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- PDB-5jry: Crystal structure of a NAD-dependent Aldehyde dehydrogenase from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jry
タイトルCrystal structure of a NAD-dependent Aldehyde dehydrogenase from Burkholderia multivorans in covalent complex with NAD
要素NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Burkholderia / NAD-dependent aldehyde dehydrogenase / NAD / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


lactaldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal ...: / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Chem-NDP / NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia multivorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal structure of a NAD-dependent Aldehyde dehydrogenase from Burkholderia multivorans
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edewards, T.E.
履歴
登録2016年5月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / カテゴリ: pdbx_struct_oper_list / software
Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,7795
ポリマ－52,7901
非ポリマー9894
水11,872659
1
A: NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: NAD-dependent aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,11520
ポリマ－211,1604
非ポリマー3,95516
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_657-x+1,y,-z+21
crystal symmetry operation4_567x,-y+1,-z+21
Buried area27450 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area56040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.080, 87.030, 124.590
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-502-

GOL

21A-630-

HOH

31A-847-

HOH

41A-1021-

HOH

51A-1234-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NAD-dependent aldehyde dehydrogenase


分子量: 52790.008 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia multivorans (strain ATCC 17616 / 249) (バクテリア)
株: ATCC 17616 / 249 / 遺伝子: BMULJ_03565 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0H3KPC8, 酸化還元酵素; アルデヒドまたはケトンに対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 659 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45 % / Mosaicity: 0.17 °
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen G7: 10% PEG 4000, 20% Glycerol, 20mM of each: Na-formate, Ammonium-acetate, Trisodium citrate, Na/K tartrate, Na oxamate; 100mM MOPS/NaHEPES pH 7.5; BumuA. ...詳細: Molecular Dimensions Morpheus screen G7: 10% PEG 4000, 20% Glycerol, 20mM of each: Na-formate, Ammonium-acetate, Trisodium citrate, Na/K tartrate, Na oxamate; 100mM MOPS/NaHEPES pH 7.5; BumuA.00020.x.B1.PS37849 at 20mg/ml + 2mM NADP; cryo: direct, puck pfb1-6, tray 271259 g7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月31日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.2→50 Å / Num. obs: 147035 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 8.27 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Net I/σ(I): 15.71
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.2-1.230.5513.321100
1.23-1.260.4664.271100
1.26-1.30.4074.871100
1.3-1.340.3395.791100
1.34-1.390.2926.691100
1.39-1.430.2437.991100
1.43-1.490.2019.651100
1.49-1.550.1611.911100
1.55-1.620.13514.061100
1.62-1.70.11416.411100
1.7-1.790.09719.251100
1.79-1.90.08122.371100
1.9-2.030.06926.351100
2.03-2.190.06129.341100
2.19-2.40.05632.061100
2.4-2.680.05333.811100
2.68-3.10.0535.61100
3.1-3.790.04738.111100
3.79-5.370.04539.121100
5.370.04737.2199.4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2 Å43.79 Å
Translation2 Å43.79 Å

-
解析

ソフトウェア
名称分類
XDSデータスケーリング
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
PHENIXモデル構築
PHENIX精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3pqa

3pqa


解像度: 1.2→50 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 10.47
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1297 1964 1.34 %RANDOM
Rwork0.1128 ---
obs0.113 147020 99.98 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 52.88 Å2 / Biso mean: 11.7957 Å2 / Biso min: 2.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.2→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3607 0 112 687 4406
Biso mean--9.4 24.42 -
残基数----477
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073907
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0645348
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.082605
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008724
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0351502
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.2-1.230.16781570.15371022610383
1.23-1.26330.16061530.13711024910402
1.2633-1.30050.16571680.12861027410442
1.3005-1.34240.13751240.12211029210416
1.3424-1.39040.1441150.11661037010485
1.3904-1.44610.11991760.10371021810394
1.4461-1.51190.13761320.0961034410476
1.5119-1.59160.12071590.09251030810467
1.5916-1.69140.11591740.09471026110435
1.6914-1.82190.1293820.09851045010532
1.8219-2.00530.12491260.10211036910495
2.0053-2.29550.12891280.10241045810586
2.2955-2.89190.11711090.11161048210591
2.8919-43.81520.12621610.1291075510916

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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