.074	12996
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	3.635	28.075	12997
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.342	74	-
R_work	0.303	3349	-
obs	-	-	60.97 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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