PDB-5jla: Crystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase from Brucella m...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jla

タイトル

Crystal Structure of Ribose-5-phosphate Isomerase from Brucella melitensis 16M

要素

Putative short-chain dehydrogenase/reductase

キーワード

ISOMERASE / alpha-beta-alpha / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Burkholderia xenovorans (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of putative short-chain dehdrogenase/reductase from Burkholderia xenovorans LB400 bound to NAD
著者: SSGCID / Delker, S.L. / Abendroth, J. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.

履歴

登録	2016年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jla.cif.gz	400.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jla.ent.gz	326 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jla.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5jla_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jla_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	5jla_validation.xml.gz	51.2 KB	表示
CIF形式データ	5jla_validation.cif.gz	73.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jla ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jl/5jla	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3awdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3tox-3 6ixj-2 6gtu-1 2dtd-1 3gvc-1 1yde-3 3uf0-1 3uf0-3 4xgn-1 2hsd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: SSGCID-BuxeA.00010.g

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

B: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

C: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

D: Putative short-chain dehydrogenase/reductase

ヘテロ分子

116 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	126.480, 109.960, 64.990
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.900, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Putative short-chain dehydrogenase/reductase 分子量: 28320.033 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Burkholderia xenovorans (strain LB400) (バクテリア) 株: LB400 / 遺伝子: Bxe_C0850 / プラスミド: BuxeA.00010.g.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q13GR0
#2: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1020 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 1.99 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.2 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: MCSG-1 c6(269929c6): 30% PPG P400, 0.2M MgCl, 0.1M Hepes, pH=7.5; cryo: direct; BuxeA.00010.g.B1.ps02594 at 7.5 mg/ml, puck rpa3-9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月3日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射	モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→41.934 Å / Num. obs: 154161 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 4.85 % / Net I/σ(I): 10.67

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALA		データスケーリング
PHENIX	dev_2356	精密化
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減
MoRDa		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3awd

3awd

解像度: 1.45→41.934 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.1

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2363	2095	1.36 %
R_work	0.2062	-	-
obs	0.2066	153836	98.37 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 62.71 Å² / B_iso mean: 18.4934 Å² / B_iso min: 3.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.45→41.934 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7292	0	176	1037	8505
B_iso mean	-	-	20.91	29.09	-
残基数	-	-	-	-	1032

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	7706
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.959	10571
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.081	1264
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	1375
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.745	2693

