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- PDB-5jhw: Crystal Structure of the GDF11:Follistatin 288 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jhw
タイトルCrystal Structure of the GDF11:Follistatin 288 complex
要素
  • Follistatin
  • Growth/differentiation factor 11
キーワードCYTOKINE/Signaling Protein / GDF11 / follistatin / TGFbeta / Ligand / CYTOKINE-Signaling Protein complex
機能・相同性
機能・相同性情報


spinal cord anterior/posterior patterning / type B pancreatic cell maturation / negative regulation of amacrine cell differentiation / activin receptor antagonist activity / Antagonism of Activin by Follistatin / amacrine cell differentiation / ameloblast differentiation / positive regulation of hair follicle development / regulation of BMP signaling pathway / gamete generation ...spinal cord anterior/posterior patterning / type B pancreatic cell maturation / negative regulation of amacrine cell differentiation / activin receptor antagonist activity / Antagonism of Activin by Follistatin / amacrine cell differentiation / ameloblast differentiation / positive regulation of hair follicle development / regulation of BMP signaling pathway / gamete generation / camera-type eye morphogenesis / pattern specification process / activin binding / activin receptor signaling pathway / SMAD protein signal transduction / negative regulation of activin receptor signaling pathway / metanephros development / heparan sulfate proteoglycan binding / ureteric bud development / hair follicle morphogenesis / negative regulation of epithelial cell differentiation / female gonad development / roof of mouth development / odontogenesis of dentin-containing tooth / mesoderm development / positive regulation of SMAD protein signal transduction / keratinocyte proliferation / hematopoietic progenitor cell differentiation / BMP signaling pathway / skeletal system development / cytokine activity / growth factor activity / response to organic cyclic compound / nervous system development / cell population proliferation / cell differentiation / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Follistatin, N-terminal / : / Extracellular Matrix Fibrillin / TGF-beta binding (TB) domain / Follistatin/Osteonectin EGF domain / Follistatin/Osteonectin-like EGF domain / TB domain / TGF-beta binding (TB) domain superfamily / TGF-beta binding (TB) domain profile. / Follistatin-like, N-terminal ...Follistatin, N-terminal / : / Extracellular Matrix Fibrillin / TGF-beta binding (TB) domain / Follistatin/Osteonectin EGF domain / Follistatin/Osteonectin-like EGF domain / TB domain / TGF-beta binding (TB) domain superfamily / TGF-beta binding (TB) domain profile. / Follistatin-like, N-terminal / Follistatin-N-terminal domain-like / Kazal-type serine protease inhibitor domain / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 - #30 / TGF-beta, propeptide / TGF-beta propeptide / Transforming growth factor beta, conserved site / TGF-beta family signature. / Transforming growth factor-beta-related / Kazal type serine protease inhibitors / Transforming growth factor-beta (TGF-beta) family / Transforming growth factor-beta, C-terminal / Kazal domain superfamily / Transforming growth factor beta like domain / TGF-beta family profile. / Kazal domain / Kazal domain profile. / Wheat Germ Agglutinin (Isolectin 2); domain 1 / Cystine-knot cytokine / Alpha-Beta Complex / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / PHOSPHATE ION / Growth/differentiation factor 11 / Follistatin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Walker, R.G. / Thompson, T.B.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM114640 米国
Muscular Dystrophy Association240087 米国
American Heart Association12PRE11790027 米国
引用ジャーナル: BMC Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural basis for potency differences between GDF8 and GDF11.
著者: Walker, R.G. / Czepnik, M. / Goebel, E.J. / McCoy, J.C. / Vujic, A. / Cho, M. / Oh, J. / Aykul, S. / Walton, K.L. / Schang, G. / Bernard, D.J. / Hinck, A.P. / Harrison, C.A. / Martinez- ...著者: Walker, R.G. / Czepnik, M. / Goebel, E.J. / McCoy, J.C. / Vujic, A. / Cho, M. / Oh, J. / Aykul, S. / Walton, K.L. / Schang, G. / Bernard, D.J. / Hinck, A.P. / Harrison, C.A. / Martinez-Hackert, E. / Wagers, A.J. / Lee, R.T. / Thompson, T.B.
履歴
登録2016年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Growth/differentiation factor 11
B: Growth/differentiation factor 11
C: Follistatin
D: Follistatin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,73614
ポリマ－88,1274
非ポリマー1,60910
水3,063170
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14780 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area39860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.960, 59.080, 288.460
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
12chain C
22chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNSERSERchain AAA1 - 1091 - 109
21ASNASNSERSERchain BBB1 - 1091 - 109
12GLYGLYASNASNchain CCC1 - 2881 - 288
22GLYGLYASNASNchain DDD1 - 2881 - 288

