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- PDB-5jqh: Structure of beta2 adrenoceptor bound to carazolol and inactive-s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jqh
タイトルStructure of beta2 adrenoceptor bound to carazolol and inactive-state stabilizing nanobody, Nb60
要素
  • Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor
  • Nanobody60, Nb60
キーワードsignaling protein / hydrolase/inhibitor / GPCR / Signaling / Nanobody / Allostery / HYDROLASE / hydrolase-inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / norepinephrine binding / heat generation / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy ...positive regulation of mini excitatory postsynaptic potential / beta2-adrenergic receptor activity / negative regulation of smooth muscle contraction / AMPA selective glutamate receptor signaling pathway / positive regulation of autophagosome maturation / norepinephrine-epinephrine-mediated vasodilation involved in regulation of systemic arterial blood pressure / norepinephrine binding / heat generation / Adrenoceptors / positive regulation of lipophagy / negative regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of multicellular organism growth / adrenergic receptor signaling pathway / endosome to lysosome transport / response to psychosocial stress / diet induced thermogenesis / positive regulation of cAMP/PKA signal transduction / adenylate cyclase binding / smooth muscle contraction / bone resorption / positive regulation of bone mineralization / potassium channel regulator activity / neuronal dense core vesicle / brown fat cell differentiation / viral release from host cell by cytolysis / intercellular bridge / regulation of sodium ion transport / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / peptidoglycan catabolic process / receptor-mediated endocytosis / response to cold / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / cellular response to amyloid-beta / cell wall macromolecule catabolic process / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / mitotic spindle / lysozyme / lysozyme activity / Clathrin-mediated endocytosis / amyloid-beta binding / positive regulation of cold-induced thermogenesis / microtubule cytoskeleton / G alpha (s) signalling events / transcription by RNA polymerase II / host cell cytoplasm / early endosome / cell surface receptor signaling pathway / endosome membrane / lysosome / receptor complex / Ub-specific processing proteases / endosome / positive regulation of MAPK cascade / defense response to bacterium / ciliary basal body / cilium / apical plasma membrane / protein-containing complex binding / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / identical protein binding / nucleus / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme ...Beta 2 adrenoceptor / Adrenoceptor family / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / Lysozyme-like domain superfamily / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CAU / CHOLESTEROL / Endolysin / Beta-2 adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
Homo sapiens (ヒト)
Lama glama (ラマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Staus, D.P. / Strachan, R.T. / Manglik, A. / Pani, B. / Kahsai, A.W. / Kim, T.H. / Wingler, L.M. / Ahn, S. / Chatterjee, A. / Masoudi, A. ...Staus, D.P. / Strachan, R.T. / Manglik, A. / Pani, B. / Kahsai, A.W. / Kim, T.H. / Wingler, L.M. / Ahn, S. / Chatterjee, A. / Masoudi, A. / Kruse, A.C. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Weis, W.I. / Prosser, R.S. / Kobilka, B.K. / Costa, T. / Lefkowitz, R.J.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL70631 米国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NS028471 米国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Allosteric nanobodies reveal the dynamic range and diverse mechanisms of G-protein-coupled receptor activation.
著者: Staus, D.P. / Strachan, R.T. / Manglik, A. / Pani, B. / Kahsai, A.W. / Kim, T.H. / Wingler, L.M. / Ahn, S. / Chatterjee, A. / Masoudi, A. / Kruse, A.C. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Weis, W.I. ...著者: Staus, D.P. / Strachan, R.T. / Manglik, A. / Pani, B. / Kahsai, A.W. / Kim, T.H. / Wingler, L.M. / Ahn, S. / Chatterjee, A. / Masoudi, A. / Kruse, A.C. / Pardon, E. / Steyaert, J. / Weis, W.I. / Prosser, R.S. / Kobilka, B.K. / Costa, T. / Lefkowitz, R.J.
履歴
登録2016年5月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年7月27日Group: Database references
改定 1.22016年8月3日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor
B: Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor
D: Nanobody60, Nb60
C: Nanobody60, Nb60
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)135,8318
ポリマ－134,4614
非ポリマー1,3704
水00
1
A: Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor
C: Nanobody60, Nb60
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9154
ポリマ－67,2302
非ポリマー6852
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2800 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area24310 Å2
手法PISA
2
B: Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor
D: Nanobody60, Nb60
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,9154
ポリマ－67,2302
非ポリマー6852
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area25170 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.924, 164.486, 218.749
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Endolysin,Beta-2 adrenergic receptor / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / Beta-2 adrenoreceptor / Beta-2 adrenoceptor


