PDB-5jls: Crystal Structure of Adhesin competence repressor (AdcR) from Str...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jls

タイトル

Crystal Structure of Adhesin competence repressor (AdcR) from Streptococcus pyogenes (C-terminally His tagged)

要素

Adhesin competence repressor

キーワード

TRANSCRIPTION / Metal-sensing transcription regulator / DNA binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA-binding transcription factor activity / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å

データ登録者

Do, H. / Kumaraswami, M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Adhesin competence repressor (AdcR) from Streptococcus pyogenes
著者: Do, H. / Kumaraswami, M.

履歴

登録	2016年4月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年5月3日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年9月13日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月11日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jls.cif.gz	41.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jls.ent.gz	27.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jls.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jls_validation.pdf.gz	434.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jls_full_validation.pdf.gz	434.5 KB	表示
XML形式データ	5jls_validation.xml.gz	7.1 KB	表示
CIF形式データ	5jls_validation.cif.gz	8.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jls	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jluC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1sd7-d 1okr-d 1sd6-d 3slu-1 2d11-1 2qqo-2 5dsd-3 2yvc-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adhesin competence repressor

ヘテロ分子

17.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Adhesin competence repressor

ヘテロ分子

A: Adhesin competence repressor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
35.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.560, 105.560, 36.790
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	94
Space group name H-M	P4₂2₁2

#1: タンパク質	Adhesin competence repressor / AdcR 分子量: 17625.096 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptococcus pyogenes serotype M3 (化膿レンサ球菌) 遺伝子: adcR, SpyM3_0069 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2USX5
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.69 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1 M imidazole, pH 7.0, 10% PEG3350, 5 mM magnesium chloride, 5 mM nickel chloride, 5 mM cobalt chloride, 14% PEG400 as additive PH範囲: 6.5-7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月22日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.115 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→47.2 Å / Num. obs: 6084 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 8.9 % / R_sym value: 0.052 / Net I/σ(I): 21
反射シェル	最高解像度: 2.7 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0103	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.965 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.924 / SU B: 10.859 / SU ML: 0.228 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.477 / ESU R Free: 0.332 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27821	327	5.4 %	RANDOM
R_work	0.20009	-	-	-
obs	0.20429	5722	99.12 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 101.409 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.02 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.05 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1061	0	1	9	1071

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	1071
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	1082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.844	1.972	1445
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.107	3	2490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.553	5	132
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	43.832	26.458	48
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.867	15	213
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.376	15	3
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.112	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	1180
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	221
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	9.214	9.537	534
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	9.221	9.534	533
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	12.238	14.258	664
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	12.246	14.269	665
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	9.665	10.629	537
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	9.657	10.635	538
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	14.483	15.502	782
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	17.86	74.472	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	17.861	74.48	1191
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.702→2.772 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.429	20	-
R_work	0.238	424	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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