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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jn0 | ||||||
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タイトル | CRK-II SH2 domain | ||||||
要素 | CRK-II SH2 domain | ||||||
キーワード | PROTEIN BINDING / SH2 domain | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / ARMS-mediated activation / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / response to hepatocyte growth factor / cellular response to endothelin / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / response to cholecystokinin / regulation of leukocyte migration ...PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / ARMS-mediated activation / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / response to hepatocyte growth factor / cellular response to endothelin / helper T cell diapedesis / cerebellar neuron development / response to cholecystokinin / regulation of leukocyte migration / Downstream signal transduction / postsynaptic specialization assembly / protein phosphorylated amino acid binding / regulation of T cell migration / response to peptide / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / regulation of dendrite development / positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / negative regulation of natural killer cell mediated cytotoxicity / response to yeast / Regulation of signaling by CBL / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / regulation of Rac protein signal transduction / negative regulation of wound healing / reelin-mediated signaling pathway / negative regulation of cell motility / protein localization to membrane / VEGFA-VEGFR2 Pathway / regulation of GTPase activity / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / establishment of cell polarity / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / positive regulation of smooth muscle cell migration / dendrite development / positive regulation of Rac protein signal transduction / regulation of cell adhesion mediated by integrin / ephrin receptor signaling pathway / cellular response to nitric oxide / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / signaling adaptor activity / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / insulin-like growth factor receptor binding / cytoskeletal protein binding / ephrin receptor binding / phosphotyrosine residue binding / SH2 domain binding / cell chemotaxis / protein tyrosine kinase binding / cellular response to nerve growth factor stimulus / hippocampus development / regulation of actin cytoskeleton organization / positive regulation of JNK cascade / neuron migration / neuromuscular junction / lipid metabolic process / response to hydrogen peroxide / receptor tyrosine kinase binding / cerebral cortex development / SH3 domain binding / cell migration / actin cytoskeleton / signaling receptor complex adaptor activity / regulation of cell shape / protein-macromolecule adaptor activity / actin cytoskeleton organization / scaffold protein binding / cell population proliferation / protein domain specific binding / ubiquitin protein ligase binding / enzyme binding / protein-containing complex / membrane / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.677 Å | ||||||
データ登録者 | Cho, J.-H. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CRK-II SH2 domain 著者: Cho, J.-H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jn0.cif.gz | 58.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5jn0.ent.gz | 41.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jn0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5jn0_validation.pdf.gz | 414.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5jn0_full_validation.pdf.gz | 415.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5jn0_validation.xml.gz | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5jn0_validation.cif.gz | 11 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/5jn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jn/5jn0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11328.528 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 6-121 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64010 | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 % |
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結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100 mM MES pH 6.5, 12% PEG 20,000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4C / 波長: 0.979 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月1日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.979 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.67→30.819 Å / Num. obs: 10693 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.056 / Χ2: 1 / Net I/av σ(I): 30.751 / Net I/σ(I): 14.8 / Num. measured all: 40731 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.677→30.819 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 18.35
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.72 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / Bsol: 32.636 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 58.13 Å2 / Biso mean: 16.92 Å2 / Biso min: 3.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.677→30.819 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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