PDB-5jkj: Crystal structure of esterase E22 L374D mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jkj

タイトル

Crystal structure of esterase E22 L374D mutant

要素

Esterase E22

キーワード

HYDROLASE / Esterase E32

機能・相同性

Homoserine/serine acetyltransferase MetX-like / acyltransferase activity, transferring groups other than amino-acyl groups / alpha/beta hydrolase fold / amino acid biosynthetic process / Alpha/beta hydrolase fold-1 / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / Alpha/Beta hydrolase fold / cytoplasm / Probable acyltransferase

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Zhang, Y. / Wang, P. / Yao, Q.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural basis for substrate recognition and catalysis of a novel esterase E22 with a homoserine transacetylase-like fold
著者: Zhang, Y. / Yao, Q. / Wang, P.

履歴

登録	2016年4月26日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年4月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jkj.cif.gz	170.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jkj.ent.gz	132.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jkj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jkj_validation.pdf.gz	420.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jkj_full_validation.pdf.gz	423.2 KB	表示
XML形式データ	5jkj_validation.xml.gz	34.5 KB	表示
CIF形式データ	5jkj_validation.cif.gz	54 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/5jkj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jk/5jkj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jkfC 3i1iS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6efx-1 7cm1-d 1k7f-d 1bks-d 1k8z-d 5aec-d 1a5a-d 6xe3-d 4hn4-d 5w8o-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Esterase E22

B: Esterase E22

80.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.619, 68.898, 82.524
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.11, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Esterase E22 分子量: 40443.500 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 株 (発現宿主): BL21-Gold(DE3)pLysS AG / 参照: UniProt: A0A1B1H1K0*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 869 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.37 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1M HEPES (pH 7.5), 20% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→35.394 Å / Num. obs: 94773 / % possible obs: 99.34 % / 冗長度: 1.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 20.34
反射シェル	解像度: 1.55→1.606 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3I1I

3i1i

解像度: 1.55→35.394 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.92 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1803	4757	5.02 %
R_work	0.1512	-	-
obs	0.1526	94748	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→35.394 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5690	0	0	869	6559

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	5833
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.812	7947
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.261	3441
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.055	892
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1029

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5501-1.5678	0.1913	127	0.1504	2844	X-RAY DIFFRACTION	94
1.5678-1.5862	0.2068	158	0.1565	3052	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5862-1.6055	0.185	158	0.1582	2955	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6055-1.6259	0.2213	162	0.1546	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6259-1.6473	0.1816	163	0.1537	3000	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6473-1.6698	0.2012	155	0.1569	2994	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6698-1.6937	0.1897	153	0.1477	2958	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6937-1.719	0.1965	181	0.1487	3019	X-RAY DIFFRACTION	100
1.719-1.7458	0.1798	147	0.1579	2975	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7458-1.7744	0.1846	163	0.1483	3008	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7744-1.805	0.1716	165	0.1498	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
1.805-1.8379	0.1825	151	0.1548	3035	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8379-1.8732	0.1983	136	0.1482	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8732-1.9114	0.1836	157	0.1534	2981	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9114-1.953	0.1945	158	0.1546	3022	X-RAY DIFFRACTION	100
1.953-1.9984	0.1651	128	0.1529	3014	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9984-2.0484	0.1872	170	0.1486	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0484-2.1038	0.1667	162	0.1539	3045	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1038-2.1657	0.1872	189	0.1486	2939	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1657-2.2356	0.1796	167	0.1545	2993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2356-2.3155	0.1788	153	0.1565	2989	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3155-2.4081	0.1838	155	0.1536	2987	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4081-2.5177	0.1873	173	0.1618	3008	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5177-2.6504	0.1976	160	0.1655	3005	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6504-2.8164	0.1697	171	0.1633	2996	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8164-3.0338	0.1965	185	0.1561	2985	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0338-3.3388	0.1821	158	0.1546	3011	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3388-3.8215	0.1666	163	0.138	3007	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8215-4.8128	0.1539	138	0.1285	3061	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8128-35.4036	0.1718	151	0.1562	3107	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)