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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jis | ||||||
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タイトル | The Crystal Structure of O-acetyl serine sulfhydralase from Brucella abortus | ||||||
![]() | Cysteine synthase | ||||||
![]() | TRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() transferase activity, transferring alkyl or aryl (other than methyl) groups / cysteine biosynthetic process from serine 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Dharavath, S. / Gourinath, S. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure-based mutational studies of O-acetylserine sulfhydrylase reveal the reason for the loss of cysteine synthase complex formation in Brucella abortus 著者: Dharavath, S. / Raj, I. / Gourinath, S. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 266.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 215.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 457.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 462.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 49.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 70.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38038.742 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: S19 / 遺伝子: BAbS19_I09950 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.48 % / 解説: Diamond shaped |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: sodium cacodylate, potassium bromide, PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 75389 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.7 % / Net I/σ(I): 12.41 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.24 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1o58 解像度: 2.2→40.068 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 4.857 / SU ML: 0.126 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.256 / ESU R Free: 0.197 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.005 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→40.068 Å
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拘束条件 |
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