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- PDB-5jiu: The crystal structure of RanBPM/9 IUS-SPRY domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jiu
タイトルThe crystal structure of RanBPM/9 IUS-SPRY domain in complex with DDX-4 peptide
要素
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DDX4
  • Ran-binding protein 9
キーワードRAN BINDING PROTEIN/PEPTIDE / beta sandwich / Ran binding protein / TRANSPORT PROTEIN / RAN BINDING PROTEIN-PEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


piP-body / chromatin extrusion motor activity / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / cohesin loader activity / pi-body / L1CAM interactions / secondary piRNA processing / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation ...piP-body / chromatin extrusion motor activity / ATP-dependent H2AZ histone chaperone activity / ATP-dependent H3-H4 histone complex chaperone activity / cohesin loader activity / pi-body / L1CAM interactions / secondary piRNA processing / transposable element silencing by piRNA-mediated heterochromatin formation / transposable element silencing by piRNA-mediated DNA methylation / piRNA processing / positive regulation of amyloid precursor protein catabolic process / male meiotic nuclear division / chromatoid body / DNA clamp loader activity / microtubule nucleation / male meiosis I / microtubule associated complex / ubiquitin ligase complex / MET activates RAS signaling / Regulation of pyruvate metabolism / cytoskeleton organization / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / small GTPase binding / regulation of protein localization / RAF/MAP kinase cascade / protein-containing complex assembly / spermatogenesis / nucleic acid binding / cell differentiation / RNA helicase activity / nuclear body / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / ATP hydrolysis activity / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ran binding protein 9/10, SPRY domain / CRA domain / : / CT11-RanBPM / CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain / CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain / LisH / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. ...Ran binding protein 9/10, SPRY domain / CRA domain / : / CT11-RanBPM / CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain / CTLH/CRA C-terminal to LisH motif domain / LisH / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / SPRY domain / Lissencephaly type-1-like homology motif / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / DEAD-box subfamily ATP-dependent helicases signature. / ATP-dependent RNA helicase DEAD-box, conserved site / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Jelly Rolls / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase DDX4 / Ran-binding protein 9
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.054 Å
データ登録者Hong, S.K. / Kim, K.-H. / Kim, E.E.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
Ministry of ScienceNRF 20110021713 韓国
Korea Institute of Science and Technology 韓国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Structural Basis for the Interaction between the IUS-SPRY Domain of RanBPM and DDX-4 in Germ Cell Development.
著者: Hong, S.K. / Kim, K.H. / Song, E.J. / Kim, E.E.
履歴
登録2016年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ran-binding protein 9
B: Ran-binding protein 9
C: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX4
D: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,9626
ポリマ－56,8914
非ポリマー712
水4,972276
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.318, 123.318, 91.986
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4

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要素

#1: タンパク質 Ran-binding protein 9 / RanBP9 / BPM-L / BPM90 / Ran-binding protein M / RanBPM / RanBP7


分子量: 26344.484 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 108-350 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RANBP9, RANBPM / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3) / 参照: UniProt: Q96S59
#2: タンパク質・ペプチド Probable ATP-dependent RNA helicase DDX4 / DEAD box protein 4 / Mvh / Vasa homolog


分子量: 2101.184 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 201-220 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q61496, RNA helicase
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 276 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.98 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20~25% (w/v) PEG 3350, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M NaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 42894 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 2.5 % / Net I/σ(I): 22.2658
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5JI7

5ji7


解像度: 2.054→32.058 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.54 / 位相誤差: 20.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2025 2011 4.82 %
Rwork0.1661 --
obs0.1678 41717 97.16 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.054→32.058 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3384 0 2 276 3662
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083480
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0684720
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1751276
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043480
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006628
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0541-2.10550.27791370.26812633X-RAY DIFFRACTION92
2.1055-2.16240.26721350.24282749X-RAY DIFFRACTION94
2.1624-2.2260.25461500.21762799X-RAY DIFFRACTION96
2.226-2.29780.26351470.20152820X-RAY DIFFRACTION96
2.2978-2.37990.25811370.19962769X-RAY DIFFRACTION96
2.3799-2.47520.22631400.1962835X-RAY DIFFRACTION97
2.4752-2.58780.29121420.19392845X-RAY DIFFRACTION98
2.5878-2.72420.23331470.18732861X-RAY DIFFRACTION99
2.7242-2.89470.2581450.19082909X-RAY DIFFRACTION99
2.8947-3.11810.19931460.18022884X-RAY DIFFRACTION99
3.1181-3.43150.21831400.17192898X-RAY DIFFRACTION99
3.4315-3.92730.18691500.14882921X-RAY DIFFRACTION99
3.9273-4.94510.13551440.12152851X-RAY DIFFRACTION97
4.9451-32.06190.16541510.13462932X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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