PDB-5jnq: MraY tunicamycin complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jnq

タイトル

MraY tunicamycin complex

要素

Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

キーワード

Transferase/Antibiotic / Membrane protein / antibiotic / PNPT / Transferase-Antibiotic complex

機能・相同性

機能・相同性情報

phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase activity / UDP-N-acetylmuramoyl-L-alanyl-D-glutamyl-meso-2,6-diaminopimelyl-D-alanyl-D-alanine:undecaprenyl-phosphate transferase activity / peptidoglycan biosynthetic process / cell wall organization / regulation of cell shape / cell division / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium bolteae 90A9 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Johansson, P.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: MraY-antibiotic complex reveals details of tunicamycin mode of action.
著者: Hakulinen, J.K. / Hering, J. / Branden, G. / Chen, H. / Snijder, A. / Ek, M. / Johansson, P.

履歴

登録	2016年4月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月18日	Group: Database references
改定 1.2	2017年2月22日	Group: Database references
改定 1.3	2019年2月20日	Group: Advisory / Data collection / Derived calculations カテゴリ: pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact ...pdbx_data_processing_status / pdbx_validate_symm_contact / struct_conn / struct_conn_type
改定 1.4	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.5	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jnq.cif.gz	140.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jnq.ent.gz	108.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jnq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jnq_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jnq_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	5jnq_validation.xml.gz	13.9 KB	表示
CIF形式データ	5jnq_validation.cif.gz	17.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/5jnq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/5jnq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4j72S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6oyz-2 6oz6-1 6oz6-2 6oyh-2 5ixj-2 4j72-d 30043 4lfm-d 6oyz-1 6vxe-8 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #164 - 2013年8月セロトニン受容体 (Serotonin Receptor) 類似性 (1) #171 - 2014年3月神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#164 - 2013年8月
セロトニン受容体 (Serotonin Receptor)
類似性 (1)
#171 - 2014年3月
神経伝達物質輸送体 (Neurotransmitter Transporters)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

ヘテロ分子

42.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

ヘテロ分子

A: Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
85.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.640, 105.540, 134.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質

Phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase / UDP-MurNAc-pentapeptide phosphotransferase

分子量: 40947.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Clostridium bolteae 90A9 (バクテリア)
遺伝子: mraY, HMPREF1085_00623 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: R0BTE9, phospho-N-acetylmuramoyl-pentapeptide-transferase

#2: 化合物

ChemComp-TUM / Tunicamycin

分子量: 816.889 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₇H₆₀N₄O₁₆ / コメント: 抗生剤*YM

#3: 化合物

ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸

分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₂O₂

#4: 糖

ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド

タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₄H₂₈O₆ / コメント: 可溶化剤*YM

#5: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 72 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法詳細: 15 - 23 % (v/v) PEG 400, 100 mM Hepes pH 7.5 - 8.25, 4 % (v/v) aceton PH範囲: 7.5 - 8.25

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→38.2 Å / Num. obs: 14664 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 62.66 Å² / Net I/σ(I): 8.5
反射シェル	最高解像度: 2.6 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.11.6	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4J72

4j72

解像度: 2.6→38.19 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.844 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.836 / R_factor R_free error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.463 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.44 / SU R_free Blow DPI: 0.29 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.299

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.252	738	5.03 %	RANDOM
R_work	0.226	-	-	-
obs	0.228	14664	70.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 82 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.7144 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-6.5159 Å²	0 Å²
3-	-	-	9.2303 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.4 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→38.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2342	0	95	3	2440

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.01	2496	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	1.09	3383	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		823	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		25	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		359	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		2496	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	5.28
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	20.84
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		354	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		3020	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

最高解像度: 2.6 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.203	-	5.53 %
R_work	0.209	1059	-
obs	-	-	26.67 %

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 166.193 Å / Origin y: 144.81 Å / Origin z: 261.738 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	-0.538 Å²	0.092 Å²	-0.066 Å²	-	-0.5348 Å²	-0.2439 Å²	-	-	-0.2823 Å²
L	6.4388 °²	0.384 °²	-0.0296 °²	-	6.4955 °²	-0.3295 °²	-	-	1.5281 °²
S	0.289 Å °	0.7642 Å °	-1.299 Å °	-0.8277 Å °	-0.2928 Å °	-0.0677 Å °	0.3075 Å °	-0.0296 Å °	0.0038 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: { A|* }

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)