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- PDB-5jug: Structure of an inactive (E45Q) variant of a beta-1,4-mannanase, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jug
タイトルStructure of an inactive (E45Q) variant of a beta-1,4-mannanase, SsGH134, in complex with Man5
要素beta-1,4-mannanase
キーワードHYDROLASE / beta-1 / 4-mannanase / carbohydrate degrading / glycosyl hydrolase
機能・相同性: / Glycosyl hydrolase family 134 / mannan endo-1,4-beta-mannosidase / mannan endo-1,4-beta-mannosidase activity / alpha-D-mannopyranose / Beta-1,4-mannanase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces sp. NRRL B-16215 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.96 Å
データ登録者Jin, Y. / Petricevic, M. / Goddard-Borger, E.D. / Williams, S.J. / Davies, G.J.
資金援助 英国, オーストラリア, 2件
組織認可番号国
European Research CouncilAdG-322942 英国
Australian Research Council オーストラリア
引用ジャーナル: ACS Cent Sci / 年: 2016
タイトル: A beta-Mannanase with a Lysozyme-like Fold and a Novel Molecular Catalytic Mechanism.
著者: Jin, Y. / Petricevic, M. / John, A. / Raich, L. / Jenkins, H. / Portela De Souza, L. / Cuskin, F. / Gilbert, H.J. / Rovira, C. / Goddard-Borger, E.D. / Williams, S.J. / Davies, G.J.
履歴
登録2016年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_alt_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: beta-1,4-mannanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,7295
ポリマ－17,5921
非ポリマー1,1364
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2520 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area7010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.707, 53.841, 82.636
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 beta-1,4-mannanase


分子量: 17592.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Streptomyces sp. NRRL B-24484, Taxonomy ID:1463833
由来: (組換発現) Streptomyces sp. NRRL B-16215 (バクテリア)
株: NRRL B-24484 / プラスミド: pHisMALP / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon plus
参照: UniProt: A0A1L1QK16*PLUS, mannan endo-1,4-beta-mannosidase

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糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-beta-D-mannopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-4DManpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a1122h-1b_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 230分子

#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: The protein stock in the buffer of 20 mM sodium phosphate, pH7.2 and 200 mM NaCl is mixed 1:1 with the precipitant consist of 20 % PEG6000, 0.15-0.2 M CaCl2, and 0.1 M NaHEPES, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.96→45.11 Å / Num. obs: 84396 / % possible obs: 84.1 % / 冗長度: 5.9 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 0.96→0.98 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.52 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / % possible all: 29.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
ACORN位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alpha-helical fragment

解像度: 0.96→45.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.982 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.976 / SU B: 0.61 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.02 / ESU R Free: 0.021 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.14133 4166 4.9 %RANDOM
Rwork0.12173 ---
obs0.1227 80165 83.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 9.503 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.13 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3---0.25 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 0.96→45.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1236 0 75 228 1539
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0191390
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021234
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6681.9871905
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.00832854
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9935183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.74624.03262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.38815194
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.197159
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2217
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021608
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02339
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0050.779687
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.0060.779686
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.3711.178861
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.3711.178862
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3520.873703
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3490.872703
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.7621.2711037
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.9698.031856
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.9678.0291856
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.79832624
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free26.134548
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded6.96252767
LS精密化 シェル解像度: 0.96→0.985 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.316 115 -
Rwork0.332 1987 -
obs--28.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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