分子量: 53699.281 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-161, UNP RESIDEUS 30-348
変異: C919T, C962A, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A,C919T, C962A, M1096T, M1098T, N1187E, C1265A
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
プラスミド: pVL1392 / 遺伝子: ADRB2, ADRB2R, B2AR / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P00720, UniProt: P07550, lysozyme
#2: 抗体 Nanobody60, Nb60


分子量: 13531.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-CAU / (2S)-1-(9H-Carbazol-4-yloxy)-3-(isopropylamino)propan-2-ol / (S)-Carazolol / S-カラゾロ-ル


分子量: 298.379 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H22N2O2
#4: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 7.5 / 詳細: 100 mM HEPES pH 7.5, 20 mM EDTA, and 19-23% PEG300

-
データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.033 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月8日
放射モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.033 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→32.9 Å / Num. obs: 26778 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 5.5 % / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.3 Å / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.896 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RH1

2rh1


解像度: 3.2→32.867 Å / SU ML: 0.48 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.67
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2903 1967 7.35 %Random selection
Rwork0.2465 ---
obs0.2497 26778 98.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→32.867 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7601 0 100 0 7701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0037893
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.42910808
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.3254621
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0361299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0021332
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.2-3.280.43871320.38311665X-RAY DIFFRACTION95
3.28-3.36860.39251360.3551722X-RAY DIFFRACTION96
3.3686-3.46760.40961360.32681705X-RAY DIFFRACTION98
3.4676-3.57940.35911370.29491748X-RAY DIFFRACTION99
3.5794-3.70720.341410.28151764X-RAY DIFFRACTION99
3.7072-3.85540.34991370.271735X-RAY DIFFRACTION99
3.8554-4.03060.35331410.25731786X-RAY DIFFRACTION99
4.0306-4.24270.26321390.21931739X-RAY DIFFRACTION99
4.2427-4.50780.23861400.20381787X-RAY DIFFRACTION99
4.5078-4.85490.26231450.20871814X-RAY DIFFRACTION99
4.8549-5.34160.25821410.22411775X-RAY DIFFRACTION99
5.3416-6.11020.32461440.26771809X-RAY DIFFRACTION99
6.1102-7.6820.31041450.26431841X-RAY DIFFRACTION99
7.682-32.86830.23881530.22081921X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.24062.4502-6.12532.480.49359.1567-0.49281.524-0.2548-2.91091.5743-0.7331-0.86130.162-0.80331.8546-0.12290.18971.4883-0.44120.94416.348-4.187-92.5544
22.94272.44880.37189.58387.63948.983-0.18961.0293-1.277-1.631-0.23560.9596-1.0082-1.12510.53141.9984-0.3355-0.06291.5442-0.28651.32794.3742-7.1053-91.807
31.8140.47910.39743.3792-0.08932.7325-0.02360.32410.1056-1.07470.0245-0.18280.0726-0.00150.02041.20870.1221-0.04550.87430.06320.60467.2748-31.1263-52.2111
47.0773.53842.49837.34341.03022.1005-0.05091.23421.1945-1.5152-0.57320.3158-0.4063-0.68680.33941.0620.3234-0.08330.93570.080.73918.2005-17.5867-35.5809
54.67143.0386-1.05796.6351-2.24226.52730.3238-0.30420.53090.3594-0.05710.1318-2.021-0.8787-0.29051.87280.24340.03771.0229-0.13030.7837.7096-3.7475-17.2235
61.5916-1.3092-0.11673.2873-1.69591.7914-0.021-0.33730.04420.94650.163-0.2269-0.1169-0.1203-0.13831.7727-0.0727-0.24991.16330.05460.707610.839920.4021-54.91
75.0801-2.5014-1.79566.87832.84392.1498-0.26630.0292-0.28060.452-0.1640.57540.1355-0.27860.39231.1685-0.1316-0.14070.81740.01440.6259-0.062516.9699-63.3032
82222222.111218.3236-9.3206-11.4292-1.5603-6.97753.6124-16.2799-0.56361.2539-0.15980.57732.8268-0.12081.701921.5231-1.3184-74.452
95.0943-5.1439-4.81488.79124.05424.53171.5972.04593.00750.5456-0.0845-1.29620.8162-1.3785-1.56571.1114-0.0356-0.01861.36910.2251.107816.134923.0516-107.7209
105.7995-3.0661-6.16674.72364.32817.35160.4193-0.70.4410.09890.4442-0.0241-0.95361.3073-0.49260.9819-0.0295-0.191.24210.06980.671415.805524.406-97.353
