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- PDB-5jsj: Crystal structure of Spindlin1 bound to compound EML631 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jsj
タイトルCrystal structure of Spindlin1 bound to compound EML631
要素Spindlin-1
キーワードCELL CYCLE / Tudor domain
機能・相同性
機能・相同性情報


gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription ...gamete generation / rRNA transcription / positive regulation of Wnt signaling pathway / methylated histone binding / meiotic cell cycle / Wnt signaling pathway / spindle / chromatin organization / nuclear membrane / regulation of DNA-templated transcription / nucleolus / positive regulation of DNA-templated transcription / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Spindlin/Ssty / Spindlin/spermiogenesis-specific protein / Spindlin/spermiogenesis-specific domain superfamily / Spin/Ssty Family / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6PD / Spindlin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.348 Å
データ登録者Su, X. / Li, H.
引用ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Developing Spindlin1 small-molecule inhibitors by using protein microarrays
著者: Bae, N. / Viviano, M. / Su, X. / Lv, J. / Cheng, D. / Sagum, C. / Castellano, S. / Bai, X. / Johnson, C. / Khalil, M.I. / Shen, J. / Chen, K. / Li, H. / Sbardella, G. / Bedford, M.T.
履歴
登録2016年5月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年7月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spindlin-1
B: Spindlin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,4857
ポリマ－51,0192
非ポリマー1,4655
水1,51384
1
A: Spindlin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2544
ポリマ－25,5101
非ポリマー7453
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
2
B: Spindlin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,2303
ポリマ－25,5101
非ポリマー7202
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.790, 123.827, 49.663
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Spindlin-1 / Ovarian cancer-related protein / Spindlin1


分子量: 25509.748 Da / 分子数: 2 / 断片: Spin/Ssty Repeats, UNP residues 50-262 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPIN1, OCR, SPIN / プラスミド: RSFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9Y657
#2: 化合物 ChemComp-6PD / [4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]-[4-[4-(2-pyrrolidin-1-ylethyl)piperidin-1-yl]carbonyl-3-[[4-(pyrrolidin-1-ylmethoxy)phenyl]amino]phenyl]methanone


分子量: 684.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H60N6O3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.27 % / Mosaicity: 0.464 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.2M MgCl2, 0.1M HepesNa, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月8日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: double crystal, Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 21323 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.4 % / Biso Wilson estimate: 43.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.092 / Χ2: 1.329 / Net I/av σ(I): 22.05 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.35-2.45.30.318189.9
2.4-2.465.30.283195.3
2.46-2.535.40.269199
2.53-2.615.40.242199.6
2.61-2.695.40.2121100
2.69-2.795.20.193199.9
2.79-2.95.20.169199.9
2.9-3.035.70.144199.8
3.03-3.195.70.1271100
3.19-3.395.60.1161100
3.39-3.655.30.1021100
3.65-4.025.50.088199.9
4.02-4.65.60.075199.9
4.6-5.795.20.069199.9
5.79-505.50.067199.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_2689: ???精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
MOLREP位相決定
精密化解像度: 2.348→42.758 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 33.33 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 1057 4.98 %Random selection
Rwork0.1987 20185 --
obs0.2013 21242 98.48 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 111.98 Å2 / Biso mean: 56.4348 Å2 / Biso min: 32.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.348→42.758 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3166 0 103 84 3353
Biso mean--51.93 52 -
残基数----391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0093352
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9464537
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006571
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7741991
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3479-2.45480.32551150.26782311242691
2.4548-2.58420.32941190.25452544266399
2.5842-2.74610.29711250.24712547267299
2.7461-2.95810.33391590.238225352694100
2.9581-3.25560.29421250.217325592684100
3.2556-3.72650.2441190.201525552674100
3.7265-4.69410.19571570.171225522709100
4.6941-42.76490.23921380.17472582272099

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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