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- PDB-5jo9: Structural characterization of the thermostable Bradyrhizobium ja... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jo9
タイトルStructural characterization of the thermostable Bradyrhizobium japonicum d-sorbitol dehydrogenase
要素Ribitol 2-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / glucitol dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / sorbitol / Ribitol 2-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Bradyrhizobium japonicum (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.894 Å
データ登録者Fredslund, F. / Otten, H. / Navarro Poulsen, J.-C. / Lo Leggio, L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2016
タイトル: Structural characterization of the thermostable Bradyrhizobium japonicumD-sorbitol dehydrogenase.
著者: Fredslund, F. / Otten, H. / Gemperlein, S. / Poulsen, J.C. / Carius, Y. / Kohring, G.W. / Lo Leggio, L.
履歴
登録2016年5月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月18日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribitol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,3963
ポリマ－26,1181
非ポリマー2772
水00
1
A: Ribitol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Ribitol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Ribitol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Ribitol 2-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,58212
ポリマ－104,4734
非ポリマー1,1098
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_885-x+3,-y+3,z1
crystal symmetry operation7_557y,x,-z+8/31
crystal symmetry operation10_887-y+3,-x+3,-z+8/31
Buried area15710 Å2
ΔGint-110 kcal/mol
Surface area32400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.879, 100.879, 88.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

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要素

#1: タンパク質 Ribitol 2-dehydrogenase


分子量: 26118.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bradyrhizobium japonicum (根粒菌) / 遺伝子: rdh, bll6662 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q89FN7
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 糖 ChemComp-SOR / sorbitol / D-sorbitol / D-glucitol / ソルビト-ル


タイプ: D-saccharide / 分子量: 182.172 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H14O6

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.63 % / 解説: Disc shaped
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.6 / 詳細: 1.4 M NaH2PO4/K2HPO4 pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.8999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年4月24日
放射モノクロメーター: Si111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.8999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.894→43.87 Å / Num. obs: 6287 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 10.32 % / CC1/2: 0.996 / Rrim(I) all: 0.247 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.894→3.07 Å / 冗長度: 10.17 % / Mean I/σ(I) obs: 1.14 / Rrim(I) all: 2.485 / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NBU

4nbu


解像度: 2.894→43.834 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.54 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2951 312 4.96 %
Rwork0.27 --
obs0.2713 6284 99.19 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.894→43.834 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1800 0 17 0 1817
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0041846
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7652514
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.8321125
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045306
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004322
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8944-3.64640.37791520.32942882X-RAY DIFFRACTION99
3.6464-43.8390.26621600.24963090X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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