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- PDB-5jnh: Crystal Structure of cytidine monophosphate hydroxymethylase MilA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jnh
タイトルCrystal Structure of cytidine monophosphate hydroxymethylase MilA
要素CMP 5-hydroxymethylase
キーワードTRANSFERASE / CMP hydroxymethylase
機能・相同性Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / methylation / cytosol / CMP 5-hydroxymethylase
機能・相同性情報
生物種Streptomyces rimofaciens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.202 Å
データ登録者Zhao, G. / He, X.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Structural basis of the substrate preference towards CMP for a thymidylate synthase MilA involved in mildiomycin biosynthesis
著者: Zhao, G. / Chen, C. / Xiong, W. / Gao, T. / Deng, Z. / Wu, G. / He, X.
履歴
登録2016年4月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CMP 5-hydroxymethylase
B: CMP 5-hydroxymethylase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9962
ポリマ－76,9962
非ポリマー00
水6,053336
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4350 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area23390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.752, 107.752, 112.024
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-570-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CMP 5-hydroxymethylase / cytidine monophosphate hydroxymethylase MilA


分子量: 38498.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rimofaciens (バクテリア)
遺伝子: milA / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: B4Y380
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 8.5
詳細: 15% (w/v) polyethylene glycol 3350, 0.08 M Lithium sulfate monohydrate, 0.1 M Tris HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.03576 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03576 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 38532 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.8 % / Biso Wilson estimate: 26.43 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.156 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 1.002 / Net I/av σ(I): 23.235 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 838384
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.2-2.28190.7671100
2.28-2.3721.60.6361100
2.37-2.4822.30.521100
2.48-2.6122.40.3941100
2.61-2.7722.40.3011100
2.77-2.9922.30.2181100
2.99-3.2922.30.1451100
3.29-3.7622.20.1011100
3.76-4.74220.1031100
4.74-5021.10.0721100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.202→48.025 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 1875 4.87 %
Rwork0.1679 --
obs0.1698 38497 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 79.82 Å2 / Biso mean: 27.3189 Å2 / Biso min: 11.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.202→48.025 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5074 0 0 336 5410
Biso mean---32.63 -
残基数----634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085216
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8067095
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047744
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005939
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4943037
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2024-2.26190.23091670.177227582925
2.2619-2.32850.2391430.173227622905
2.3285-2.40360.24921420.175627902932
2.4036-2.48950.2451430.183228042947
2.4895-2.58920.21531550.176727822937
2.5892-2.7070.24711470.17127782925
2.707-2.84970.22531390.180427872926
2.8497-3.02830.2441070.178928492956
3.0283-3.2620.24551510.170328082959
3.262-3.59020.19481550.165928212976
3.5902-4.10950.1811320.150628372969
4.1095-5.17650.1631570.14228663023
5.1765-48.03620.18521370.186329803117

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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