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- PDB-5jtb: Crystal structure of the chimeric protein of A2aAR-BRIL with boun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jtb
タイトルCrystal structure of the chimeric protein of A2aAR-BRIL with bound iodide ions
要素Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
キーワードMEMBRANE PROTEIN / iodide
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception ...positive regulation of acetylcholine secretion, neurotransmission / regulation of norepinephrine secretion / negative regulation of alpha-beta T cell activation / positive regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Adenosine P1 receptors / G protein-coupled adenosine receptor activity / response to purine-containing compound / G protein-coupled adenosine receptor signaling pathway / NGF-independant TRKA activation / sensory perception / Surfactant metabolism / positive regulation of urine volume / synaptic transmission, dopaminergic / type 5 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of vascular permeability / positive regulation of glutamate secretion / synaptic transmission, cholinergic / intermediate filament / presynaptic active zone / response to caffeine / blood circulation / eating behavior / inhibitory postsynaptic potential / alpha-actinin binding / regulation of calcium ion transport / neuron projection morphogenesis / asymmetric synapse / membrane depolarization / axolemma / phagocytosis / positive regulation of synaptic transmission, glutamatergic / prepulse inhibition / cellular defense response / regulation of mitochondrial membrane potential / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / astrocyte activation / response to amphetamine / central nervous system development / positive regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of long-term synaptic potentiation / excitatory postsynaptic potential / positive regulation of protein secretion / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / synaptic transmission, glutamatergic / locomotory behavior / apoptotic signaling pathway / electron transport chain / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of inflammatory response / vasodilation / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / blood coagulation / cell-cell signaling / presynaptic membrane / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of neuron apoptotic process / postsynaptic membrane / periplasmic space / calmodulin binding / electron transfer activity / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / iron ion binding / response to xenobiotic stimulus / negative regulation of cell population proliferation / neuronal cell body / apoptotic process / heme binding / lipid binding / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / protein-containing complex binding / glutamatergic synapse / enzyme binding / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adenosine A2A receptor / Adenosine receptor / Cytochrome b562 / Cytochrome b562 / Cytochrome c/b562 / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / IODIDE ION / OLEIC ACID / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Chem-ZMA / Soluble cytochrome b562 / Adenosine receptor A2a
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Melnikov, I. / Polovinkin, V. / Shevtsov, M. / Borshchevskiy, V. / Cherezov, V. / Popov, A. / Gordeliy, V.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Fast iodide-SAD phasing for high-throughput membrane protein structure determination.
著者: Melnikov, I. / Polovinkin, V. / Kovalev, K. / Gushchin, I. / Shevtsov, M. / Shevchenko, V. / Mishin, A. / Alekseev, A. / Rodriguez-Valera, F. / Borshchevskiy, V. / Cherezov, V. / Leonard, G.A. ...著者: Melnikov, I. / Polovinkin, V. / Kovalev, K. / Gushchin, I. / Shevtsov, M. / Shevchenko, V. / Mishin, A. / Alekseev, A. / Rodriguez-Valera, F. / Borshchevskiy, V. / Cherezov, V. / Leonard, G.A. / Gordeliy, V. / Popov, A.
履歴
登録2016年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,07124
ポリマ－49,9741
非ポリマー6,09723
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10250 Å2
ΔGint48 kcal/mol
Surface area21330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.648, 179.793, 139.810
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenosine receptor A2a,Soluble cytochrome b562,Adenosine receptor A2a / Cytochrome b-562


分子量: 49974.281 Da / 分子数: 1
断片: UNP Residues 2-208,UNP Residues 23-217,UNP Residues 219-316,UNP Residues 2-208,UNP Residues 23-217,UNP Residues 219-316,UNP Residues 2-208,UNP Residues 23-217,UNP Residues 219-316
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
遺伝子: ADORA2A, ADORA2, cybC
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P29274, UniProt: P0ABE7

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非ポリマー , 8種, 87分子

#2: 化合物 ChemComp-ZMA / 4-{2-[(7-amino-2-furan-2-yl[1,2,4]triazolo[1,5-a][1,3,5]triazin-5-yl)amino]ethyl}phenol / ZM-241385


分子量: 337.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H15N7O2 / コメント: アンタゴニスト*YM
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#5: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物
ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#7: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#8: 化合物 ChemComp-OLB / (2S)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-O-オレオイル-L-グリセロ-ル


分子量: 356.540 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.73 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: in meso lipidic cubic phase crystallization

