+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jjh | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of amylomaltase from Corynebacterium glutamicum | ||||||
要素 | 4-alpha-glucanotransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / (beta/alpha)8-barrel | ||||||
機能・相同性 | Glycoside hydrolase, family 77 / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / beta-maltose 4-alpha-glucanotransferase activity / Glycoside hydrolase superfamily / carbohydrate metabolic process / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Corynebacterium glutamicum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Joo, S. / Kim, S. / Kim, K.-J. | ||||||
引用 | ジャーナル: to be published タイトル: Crystal structure of amylomaltase from Corynebacterium glutamicum 著者: Joo, S. / Seo, H. / Kim, S. / Kim, K.-J. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5jjh.cif.gz | 166.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb5jjh.ent.gz | 128.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5jjh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5jjh_validation.pdf.gz | 452.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 5jjh_full_validation.pdf.gz | 461.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5jjh_validation.xml.gz | 32.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5jjh_validation.cif.gz | 49.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/5jjh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jj/5jjh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4s3pS S: 精密化の開始モデル |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 79676.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Corynebacterium glutamicum (バクテリア) プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A0R7P4S4, UniProt: Q8NNA7*PLUS, 4-alpha-glucanotransferase | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Ammonium sulfate, Bis-tris |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月18日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 71588 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 22.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4S3P 解像度: 1.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.212 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 102.2 Å2 / Biso mean: 27.346 Å2 / Biso min: 11.48 Å2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.8→50 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20
|