116.76740.24722.15379.08681.34665.09831.3816-0.6186-1.1641-1.47570.6610.52381.4894-0.8047-1.77431.1270.0383-0.33080.74070.1041.23421.983513.7203-99.4001
122.58142.7679-0.71975.5572-5.24867.90990.7688-1.1355-0.47970.8879-0.0873-0.6960.57122.1381-0.60161.64380.2961-0.36241.3941-0.19030.954527.992823.3714-94.8597
137.28830.24321.64443.4468-2.8174.28350.14810.5205-0.3438-0.9043-0.5001-0.4219-0.80040.13470.40521.2664-0.0921-0.14611.0586-0.10110.645320.557524.1586-100.8269
143.6280.5567-2.40954.5157-3.18923.3382-0.09450.3679-0.62980.2898-0.2366-0.25260.64-0.3010.23041.1913-0.0091-0.15910.7546-0.09720.751712.151517.294-95.6909
159.56023.03485.74185.81623.69837.0460.2673-1.2847-0.54580.9494-0.13690.2974-0.9759-1.10070.00321.21140.043-0.11940.77250.03490.485713.0529-35.6721-0.4478
161.41463.19642.16497.16054.85213.2793-0.0673-0.0723-1.50980.95360.4534-0.85190.23761.05270.16020.2136-0.1707-0.02721.47810.52360.89314.1021-39.8292-4.2395
176.6542-0.20394.29142.4102-2.19494.5211.79740.7674-1.7279-1.3840.22421.47292.4545-0.0531-1.55371.7368-0.0318-1.14191.05590.28111.51498.6757-40.2819-19.684
188.61456.57517.08495.50234.99876.16950.1031-0.2091.7627-0.696-0.22280.04930.4068-0.23450.11460.83050.41220.07831.4676-0.00920.673716.6509-30.0734-9.007
194.1678-0.1173-4.24744.99064.37588.5320.3915-0.38280.83760.93541.34540.406-0.19450.478-0.23120.5866-0.1425-0.51061.17760.42250.569219.5279-25.8226-7.7203
205.05252.76095.22257.05714.05116.9481-0.82351.12360.305-1.19090.4763-0.7968-0.80382.0341-0.01820.5855-0.3892-0.28581.67950.34521.059425.7817-34.6586-11.9848
219.41362.3257-3.07688.8954-4.6012.77340.02190.03480.0963-0.7906-0.45360.73140.80670.59450.32570.7432-0.144-0.27710.97950.16640.847516.5971-42.7376-11.5251
227.2297-1.37393.15516.34590.04964.3331-0.2739-1.3009-0.0314-0.61050.3913-0.8371-0.1376-0.6251-0.01850.96970.095-0.17811.40180.2370.609422.0065-35.7759-1.4441
230.36570.44470.89970.87111.52894.3105-0.4705-0.7070.32430.77460.06530.0571-0.4278-0.27020.3660.88660.0141-0.1991.22050.13540.875112.7317-30.5558-10.1365
249.4634-0.55646.12864.8233-1.84714.4547-0.8196-0.93760.25350.7291-0.9172-1.0993-1.10690.37781.48820.57490.0129-0.12690.67430.13790.73647.2549-28.6273-19.228
252.20820.378-1.31589.81451.12090.9641-0.3053-2.6156-0.47140.9752-0.073-1.1037-0.13560.11810.19781.18840.2960.15341.8612-0.17740.342119.3474-30.77888.0234
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 867 through 970 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 971 through 1023 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1024 through 1320 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 1321 through 1343 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 866 through 1023 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 1024 through 1208 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 1209 through 1342 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1343 through 1343 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 16 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 17 through 39 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 40 through 51 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'D' and (resid 52 through 66 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'D' and (resid 67 through 100 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 101 through 117 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 1 through 16 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 17 through 25 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 26 through 32 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 33 through 40 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 41 through 51 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 52 through 66 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 67 through 76 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 77 through 90 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 91 through 100 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 101 through 112 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 113 through 120 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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