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- PDB-5jp0: Bacteroides ovatus Xyloglucan PUL GH3B with bound glucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jp0
タイトルBacteroides ovatus Xyloglucan PUL GH3B with bound glucose
要素Beta-glucosidase BoGH3B
キーワードHYDROLASE / Glycoside hydrolase / GH3
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiotic process benefiting host / xyloglucan catabolic process / : / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / periplasmic space
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / : / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain ...Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / : / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-glucopyranose / Beta-glucosidase BoGH3B
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides ovatus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Hemsworth, G.R. / Thompson, A.J. / Stepper, J. / Sobala, L.F. / Coyle, T. / Larsbrink, J. / Spadiut, O. / Stubbs, K.A. / Brumer, H. / Davies, G.J.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K00591X/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/I014802/1 英国
European Research Council322942 英国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2016
タイトル: Structural dissection of a complex Bacteroides ovatus gene locus conferring xyloglucan metabolism in the human gut.
著者: Hemsworth, G.R. / Thompson, A.J. / Stepper, J. / Sobala, F. / Coyle, T. / Larsbrink, J. / Spadiut, O. / Goddard-Borger, E.D. / Stubbs, K.A. / Brumer, H. / Davies, G.J.
履歴
登録2016年5月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年8月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase BoGH3B
B: Beta-glucosidase BoGH3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)173,3766
ポリマ－172,9672
非ポリマー4094
水8,323462
1
A: Beta-glucosidase BoGH3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6883
ポリマ－86,4831
非ポリマー2042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Beta-glucosidase BoGH3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,6883
ポリマ－86,4831
非ポリマー2042
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.169, 104.068, 160.444
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Refine code: _ / Auth seq-ID: 26 - 782 / Label seq-ID: 4 - 760

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase BoGH3B / Glycosyl hydrolase family protein 3B / BoGH3B


分子量: 86483.312 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacteroides ovatus (バクテリア) / 遺伝子: BACOVA_02659 / プラスミド: pET-21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A7LXU3, beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-BGC / beta-D-glucopyranose / beta-D-glucose / D-glucose / glucose / β-D-グルコピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DGlcpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-glucopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 462 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M sodium acetate, 15-25% PEG-3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.92 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.92 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→47.57 Å / Num. obs: 72918 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.1 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.35 Å / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.923 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1ex1

1ex1


解像度: 2.3→47.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.932 / SU B: 13.096 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.205 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21086 3561 4.9 %RANDOM
Rwork0.17697 ---
obs0.17863 69286 99.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.059 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.52 Å20 Å20 Å2
2---0.12 Å20 Å2
3----1.4 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11508 0 26 462 11996
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01911788
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0211012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4121.95516025
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.036325342
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.64151486
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.58624.971517
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.511151931
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.9791551
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21786
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02113433
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022614
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8111.8735956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8111.8725955
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.6842.7967438
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.6832.7977439
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.152.1315832
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1492.1315832
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.4413.0838588
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.315.54313384
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.30715.42913223
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 94580 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.276 234 -
Rwork0.25 5085 -
obs--99.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98530.07180.39130.55680.00471.20610.0310.13790.0005-0.22870.0157-0.02190.16910.155-0.04660.26610.04410.03410.03430.00130.009860.38118.67933.98
20.7118-0.2127-0.62611.14950.69311.99710.021-0.0050.1673-0.14720.0381-0.1973-0.19580.3654-0.05910.183-0.01650.02290.11490.0260.095874.49836.13749.643
30.35640.14760.27591.15470.32741.21620.1002-0.0881-0.01520.1459-0.0273-0.08310.20360.0399-0.07290.18310.0244-0.00460.04370.00130.009464.63712.20383.113
40.7967-0.71150.72861.5903-0.60030.80910.0728-0.0831-0.09640.07020.02980.1320.2414-0.1265-0.10260.2969-0.05280.01510.0745-0.00020.048142.234-0.70768.542
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 581
2X-RAY DIFFRACTION2A582 - 782
3X-RAY DIFFRACTION3B26 - 632
4X-RAY DIFFRACTION4B633 - 782

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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