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.45-1.4838	0.3859	109	0.315	9557	9666	93
1.4838-1.5209	0.2771	132	0.2502	10258	10390	100
1.5209-1.562	0.2239	149	0.2226	10169	10318	100
1.562-1.608	0.2387	143	0.208	10237	10380	100
1.608-1.6599	0.2673	141	0.2065	10235	10376	100
1.6599-1.7192	0.2496	162	0.2045	10218	10380	100
1.7192-1.788	0.2383	130	0.2082	10214	10344	100
1.788-1.8694	0.2876	133	0.22	10216	10349	99
1.8694-1.968	0.2945	130	0.2602	9640	9770	94
1.968-2.0913	0.2443	148	0.208	10209	10357	99
2.0913-2.2527	0.2226	125	0.2157	9968	10093	97
2.2527-2.4794	0.2495	132	0.2031	10027	10159	97
2.4794-2.8381	0.2263	148	0.1956	10256	10404	100
2.8381-3.5754	0.2044	159	0.1824	10251	10410	99
3.5754-41.9516	0.2145	154	0.1835	10286	10440	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.1138	-0.8445	0.8178	3.8825	-3.19	5.9865	-0.0538	0.1992	-0.1452	-0.2571	-0.0208	-0.053	0.2387	0.1496	0.0647	0.1043	-0.0484	-0.002	0.046	-0.0068	0.0965	-47.3097	-10.4741	13.3799
2	3.4701	0.6436	0.2807	2.6335	1.3176	2.0084	0.0061	0.1863	-0.256	-0.3457	0.034	0.4264	0.0642	-0.148	-0.0629	0.1679	-0.0512	-0.0077	0.1132	0.024	0.1426	-57.739	-8.3234	11.152
3	0.7952	0.0182	0.0208	3.4178	-1.7686	1.7007	-0.0433	0.0595	0.0345	-0.1645	0.0721	0.1605	0.0943	-0.1166	-0.0484	0.1233	-0.022	-0.0186	0.0873	0.0012	0.0768	-56.7847	2.5742	13.9616
4	1.0494	0.0898	-0.1335	1.6098	-0.6091	0.6818	-0.0278	-0.019	-0.0388	0.028	0.0476	0.1389	-0.0014	-0.0677	-0.0287	0.0984	-0.0133	0.0047	0.0699	-0.001	0.0767	-51.4126	7.6426	15.9651
5	1.2675	-0.401	1.1665	1.5191	-1.2699	3.8041	-0.0127	-0.0438	-0.05	0.0235	0.0715	0.0664	-0.0406	0.0449	-0.0626	0.0988	0.0148	0.0295	0.0416	0.006	0.0841	-46.3165	9.2359	21.5605
6	1.5408	-0.1114	-0.0358	1.5177	0.136	2.3868	-0.0031	0.4339	0.0409	-0.4363	0.3067	0.3014	0.1425	-0.5026	-0.1686	0.2304	-0.0728	-0.0377	0.2132	0.0385	0.1198	-44.4053	2.1921	7.0654
7	0.7689	0.3787	-0.534	1.1609	-0.6196	1.7175	-0.1124	0.2921	-0.0337	-0.4534	0.1789	0.0552	0.209	-0.2101	-0.0831	0.198	-0.0445	-0.0012	0.1598	-0.0061	0.0914	-38.222	0.7375	1.6208
8	1.5015	-0.3766	-0.3172	1.4702	0.4606	2.6262	-0.001	-0.0753	-0.0427	0.0856	0.1405	-0.0192	-0.1449	0.0907	-0.1258	0.0563	-0.0061	0.0041	0.044	-0.0159	0.0632	-36.2942	0.3496	17.6683
9	3.8306	0.0284	-0.4584	1.3152	-0.5401	2.2404	-0.1395	0.2926	-0.1032	-0.294	0.1597	-0.0629	0.2716	-0.1011	-0.046	0.1494	-0.0001	0.0316	0.0902	-0.0232	0.0907	-26.5686	12.3112	-1.7662
10	3.5194	0.3845	0.7632	2.2776	1.4596	2.7331	-0.0079	-0.0547	-0.2125	0.1032	0.0189	-0.0307	0.1777	0.0413	-0.0267	0.1258	0.0457	0.0258	0.0552	0.0036	0.135	-20.3541	-10.1659	18.7942
11	2.804	-0.316	0.2824	1.6007	-0.0108	1.2375	-0.0358	-0.2112	-0.3989	0.2568	0.0838	-0.3197	0.1404	0.1742	-0.0811	0.1732	0.0738	0.0089	0.1397	-0.0144	0.239	-9.9806	-8.8969	20.7518
12	0.6449	-0.1376	-0.0742	1.7296	0.1468	0.4156	-0.0175	-0.0016	-0.0457	0.0548	0.0905	-0.3226	0.0945	0.1158	-0.0816	0.1034	0.0173	0.0078	0.1057	-0.0275	0.1721	-10.9868	4.8442	16.6287
13	0.7322	-0.1417	-0.3682	1.1163	0.2406	1.4565	-0.0494	-0.0342	-0.0194	0.0398	0.0543	-0.1546	0.1072	0.1011	-0.0241	0.0928	0.0126	0.0113	0.0662	-0.0167	0.0968	-21.9895	6.4474	18.5898
14	0.9115	-0.1983	-0.4	1.4667	0.458	1.7874	-0.0516	-0.129	-0.0514	0.2105	0.0196	-0.0321	0.0715	0.0632	0.0267	0.1055	0.0048	0.0025	0.0767	0.0106	0.0749	-32.1813	4.0343	27.7084
15	3.9825	-1.0129	-0.498	4.4838	2.7156	4.146	0.0263	0.1483	0.211	-0.2604	-0.027	-0.0979	-0.2912	0.0579	-0.0226	0.1329	-0.0474	0.0071	0.0549	-0.0032	0.1282	-20.1109	42.8493	15.3285
16	4.2421	0.5447	0.1679	2.3973	-0.6297	1.5916	-0.1732	0.2207	0.3593	-0.2731	0.1135	-0.4418	-0.1634	0.2324	0.0075	0.1734	-0.0756	0.018	0.1478	-0.0547	0.2274	-9.4896	41.5503	14.8206
17	0.4821	-0.0111	0.0596	1.1118	0.1072	0.4537	-0.0232	0.009	0.0413	-0.0291	0.0712	-0.2633	-0.0861	0.1022	-0.0532	0.1132	-0.0068	0.0165	0.0927	-0.0274	0.133	-16.3714	26.9686	17.0003
18	2.6274	0.568	0.2953	2.3382	0.523	2.6585	0.0153	0.2688	0.0281	-0.2607	-0.0346	-0.3291	-0.062	0.2414	0.0046	0.204	-0.0205	0.0441	0.1692	0.0157	0.1046	-25.9699	27.6935	-4.4622
19	0.9139	0.4169	0.5341	1.7632	1.1453	1.8402	-0.0638	0.0491	0.0541	-0.1347	0.0462	-0.0033	-0.0556	0.016	0.0367	0.0749	0.0056	0.015	0.0568	0.0091	0.0713	-32.5397	29.6912	9.6901
