[日本語] English
万見
- PDB-5jvj: C4-type pyruvate phosphate dikinase: different conformational sta... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jvj
タイトルC4-type pyruvate phosphate dikinase: different conformational states of the nucleotide binding domain in the dimer
要素Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
キーワードTRANSFERASE / phosphotransferase / nucleotide binding / conformational transition / swiveling mechanism
機能・相同性
機能・相同性情報


pyruvate, phosphate dikinase / pyruvate, phosphate dikinase activity / pyruvate metabolic process / photosynthesis / chloroplast / kinase activity / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Pyruvate Phosphate di-kinase; domain 2 / Pyruvate Phosphate Dikinase, domain 2 / Acyl-CoA Binding Protein - #30 / Pyruvate, phosphate dikinase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / Phosphohistidine domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site ...Pyruvate Phosphate di-kinase; domain 2 / Pyruvate Phosphate Dikinase, domain 2 / Acyl-CoA Binding Protein - #30 / Pyruvate, phosphate dikinase / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding / Pyruvate phosphate dikinase, AMP/ATP-binding domain / Phosphohistidine domain / PEP-utilising enzyme, active site / PEP-utilizing enzymes phosphorylation site signature. / PEP-utilising enzyme, conserved site / PEP-utilizing enzymes signature 2. / PEP-utilising enzyme, C-terminal / PEP-utilising enzyme, PEP-binding domain / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Phosphohistidine domain superfamily / PEP-utilising enzyme, mobile domain / Acyl-CoA Binding Protein / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Glucose Oxidase; domain 1 / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / ATP-grasp fold, B domain / ATP-grasp fold, subdomain 1 / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 3-Layer(bba) Sandwich / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOENOLPYRUVATE / Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Flaveria trinervia (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.898 Å
データ登録者Minges, A. / Hoeppner, A. / Groth, G.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural intermediates and directionality of the swiveling motion of Pyruvate Phosphate Dikinase.
著者: Minges, A. / Ciupka, D. / Winkler, C. / Hoppner, A. / Gohlke, H. / Groth, G.
履歴
登録2016年5月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月12日Group: Database references
改定 1.22020年4月22日Group: Database references / カテゴリ: pdbx_related_exp_data_set
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
B: Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)191,0836
ポリマ－190,6982
非ポリマー3854
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5080 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area68060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)208.736, 69.044, 166.763
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 112.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 380 or (resid 381 and (name...
21(chain B and (resid 380:642 or (resid 643 and (name...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPROPRO(chain A and (resid 380 or (resid 381 and (name...AA380380
12GLNGLNGLNGLN(chain A and (resid 380 or (resid 381 and (name...AA381381
13LYSLYSVALVAL(chain A and (resid 380 or (resid 381 and (name...AA1 - 8741 - 874
14LYSLYSVALVAL(chain A and (resid 380 or (resid 381 and (name...AA1 - 8741 - 874
15LYSLYSVALVAL(chain A and (resid 380 or (resid 381 and (name...AA1 - 8741 - 874
16LYSLYSVALVAL(chain A and (resid 380 or (resid 381 and (name...AA1 - 8741 - 874
21PROPROALAALA(chain B and (resid 380:642 or (resid 643 and (name...BB380 - 642380 - 642
22VALVALVALVAL(chain B and (resid 380:642 or (resid 643 and (name...BB643643
23LYSLYSVALVAL(chain B and (resid 380:642 or (resid 643 and (name...BB2 - 8742 - 874
24LYSLYSVALVAL(chain B and (resid 380:642 or (resid 643 and (name...BB2 - 8742 - 874
25LYSLYSVALVAL(chain B and (resid 380:642 or (resid 643 and (name...BB2 - 8742 - 874
26LYSLYSVALVAL(chain B and (resid 380:642 or (resid 643 and (name...BB2 - 8742 - 874

-
要素

#1: タンパク質 Pyruvate, phosphate dikinase, chloroplastic / Pyruvate / orthophosphate dikinase


分子量: 95348.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Flaveria trinervia (植物) / 遺伝子: PPDK, PDK / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P22221, pyruvate, phosphate dikinase
#2: 化合物 ChemComp-PEP / PHOSPHOENOLPYRUVATE / ホスホエノ-ルピルビン酸


分子量: 168.042 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H5O6P
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.64 %
結晶化温度: 294.15 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M MOPS (pH 7.0), 0.1 M magnesium formiate, 17 % (w/v) PEG 3350, 10 mM phosphoenol pyruvate, 10 mM nicotinamide adenine dinucleotide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.979938 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月19日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979938 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.898→49 Å / Num. obs: 48259 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 39.56 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 11
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.898-2.993.20.403197.8
11.59-492.70.034177.1

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å49 Å
Translation2.5 Å49 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.25データスケーリング
PHASER2.5.6位相決定
PHENIXdev_2386精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VBH

