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- PDB-5jj4: Crystal Structure of a Variant Human Activation-induced Deoxycyti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jj4
タイトルCrystal Structure of a Variant Human Activation-induced Deoxycytidine Deaminase as an MBP fusion protein
要素Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase
キーワードHYDROLASE / AID MBP-fuison Deaminase
機能・相同性
機能・相同性情報


somatic diversification of immunoglobulins / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / : / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / isotype switching ...somatic diversification of immunoglobulins / regulation of nuclear cell cycle DNA replication / single-stranded DNA cytosine deaminase / negative regulation of single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / : / DNA cytosine deamination / cytidine to uridine editing / cytidine deaminase activity / positive regulation of gene expression via chromosomal CpG island demethylation / isotype switching / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / somatic hypermutation of immunoglobulin genes / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / B cell differentiation / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / P-body / mRNA processing / outer membrane-bounded periplasmic space / cellular response to lipopolysaccharide / defense response to virus / defense response to bacterium / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
APOBEC-like, N-terminal / APOBEC-like N-terminal domain / : / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like ...APOBEC-like, N-terminal / APOBEC-like N-terminal domain / : / Cytidine Deaminase, domain 2 / Cytidine Deaminase; domain 2 / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltotetraose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein / Single-stranded DNA cytosine deaminase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.807 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Goodman, M.F. / Pham, P. / Afif, S.A.
引用ジャーナル: DNA Repair (Amst.) / 年: 2016
タイトル: Structural analysis of the activation-induced deoxycytidine deaminase required in immunoglobulin diversification.
著者: Pham, P. / Afif, S.A. / Shimoda, M. / Maeda, K. / Sakaguchi, N. / Pedersen, L.C. / Goodman, M.F.
履歴
登録2016年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年6月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_detector / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase
A: Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase
B: Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)186,70712
ポリマ－184,3913
非ポリマー2,3169
水64936
1
C: Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2364
ポリマ－61,4641
非ポリマー7723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
A: Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2364
ポリマ－61,4641
非ポリマー7723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
B: Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,2364
ポリマ－61,4641
非ポリマー7723
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.793, 96.806, 108.692
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.86, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein,Single-stranded DNA cytosine deaminase / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Activation-induced cytidine deaminase / Cytidine aminohydrolase


分子量: 61463.652 Da / 分子数: 3 / 断片: unp residues 27-384, unp residues 3-183 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, Z5632, ECs5017, AICDA, AID / プラスミド: pMALX / 詳細 (発現宿主): fixed arm MBP fusion vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): CSH50
参照: UniProt: P0AEY0, UniProt: Q9GZX7, single-stranded DNA cytosine deaminase
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Solubility mutations for MBP: E359A, K362A, D363A Linker residues between MBP and AID: A368, A369, ...Solubility mutations for MBP: E359A, K362A, D363A Linker residues between MBP and AID: A368, A369, A370 Solubility mutations for AID: 1007 N7D, 1008 R8P, 1009 R9H, 1010 K10I, 1012 L12T, 1013 Y13S, 1014 Q14N, 1016 K16N, 1018 V18G, 1019 R19I, Residues 20-22 deleted, 1025 R25H, 1026 E26K, 1032 V32E, 1034 K34E, 1036 R36L

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 100mM MES pH 6.5, 200mM Calcium Acetate, 15%PEG8000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 52735 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.8 % / Net I/σ(I): 10.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.2_1309精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3DM0 and 3EIU