20	3.8822	0.8839	-0.7534	2.9545	-1.5215	4.9958	-0.0286	-0.2197	0.2401	0.2297	0.0444	0.1096	-0.2861	0.1211	-0.0388	0.0962	0.0374	0.0255	0.0514	0.0027	0.1143	-47.5589	43.1737	17.0674
21	3.1428	-0.1293	0.0936	1.6271	1.0928	1.8285	-0.0501	-0.2201	0.3228	0.2341	0.1157	0.5161	-0.0877	-0.1673	-0.0461	0.1305	0.0558	0.0431	0.1248	0.0372	0.1991	-58.1764	41.2275	18.1343
22	0.9286	0.0745	-0.102	3.2853	-1.1381	0.7795	-0.0085	-0.0165	-0.0039	0.1058	0.1351	0.291	-0.0172	-0.1179	-0.1479	0.1073	0.0085	0.0262	0.1022	0.0171	0.1043	-56.7943	30.1257	15.245
23	3.8341	1.3253	-0.6392	7.5346	-2.3253	1.9923	-0.0454	-0.1524	-0.0427	0.223	0.1932	0.4279	-0.0114	-0.173	-0.1119	0.1224	0.0256	0.0247	0.1083	0.0215	0.1505	-58.3625	18.7099	20.3497
24	3.0588	1.1806	-1.1056	3.4212	-1.2059	2.1516	-0.0078	0.2135	0.0997	-0.2236	0.0494	0.1281	-0.1134	-0.0755	-0.0903	0.128	0.0103	-0.0152	0.1086	0.0309	0.1202	-53.2582	30.6684	4.7613
25	0.9696	0.1172	-0.3135	1.6147	-0.6184	1.4071	-0.0143	0.0168	0.0154	-0.0171	0.0522	0.0913	-0.0009	-0.0666	-0.0403	0.0645	0.0031	0.0047	0.0481	0.0005	0.0605	-45.2511	23.9772	13.2117
26	1.4623	0.0267	-0.5046	1.3403	0.3148	2.4723	-0.0302	-0.3427	-0.01	0.3905	0.3305	0.3809	-0.2182	-0.6122	-0.124	0.1961	0.1074	0.0767	0.2457	0.0587	0.1394	-45.8278	30.3939	24.251
27	3.1558	-1.8471	0.7652	2.086	0.4303	2.7423	-0.0679	-0.4196	-0.1474	0.4565	0.1053	0.3014	0.0295	-0.4073	-0.0678	0.2536	0.0354	0.0438	0.2226	0.0034	0.1189	-40.9504	27.7266	36.7844
28	0.8804	0.0346	0.1991	1.0947	-0.9032	3.5688	-0.0153	-0.0391	0.0897	0.107	0.0524	0.0265	-0.0814	-0.044	-0.0516	0.0686	0.011	0.0109	0.0581	-0.0064	0.0809	-37.7869	34.5037	16.76
29	4.8873	-0.2439	1.6057	1.0685	-1.6975	3.1812	-0.1092	-0.2473	-0.0118	0.1472	0.0568	-0.0279	-0.1872	-0.0663	0.0283	0.1756	0.0183	0.0062	0.1022	-0.0143	0.0997	-29.0724	20.3835	34.865

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 31 )	A	3 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 64 )	A	32 - 64
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 65 through 102 )	A	65 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 103 through 152 )	A	103 - 152
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 153 through 174 )	A	153 - 174
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 175 through 195 )	A	175 - 195
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 196 through 228 )	A	196 - 228
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 229 through 245 )	A	229 - 245
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 246 through 261 )	A	246 - 261
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 3 through 31 )	B	3 - 31
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 32 through 64 )	B	32 - 64
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 65 through 131 )	B	65 - 131
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 132 through 196 )	B	132 - 196
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 197 through 260 )	B	197 - 260
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 3 through 31 )	C	3 - 31
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 32 through 64 )	C	32 - 64
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 65 through 196 )	C	65 - 196
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 197 through 216 )	C	197 - 216
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 217 through 260 )	C	217 - 260
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 3 through 31 )	D	3 - 31
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 32 through 64 )	D	32 - 64
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 65 through 102 )	D	65 - 102
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 103 through 114 )	D	103 - 114
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 115 through 131 )	D	115 - 131
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 132 through 174 )	D	132 - 174
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 175 through 196 )	D	175 - 196
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 197 through 216 )	D	197 - 216
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 217 through 245 )	D	217 - 245
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 246 through 261 )	D	246 - 261

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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