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- PDB-5jnp: Crystal structure of a rice (Oryza Sativa) cellulose synthase pla... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jnp
タイトルCrystal structure of a rice (Oryza Sativa) cellulose synthase plant conserved region (P-CR)
要素Probable cellulose synthase A catalytic subunit 8 [UDP-forming]
キーワードTRANSFERASE / cellulose synthase / plant conserved region (P-CR) / coiled-coil / glycosyltranferase
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose synthase activity / plant-type primary cell wall biogenesis / cellulose synthase (UDP-forming) / cellulose synthase (UDP-forming) activity / cellulose biosynthetic process / trans-Golgi network / cell wall organization / membrane => GO:0016020 / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Cellulose synthase, RING-type zinc finger / Zinc-binding RING-finger / Cellulose synthase / Cellulose synthase / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / PHOSPHATE ION / Probable cellulose synthase A catalytic subunit 8 [UDP-forming]
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.404 Å
データ登録者Rushton, P.S. / Olek, A.T. / Makowski, L. / Badger, J. / Steussy, C.N. / Carpita, N.C. / Stauffacher, C.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
Department of Energy (DOE, United States)DE-SC0000997 米国
引用ジャーナル: Plant Physiol. / 年: 2017
タイトル: Rice Cellulose SynthaseA8 Plant-Conserved Region Is a Coiled-Coil at the Catalytic Core Entrance.
著者: Rushton, P.S. / Olek, A.T. / Makowski, L. / Badger, J. / Steussy, C.N. / Carpita, N.C. / Stauffacher, C.V.
履歴
登録2016年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年1月18日Group: Database references
改定 1.22017年9月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable cellulose synthase A catalytic subunit 8 [UDP-forming]
B: Probable cellulose synthase A catalytic subunit 8 [UDP-forming]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7638
ポリマ－30,0112
非ポリマー7526
水1448
1
A: Probable cellulose synthase A catalytic subunit 8 [UDP-forming]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3824
ポリマ－15,0051
非ポリマー3763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Probable cellulose synthase A catalytic subunit 8 [UDP-forming]
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,3824
ポリマ－15,0051
非ポリマー3763
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2360 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area11060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.817, 150.817, 150.817
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number196
Space group name H-MF23
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-602-

PO4

21A-602-

PO4

31B-602-

PO4

41B-602-

PO4

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and resseq 434:440)
21(chain B and resseq 434:440)

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and resseq 434:440)A434 - 440
211(chain B and resseq 434:440)B434 - 440

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要素

#1: タンパク質 Probable cellulose synthase A catalytic subunit 8 [UDP-forming] / OsCesA8


分子量: 15005.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Plant Conserved Region (P-CR) Domain of Cellulose Synthase (aa 3-80 are ordered)
由来: (組換発現) Oryza sativa subsp. japonica (イネ)
遺伝子: CESA8, Os07g0208500, LOC_Os07g10770, OJ1136_A05.10, OJ1559_F09.120, OsJ_022567
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q84ZN6, cellulose synthase (UDP-forming)
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.07 % / 解説: tetragonal bipyramids
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.6 / 詳細: 1.0 M trisodium citrate dihydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月20日 / 詳細: Si(111)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.981
20.97941
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 11173 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 45.2 % / Biso Wilson estimate: 74.17 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rpim(I) all: 0.015 / Rrim(I) all: 0.088 / Χ2: 3.984 / Net I/av σ(I): 101.437 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 505517
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.4-2.4945.51100
2.49-2.5945.61100
2.59-2.745.41100
2.7-2.8545.711000.638
2.85-3.0245.611000.291
3.02-3.2645.711000.163
3.26-3.5845.511000.131
3.58-4.145.611000.103
4.1-5.1745.311000.069
5.17-5042.6199.10.068

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000710データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000710データ削減
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.404→45.473 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 35.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2715 1084 9.98 %
Rwork0.2402 --
obs0.2434 10862 97.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 204.95 Å2 / Biso mean: 85.948 Å2 / Biso min: 50.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.404→45.473 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1310 0 48 8 1366
Biso mean--119.84 82.52 -
残基数----154
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2441864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06182
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006234
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.883530
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A68X-RAY DIFFRACTION0.216TORSIONAL
12B68X-RAY DIFFRACTION0.216TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4039-2.51330.39531240.34571142126692
2.5133-2.64580.46051320.33981169130194
2.6458-2.81160.35821330.35121185131895
2.8116-3.02860.3561360.31951242137899
3.0286-3.33330.30391370.26881230136799
3.3333-3.81540.28281400.23821248138899
3.8154-4.80620.25931390.208612581397100
4.8062-45.48120.22541430.21841304144799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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