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- PDB-5jr4: Crystal structure of FimH A27V/V163A from E. coli UTI89 bound to ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jr4
タイトルCrystal structure of FimH A27V/V163A from E. coli UTI89 bound to FimG N-terminal extension
要素
  • FimG N-terminal extension
  • Type 1 fimbiral adhesin FimH
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / lectin / immunoglobulin fold / carbohydrate binding protein / donor strand exchange
機能・相同性
機能・相同性情報


cell adhesion involved in single-species biofilm formation / pilus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like ...FimH, mannose-binding domain / FimH, mannose binding / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial-type adhesion domain / Fimbrial protein / : / Fimbrial-type adhesion domain superfamily / Adhesion domain superfamily / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Type 1 fimbiral adhesin FimH / Type 1 fimbriae minor subunit FimG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.596 Å
データ登録者Kalas, V. / Hultgren, S.J.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2017
タイトル: Evolutionary fine-tuning of conformational ensembles in FimH during host-pathogen interactions.
著者: Vasilios Kalas / Jerome S Pinkner / Thomas J Hannan / Michael E Hibbing / Karen W Dodson / Alex S Holehouse / Hao Zhang / Niraj H Tolia / Michael L Gross / Rohit V Pappu / James Janetka / Scott J Hultgren /
要旨: Positive selection in the two-domain type 1 pilus adhesin FimH enhances fitness in urinary tract infection (UTI). We report a comprehensive atomic-level view of FimH in two-state conformational ...Positive selection in the two-domain type 1 pilus adhesin FimH enhances fitness in urinary tract infection (UTI). We report a comprehensive atomic-level view of FimH in two-state conformational ensembles in solution, composed of one low-affinity tense (T) and multiple high-affinity relaxed (R) conformations. Positively selected residues allosterically modulate the equilibrium between these two conformational states, each of which engages mannose through distinct binding orientations. A FimH variant that only adopts the R state is severely attenuated early in a mouse model of uncomplicated UTI but is proficient at colonizing catheterized bladders in vivo or bladder transitional-like epithelial cells in vitro. Thus, the bladder habitat has barrier(s) to R state-mediated colonization possibly conferred by the terminally differentiated bladder epithelium and/or decoy receptors in urine. Together, our studies reveal the conformational landscape in solution, binding mechanisms, and adhesive strength of an allosteric two-domain adhesin that evolved "moderate" affinity to optimize persistence in the bladder during UTI.
履歴
登録2016年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月19日Group: Derived calculations
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type 1 fimbiral adhesin FimH
B: FimG N-terminal extension
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,6834
ポリマ－30,5512
非ポリマー1322
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.320, 33.030, 72.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.62, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Type 1 fimbiral adhesin FimH


分子量: 29037.260 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-300 / 変異: A27V, V163A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain UTI89 / UPEC) (大腸菌)
株: UTI89 / UPEC / 遺伝子: fimH, UTI89_C5017 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C600 / 参照: UniProt: Q1R2J4
#2: タンパク質・ペプチド FimG N-terminal extension


分子量: 1513.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Escherichia coli (strain UTI89 / UPEC) (大腸菌)
参照: UniProt: Q1R2J5*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M MES pH 5.6, 0.2 M Calcium Acetate, 5% PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年3月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.59→62.35 Å / Num. obs: 7964 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.59→2.73 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 95.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KLF

1klf


解像度: 2.596→62.348 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.58 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2632 404 5.08 %
Rwork0.2145 --
obs0.217 7954 99.49 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.596→62.348 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2132 0 7 24 2163
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032189
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6583004
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.597743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026363
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003390
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5955-2.97110.32361220.26982476X-RAY DIFFRACTION99
2.9711-3.74320.2571410.2212491X-RAY DIFFRACTION100
3.7432-62.36580.24481410.18792583X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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