1vbh


解像度: 2.898→38.421 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.01
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2612 1227 2.55 %RANDOM
Rwork0.2367 ---
obs0.2373 48150 98.06 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 161.08 Å2 / Biso mean: 59.1733 Å2 / Biso min: 9.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.898→38.421 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11919 0 22 0 11941
Biso mean--29.62 --
残基数----1662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00212140
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.45916481
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0411897
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032194
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.2777284
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5160X-RAY DIFFRACTION5.59TORSIONAL
12B5160X-RAY DIFFRACTION5.59TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.8981-3.01410.31071270.29315152527998
3.0141-3.15120.31951440.28565198534299
3.1512-3.31720.32091450.27595207535299
3.3172-3.52490.30321280.26715218534699
3.5249-3.79690.2881450.24055260540599
3.7969-4.17860.20831270.20765218534599
4.1786-4.78220.22541230.19515287541099
4.7822-6.02140.26381470.23435290543799
6.0214-38.42440.21281410.21935093523493
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9796-0.8945-0.27962.1739-0.66741.10350.17980.89560.0805-0.6735-0.30560.07110.10760.0230.01570.35860.0664-0.00550.22980.10150.336618.049270.861251.9064
20.54230.2065-0.04190.0786-0.01460.00310.15330.6618-0.4743-0.6058-0.2201-0.24950.50560.25810.0270.72570.30620.09390.4963-0.08340.425435.63654.657156.0729
30.250.28750.00150.3344-0.01750.12180.0058-0.007-0.0409-0.0223-0.0171-0.04840.02290.0082-0.0170.208-0.0179-0.0667-0.04-0.00220.295511.611959.353374.7807
40.35350.24560.02091.09510.27260.3605-0.00460.00930.01690.06860.00190.1375-0.0361-0.01750.01690.1688-0.0466-0.03420.03-0.01920.2597-13.813851.713870.6385
50.8751-0.04150.09190.9665-0.07460.6116-0.04190.0904-0.1839-0.05030.0195-0.04650.19370.01580.00390.19960.0234-0.00860.0198-0.03470.2048-33.976123.525363.0699
61.12210.2680.1010.53590.0491.0917-0.13530.3717-0.0203-0.10130.0895-0.08590.04990.29670.04350.1689-0.0415-0.0090.169-0.00490.1801-31.426930.726851.8231
70.540.4571-0.76251.186-0.49551.15050.20130.0366-0.00280.23750.00470.2328-0.30780.0977-0.16490.86350.33140.16641.76090.13290.6184-76.750427.63829.2049
80.75970.1474-0.81160.95630.23781.0443-0.00140.0609-0.0740.1998-0.00180.1865-0.0205-0.6449-0.02610.58270.15010.10031.58360.2280.6692-86.84985.78459.1066
90.41830.00920.1190.4855-0.170.0953-0.1773-0.0745-0.0219-0.18550.28280.2032-0.0627-0.461-0.1190.58030.0235-0.04131.69720.05180.4324-65.733915.7499-3.5333
100.55730.12720.86550.4755-0.21382.0636-0.00710.07430.0111-0.13350.0077-0.0040.19390.2218-0.10590.39360.1021-0.04611.3653-0.10340.3445-40.415522.64881.6839
110.206-0.07810.08070.21450.07670.0917-0.0292-0.1059-0.05470.07180.0831-0.12970.22910.4244-0.05990.41860.2161-0.03751.4173-0.22240.3421-11.161516.808320.2564
120.08770.0238-0.14710.19340.00410.37410.02310.26930.0171-0.1114-0.0702-0.180.06920.6095-0.00130.2596-0.00070.0291.2246-0.01210.2013-18.253527.084425.9032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain A and (resi 1:111 or resi 197:243)A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain A and (resi 112:196)A1 - 874
3X-RAY DIFFRACTION3chain A and (resi 244:340)A1 - 874
4X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resi 341:380 or resi 516:534)A1 - 874
5X-RAY DIFFRACTION4chain A and (resi 341:380 or resi 516:534)A1 - 874
6X-RAY DIFFRACTION5chain A and (resi 535:630)A1 - 874
7X-RAY DIFFRACTION6chain A and (resi 631:874)A1 - 874
8X-RAY DIFFRACTION7chain B and (resi 1:111 or resi 197:243)B0
9X-RAY DIFFRACTION8chain B and (resi 112:196)B2 - 874
10X-RAY DIFFRACTION9chain B and (resi 244:340)B2 - 874
11X-RAY DIFFRACTION10chain B and (resi 341:380 or resi 516:534)B2 - 874
12X-RAY DIFFRACTION10chain B and (resi 341:380 or resi 516:534)B2 - 874
13X-RAY DIFFRACTION11chain B and (resi 535:630)B2 - 874
14X-RAY DIFFRACTION12chain B and (resi 631:874)B2 - 874

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る