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- PDB-5jie: Crystal structure of the Orsay virus delta protein N-terminal fra... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jie
タイトルCrystal structure of the Orsay virus delta protein N-terminal fragment (aa 1~66)
要素Protein delta
キーワードVIRAL PROTEIN / Delta protein / Orsay virus / C. elegans / helical
機能・相同性Protein delta
機能・相同性情報
生物種Orsay virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1374 Å
データ登録者Fan, Y. / Guo, Y. / Zhong, W. / Tao, Y.J.
引用ジャーナル: PLoS Pathog. / 年: 2017
タイトル: Structure of a pentameric virion-associated fiber with a potential role in Orsay virus entry to host cells.
著者: Fan, Y. / Guo, Y.R. / Yuan, W. / Zhou, Y. / Holt, M.V. / Wang, T. / Demeler, B. / Young, N.L. / Zhong, W. / Tao, Y.J.
履歴
登録2016年4月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年4月5日Group: Database references
改定 1.22024年3月6日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation_wavelength.wavelength

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Protein delta
C: Protein delta
E: Protein delta
D: Protein delta
A: Protein delta


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,6925
ポリマ－36,6925
非ポリマー00
水3,549197
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14500 Å2
ΔGint-142 kcal/mol
Surface area14830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)175.013, 32.133, 65.648
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.710, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
Protein delta


分子量: 7338.308 Da / 分子数: 5 / 断片: UNP residues 1-66 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Orsay virus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9KNV6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 197 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.4850.39
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法詳細
2931蒸気拡散法, ハンギングドロップ法1.6 M ammonium sulfate, 0.1 M MES monohydrate (pH 6.5), and 12% v/v dioxane
2932蒸発脱水法0.1 M citric acid (pH 5.0) and 14% (w/v) PEG 6,000

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 21-ID-D10.97853
シンクロトロンAPS 21-ID-G20.97857
検出器
タイプID検出器日付
MARMOSAIC 300 mm CCD1CCD2015年2月12日
MARMOSAIC 300 mm CCD2CCD2015年4月3日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2SINGLE WAVELENGTHMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978531
20.978571
反射解像度: 2.137→50 Å / Num. obs: 19535 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4.3 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/av σ(I): 11.738 / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.137-2.183.40.583176.5
2.18-2.223.50.508181.8
2.22-2.263.70.437185.1
2.26-2.313.70.423190.1
2.31-2.363.90.405193
2.36-2.4140.378195.3
2.41-2.474.20.381197.6
2.47-2.544.40.356199
2.54-2.614.50.3321100
2.61-2.74.60.261100
2.7-2.794.70.2461100
2.79-2.94.80.2241100
2.9-3.044.70.1851100
3.04-3.24.70.1521100
3.2-3.44.60.1131100
3.4-3.664.60.089199.8
3.66-4.034.60.082199.9
4.03-4.614.50.061199.9
4.61-5.814.50.0531100
5.81-504.30.049199.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
AutoSol位相決定
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1374→48.018 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2314 953 4.88 %
Rwork0.2064 --
obs0.2077 19510 95.29 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.72 Å2 / Biso mean: 35.3721 Å2 / Biso min: 18.84 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.1374→48.018 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2296 0 0 197 2493
Biso mean---41.22 -
残基数----294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8463184
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044381
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005387
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.682818
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.1374-2.25010.2725950.23472128222378
2.2501-2.3910.24961340.21482504263892
2.391-2.57570.25551390.21582701284098
2.5757-2.83480.26271410.200227812922100
2.8348-3.24490.22741590.198727632922100
3.2449-4.0880.231370.188828102947100
4.088-48.030.2071480.21632870301899

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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