3dm0

3eiu


解像度: 2.807→35.475 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.26
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2318 1987 3.77 %random selection
Rwork0.1831 ---
obs0.1849 52657 99.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.807→35.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12546 0 141 36 12723
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00813058
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.81717822
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.6884483
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0461911
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0032292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8066-2.87680.36491320.30273408X-RAY DIFFRACTION95
2.8768-2.95450.45811410.30093639X-RAY DIFFRACTION100
2.9545-3.04140.37351450.28363624X-RAY DIFFRACTION100
3.0414-3.13950.35941440.26723614X-RAY DIFFRACTION100
3.1395-3.25160.29311410.24513587X-RAY DIFFRACTION100
3.2516-3.38170.24491410.22693638X-RAY DIFFRACTION100
3.3817-3.53550.24691400.19483631X-RAY DIFFRACTION100
3.5355-3.72170.25091480.1853630X-RAY DIFFRACTION100
3.7217-3.95460.23491430.17033624X-RAY DIFFRACTION100
3.9546-4.25950.20611390.1533631X-RAY DIFFRACTION100
4.2595-4.68730.16431470.14063629X-RAY DIFFRACTION100
4.6873-5.36350.18951450.14323659X-RAY DIFFRACTION100
5.3635-6.74990.20821400.18253653X-RAY DIFFRACTION100
6.7499-35.47810.21511410.17023703X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.50981.8856-0.51693.16970.92823.3628-0.01380.07390.0814-0.17250.0014-0.499-0.08560.20620.02180.4219-0.0306-0.03220.42540.10660.875358.1518-22.3684233.0727
22.99521.57680.03195.0580.770.24450.3324-0.50470.9530.6132-0.33820.0515-0.21790.09030.00970.6257-0.134-0.06410.6229-0.19830.996546.1892-1.117248.176
33.92380.7691-0.70692.68270.5690.82150.1841-0.44490.95740.0794-0.0539-0.313-0.3090.0884-0.13590.6107-0.1033-0.09220.6664-0.08330.983455.254-6.0997241.384
41.9910.1195-1.05663.69460.6361.80530.0942-0.3160.55220.1919-0.27220.3091-0.25880.00550.19210.5917-0.0975-0.07690.5359-0.140.810944.9986-9.5533244.3518
57.85730.0154-2.12968.3753-0.10435.1293-0.05640.5190.2767-0.5772-0.33170.962-0.4454-0.630.36970.3666-0.0065-0.06330.4012-0.0820.549321.3541-28.7045234.5234
67.99111.23340.06646.56630.26824.99420.09360.0519-0.1010.1912-0.1548-0.13580.02710.0150.04910.338-0.0242-0.00440.25860.0070.443531.4804-39.5973235.7722
71.4311-0.2898-0.35885.12772.31942.60780.1363-0.1676-0.21110.5587-0.70250.67930.3139-0.64340.56930.4411-0.10750.03890.6866-0.14380.617417.6016-38.5999239.9162
82.99190.97251.14152.98510.7093.92550.0055-0.26690.11490.0316-0.01690.1348-0.0848-0.8140.00680.45570.09760.07630.9020.25960.448722.428-7.8584179.2433
92.4751.99420.99092.52492.44822.90680.25340.2704-0.93270.25480.4137-0.76290.77460.2999-0.65920.77370.1511-0.13530.7272-0.00620.905735.8757-31.6976166.4696
102.84210.29580.49593.00490.96892.62840.16940.1498-0.4107-0.06260.08750.12970.4275-0.5896-0.20010.5618-0.0002-0.02360.81480.24370.540721.7825-20.3992168.8052
112.7474-0.3099-3.66471.03270.89787.15670.41760.1157-0.58540.52270.16960.29830.29970.35-0.57040.8704-0.2779-0.07361.50540.23671.090413.6653-28.2474174.7245
121.4059-0.11991.30684.12512.35794.83390.24740.4998-0.212-0.0760.5192-0.64150.18460.7717-0.69760.53950.1275-0.08180.7594-0.06580.889442.716-21.635173.2574
135.8883-0.23160.53263.12770.68183.33150.0497-0.4868-0.05760.03870.0795-0.4266-0.0066-0.2539-0.13420.43940.0796-0.02920.4780.18040.67452.6271-3.0311194.6267
143.0854-0.60520.73083.20771.69894.6091-0.1378-0.2806-0.27210.31580.2017-0.44940.43770.3969-0.11770.56520.1365-0.10870.5990.19031.010565.0865-11.0454193.9393
158.7321-0.11-0.95633.90670.20545.56290.1281-0.1526-0.9710.01850.1520.22930.4798-0.6046-0.30450.4466-0.0045-0.08350.39640.11030.6616-15.9283-11.3526215.1402
164.0413-0.5144-0.64082.27050.25073.67840.1575-0.04950.71-0.04880.094-0.0428-0.4669-0.2087-0.19480.3820.08280.03390.32930.08790.5399-10.86733.6181216.6678
172.2628-0.63741.08611.0668-0.80982.3427-0.0523-0.44810.17020.24970.17370.1267-0.2333-0.4631-0.120.45230.07210.03670.5064-0.05020.4429-7.0618-3.1663236.3067
186.9634-0.3108-0.25325.4877-5.02944.66010.13750.66690.43320.0593-0.1323-0.69330.27991.13150.03860.49280.0152-0.11880.5508-0.06430.478613.623-5.2757233.1372
197.2388-0.119-0.14261.5335-0.79845.43040.2048-0.1823-0.00350.007-0.1621-0.20640.09240.1857-0.03740.4077-0.0113-0.02240.27040.05440.50915.75186.0211207.9555
207.0455-5.9628-7.67985.22096.46718.3981.53381.91390.8027-1.2554-1.1054-0.1556-1.3753-1.1674-0.3750.65890.13930.01680.76050.20250.74349.950412.6821196.5119
214.4229-0.2948-0.85152.8023-0.61764.60440.19040.15850.9088-0.0713-0.0114-0.3519-0.20650.5171-0.14090.4184-0.0644-0.02390.58210.09950.788827.40511.4123205.1877
225.0136-1.28484.21586.594-4.71687.4328-0.07880.3943-1.26080.0421-0.9245-0.05520.27360.30580.73890.34190.10990.01650.5236-0.17130.733446.5329-11.0021235.1723
231.9297-0.77261.89024.9831-1.0645.1540.11990.281-0.061-0.25090.1620.5124-0.0118-0.50480.09350.332-0.0394-0.29910.5980.06680.2889-1.1378-7.2667226.5935
241.0805-2.0361-0.34025.0046-1.47839.70720.2879-0.23230.28420.19680.5803-0.3760.04770.105-0.77530.57520.2120.14620.5706-0.01190.683234.0899-15.3007169.9198
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:110 )A1 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 111:183 )A111 - 183
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 184:308 )A184 - 308
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 309:366 )A309 - 366
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 367:1034 )A367 - 1034
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 1035:1118 )A1035 - 1118
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 1119:1181 )A1119 - 1181
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 1:110 )B1 - 110
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 111:203 )B111 - 203
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 204:304 )B204 - 304
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 305:322 )B305 - 322
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 323:370 )B323 - 370
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 1005:1134 )B1005 - 1134
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 1135:1182 )B1135 - 1182
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN C AND RESID 1:49 )C1 - 49
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN C AND RESID 50:111 )C50 - 111
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN C AND RESID 112:342 )C112 - 342
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN C AND RESID 343:370 )C343 - 370
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN C AND RESID 1005:1088 )C1005 - 1088
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN C AND RESID 1089:1105 )C1089 - 1105
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN C AND RESID 1106:1181 )C1106 - 1181
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN A AND RESID 1203:1203 )A1203
23X-RAY DIFFRACTION23( CHAIN C AND RESID 1203:1203 )C1203
24X-RAY DIFFRACTION24( CHAIN B AND RESID 1203:1203 )B1203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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