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 1.85 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.85 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 23712 / % possible obs: 0.997 % / 冗長度: 6.87 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.185 / Net I/σ(I): 8.83
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / 冗長度: 6.91 % / Rmerge(I) obs: 0.847 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXCD位相決定
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→89.9 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.898 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.869 / SU B: 28.975 / SU ML: 0.319 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.447 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29444 661 5.2 %RANDOM
Rwork0.23445 ---
obs0.2377 12126 99.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 40.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.16 Å20 Å2-0 Å2
2---0.08 Å2-0 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→89.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3019 0 329 64 3412
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.023439
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3392.0154636
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9495392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg39.02623.411129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.34915515
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.1731518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2532
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4382.2221556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.8263.3241943
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.2962.7041883
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.41418.6895098
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 48 -
Rwork0.243 856 -
obs--97.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3461-1.33660.2576.3413-1.61720.8514-0.0526-0.08420.0174-0.13290.19660.03320.0733-0.1493-0.1440.1360.0299-0.00390.2073-0.0020.1058-11.06624.512762.9214
24.3411-5.40422.19559.2817-5.16593.42890.23060.4830.22720.0712-0.2351-0.1457-0.2153-0.08840.00450.16870.06870.05370.28540.11090.2833-10.291329.789955.0501
30.4767-0.2947-0.24710.3612-0.09630.5405-0.0270.0078-0.00410.12540.02640.0177-0.0527-0.08390.00060.1767-0.003-0.01350.1919-0.00940.1335-10.16024.995952.7144
41.4882.5220.07065.04810.10420.1718-0.08620.112-0.0721-0.09740.0477-0.2570.03230.00640.03850.1154-0.02720.00710.21860.01780.1009-1.984710.601745.7304
54.11650.94052.4926.5954-1.54172.2089-0.03480.25880.10240.2281-0.0614-0.0553-0.10630.18040.09610.1946-0.03270.00760.24320.02210.11460.118532.625441.4846
60.0133-0.08740.05666.517-4.12022.6097-0.0482-0.0010.0292-0.33540.23750.2630.1914-0.1592-0.18930.21310.0004-0.07290.18640.01210.1493-7.781512.964740.1847
75.82697.74692.28510.4093.27171.4038-0.29060.39980.3626-0.0770.47790.35780.45360.0808-0.18740.70540.0152-0.24530.21120.19680.304-7.7851-17.232342.7235
82.88011.14760.59271.6923-0.43240.49130.2043-0.07330.0544-0.0041-0.22910.05860.09780.0880.02480.1189-0.0040.04870.2364-0.02510.07950.3068-7.331944.6593
91.15391.95980.4236.18083.28652.4926-0.07540.2556-0.1176-0.00060.4002-0.52250.02770.1043-0.32470.1684-0.0382-0.03120.1698-0.0150.170212.79920.708448.2476
100.8191-0.58370.18030.8837-0.64730.6251-0.2447-0.26180.07450.31170.1699-0.1273-0.1882-0.02560.07480.20080.0113-0.07320.2541-0.05940.08797.471812.97954.782
112.39281.5672-3.00053.25352.784713.9279-0.1243-0.2359-0.1623-0.1171-0.1074-0.06520.11550.36320.23170.17250.0099-0.01910.16820.04230.140610.9941-16.29553.0568
120.2359-1.0239-0.20196.08650.11750.5288-0.016-0.0129-0.04320.1553-0.02690.131-0.01870.02940.0430.122300.00040.20460.00720.1346-0.59185.05461.5607
136.51340.17981.6363.0271-1.41534.2008-0.0297-0.38380.25160.24830.11570.1327-0.3621-0.1491-0.0860.14590.05260.00220.171-0.01210.0887-10.538625.280666.9777
145.08956.4834-0.81258.8186-0.5220.68590.14030.01540.04780.2915-0.00890.01180.02580.0507-0.13140.0907-0.0290.00110.1493-0.01520.260925.555549.007553.0354
155.93285.07521.29446.7089-2.20925.8253-0.27240.014-0.4646-0.59-0.0991-0.39270.51160.33920.37150.086-0.01150.10510.1717-0.0440.430624.440253.802744.4831
164.44353.3995-2.36485.6407-3.17632.3406-0.21070.17550.352-0.5760.44260.43810.31540.096-0.23190.0779-0.04580.00630.27280.02290.226516.925859.227446.2304
174.20562.21171.15016.18141.9430.6729-0.1260.2782-0.42120.4040.2503-0.33450.0930.1007-0.12430.0646-0.04820.01310.20260.01720.248826.574865.557451.3657
181.58310.31254.00563.1464-3.030714.98060.0868-0.08250.0959-0.0865-0.2267-0.01670.46470.09640.13980.17660.0408-0.0350.1427-0.03920.333215.590355.466856.9036
198.46882.05073.100718.83292.31592.3172-0.03680.4208-0.27050.29530.1434-0.6915-0.01460.0891-0.10660.1678-0.02560.00490.1554-0.0170.160712.448746.921755.8512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-1 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2A35 - 38
3X-RAY DIFFRACTION3A39 - 73
4X-RAY DIFFRACTION4A74 - 108
5X-RAY DIFFRACTION5A109 - 117
6X-RAY DIFFRACTION6A118 - 137
7X-RAY DIFFRACTION7A138 - 161
8X-RAY DIFFRACTION8A162 - 186
9X-RAY DIFFRACTION9A187 - 208
10X-RAY DIFFRACTION10A219 - 259
11X-RAY DIFFRACTION11A260 - 265
12X-RAY DIFFRACTION12A266 - 292
13X-RAY DIFFRACTION13A293 - 307
14X-RAY DIFFRACTION14A1001 - 1021
15X-RAY DIFFRACTION15A1022 - 1042
16X-RAY DIFFRACTION16A1060 - 1081
17X-RAY DIFFRACTION17A1082 - 1093
18X-RAY DIFFRACTION18A1094 - 1101
19X-RAY DIFFRACTION19A1102 - 1106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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