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- PDB-5jub: Crystal structure of ComR from S.thermophilus in complex with DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jub
タイトルCrystal structure of ComR from S.thermophilus in complex with DNA and its signalling peptide ComS.
要素
  • ComS
  • Transcriptional regulator
  • pComX-for
  • pComX-rev
キーワードTRANSCRIPTION / RNPP / Transcriptional activator / TPR domain / HTH domain / quorum-sensor / competence regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


ComR, tetratricopeptide / ComR tetratricopeptide / Helix-turn-helix / Helix-turn-helix XRE-family like proteins / Cro/C1-type HTH domain profile. / Cro/C1-type helix-turn-helix domain / Lambda repressor-like, DNA-binding domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus thermophilus LMD-9 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Talagas, A. / Fontaine, L. / Ledesma-Garcia, L. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Hols, P. / Nessler, S.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Streptococcal Competence Regulation by the Cell-to-Cell Communication System ComRS.
著者: Talagas, A. / Fontaine, L. / Ledesma-Garca, L. / Mignolet, J. / Li de la Sierra-Gallay, I. / Lazar, N. / Aumont-Nicaise, M. / Federle, M.J. / Prehna, G. / Hols, P. / Nessler, S.
履歴
登録2016年5月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator
B: Transcriptional regulator
C: ComS
D: ComS
X: pComX-rev
Z: pComX-for


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,1266
ポリマ－87,1266
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10780 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area32740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)186.110, 46.190, 100.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.23, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator


分子量: 36547.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus thermophilus LMD-9 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold pLysS AG / 参照: UniProt: A0A1L1QK15*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド ComS


分子量: 883.066 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Cognate signalling peptide of ComR
由来: (合成) Streptococcus thermophilus LMD-9 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
#3: DNA鎖 pComX-rev


分子量: 6141.017 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ComR-box from ComX promoter
由来: (合成) Streptococcus thermophilus LMD-9 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)
#4: DNA鎖 pComX-for


分子量: 6122.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ComR-box from ComX promoter
由来: (合成) Streptococcus thermophilus LMD-9 (ストレプトコッカス・サリバリウス 亜種 サーモフィラス)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.75 %
結晶化温度: 290.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 30% PEG 550MME, 0.1M MgCl2, 0,05M Tris-HCl, pH=8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.978563 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978563 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→46.553 Å / Num. obs: 27134 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 5.3 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 13.31
反射 シェル解像度: 2.57→2.63 Å / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 1.81 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: ComR apo

解像度: 2.57→46.553 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 31.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2679 1355 5 %
Rwork0.2267 --
obs0.2288 27094 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.57→46.553 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5047 697 0 0 5744
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0025917
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.428115
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8783496
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.033914
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002905
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5699-2.66180.35621290.33562475X-RAY DIFFRACTION98
2.6618-2.76830.34151320.33132501X-RAY DIFFRACTION97
2.7683-2.89430.33641330.29262518X-RAY DIFFRACTION97
2.8943-3.04690.32651330.27332524X-RAY DIFFRACTION98
3.0469-3.23770.30881360.26722581X-RAY DIFFRACTION100
3.2377-3.48760.35441350.26472573X-RAY DIFFRACTION100
3.4876-3.83840.25641380.23072619X-RAY DIFFRACTION100
3.8384-4.39350.23521370.20472605X-RAY DIFFRACTION100
4.3935-5.53390.22751390.2072634X-RAY DIFFRACTION100
5.5339-46.5610.25071430.18962709X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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