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- PDB-5jqf: Crystal structure of the lasso peptide Sphingopyxin I (SpI) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jqf
タイトルCrystal structure of the lasso peptide Sphingopyxin I (SpI)
要素Sphingopyxin I
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Lasso peptide / isopeptide bond / macrolactam ring
機能・相同性Sphingopyxin I
機能・相同性情報
生物種Sphingopyxis alaskensis RB2256 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 0.85 Å
データ登録者Fage, C.D. / Hegemann, J.D. / Harms, K. / Bange, G. / Marahiel, M.A.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
German Research Foundation ドイツ
LOEWE-Zentrum fuer Synthetische Mikrobiologie ドイツ
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2016
タイトル: Structure and Mechanism of the Sphingopyxin I Lasso Peptide Isopeptidase.
著者: Fage, C.D. / Hegemann, J.D. / Nebel, A.J. / Steinbach, R.M. / Zhu, S. / Linne, U. / Harms, K. / Bange, G. / Marahiel, M.A.
履歴
登録2016年5月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.32019年5月8日Group: Advisory / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: database_PDB_remark / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms ...database_PDB_remark / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_PDB_remark.text
改定 2.02021年6月16日Group: Advisory / Atomic model / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sphingopyxin I
B: Sphingopyxin I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4032
ポリマ－4,4032
非ポリマー00
水63135
1
A: Sphingopyxin I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2011
ポリマ－2,2011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sphingopyxin I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,2011
ポリマ－2,2011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)39.240, 39.240, 31.410
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A1 - 21
2010B1 - 21

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Sphingopyxin I


分子量: 2201.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: An isopeptide bond exists between the N-terminus of Gly1 and side chain of Asp9
由来: (組換発現) Sphingopyxis alaskensis RB2256 (バクテリア)
プラスミド: pET41a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1D5B387*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 22.43 % / 解説: Needle-like
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M K2SO4, 20%(w/v) PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.82656 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月15日
放射モノクロメーター: Si (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.82656 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.85→50 Å / Num. obs: 24225 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 8.602 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 12.01
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
0.85-0.90.6892.2199.6
0.9-0.960.3884.05199.9
0.96-1.040.1947.821100
1.04-1.140.11212.08199.9
1.14-1.270.08415.671100
1.27-1.470.07617.311100
1.47-1.80.06221.54199.5
1.8-2.540.05225.35199.5
2.540.05227.04198.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
Coot0.8-pre (revision 4727)モデル構築
XDSOct 15, 2015データ削減
XSCALEOct 15, 2015データスケーリング
Sir2014Sir2014位相決定
精密化構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 0.85→33.98 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 0.358 / SU ML: 0.01 / SU R Cruickshank DPI: 0.0154 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.015 / ESU R Free: 0.017
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES: REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.153 1212 5 %RANDOM
Rwork0.1292 ---
obs0.1304 23012 99.8 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.7 Å
原子変位パラメータBiso max: 25.23 Å2 / Biso mean: 6.914 Å2 / Biso min: 3.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.13 Å20.07 Å20 Å2
2--0.13 Å2-0 Å2
3----0.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.85→33.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数310 0 0 41 351
Biso mean---12.89 -
残基数----42
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.019346
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.010.02297
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8132.012469
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.7923695
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.74546
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.33925.88217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.8871543
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.243
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.021418
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.0274
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6080.551178
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.5920.541175
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.7920.833220
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.7413643
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free17.62854
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.1975667
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 1806 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.21 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 0.85→0.896 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.388 176 -
Rwork0.325 3345 -
all-3521 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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