NCSアンサンブル:
ID
1
2

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要素

#1: タンパク質 Growth/differentiation factor 11 / GDF-11 / Bone morphogenetic protein 11 / BMP-11


分子量: 12471.309 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 299-407 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GDF11, BMP11
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: O95390
#2: タンパク質 Follistatin / FS / Activin-binding protein


分子量: 31592.205 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 30-317 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FST
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P19883
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: C6H5O7
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 100mM Phosphate/Citrate pH 4.2, 14% EtOH, 1% PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 1.03321 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.03321 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→72.11 Å / Num. obs: 49861 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.74 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.519 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
Aimless0.3.11データスケーリング
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HH2

3hh2


解像度: 2.35→41.276 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.04
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2468 2120 5.17 %
Rwork0.2024 --
obs0.2047 40978 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 144.58 Å2 / Biso mean: 60.65 Å2 / Biso min: 25.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→41.276 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6011 0 106 170 6287
Biso mean--89.64 50.84 -
残基数----784
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0056309
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.968456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.038878
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061114
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.2872368
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1044X-RAY DIFFRACTION5.9TORSIONAL
12B1044X-RAY DIFFRACTION5.9TORSIONAL
21C2522X-RAY DIFFRACTION5.9TORSIONAL
22D2522X-RAY DIFFRACTION5.9TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.40470.36351080.270125582666100
2.4047-2.46480.28591540.257225652719100
2.4648-2.53140.29011240.255225412665100
2.5314-2.60590.31281340.241925302664100
2.6059-2.690.29341270.236826012728100
2.69-2.78610.30061290.231525602689100
2.7861-2.89770.27811450.229225442689100
2.8977-3.02950.29951410.234425622703100
3.0295-3.18920.27621580.221925462704100
3.1892-3.38890.271600.218225702730100
3.3889-3.65040.25271160.205626142730100
3.6504-4.01750.21041520.187626112763100
4.0175-4.59820.19161670.161125972764100
4.5982-5.79070.23251620.172726612823100
5.7907-41.28270.23521430.19392798294199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.20943.98463.07988.38052.33365.6603-0.36190.4880.8852-0.5696-0.22170.8298-0.7304-0.36260.40290.71950.00860.04520.4203-0.10150.522517.5811-1.1683-29.2259
24.40132.46835.36063.66742.64976.5962-0.70660.68220.4698-0.58540.2860.3269-1.29940.96040.30860.4447-0.0561-0.07260.38040.04990.439516.4709-4.4638-48.7407
34.2441-2.58130.53624.7261-0.25092.74990.21890.06240.44060.155-0.0142-0.46780.19790.3955-0.26070.449-0.0375-0.07250.4167-0.05980.434930.6319-14.6447-24.2161
41.60851.10682.16971.82851.49814.46940.23860.01870.01550.16890.05290.10980.6285-0.4085-0.18540.1976-0.0416-0.00490.37160.01360.387815.4771-14.767-47.9433
56.32220.2556-0.63086.5071-1.02596.4166-0.17930.1945-0.21450.29940.046-0.63780.40011.4432-0.0160.44260.03230.05620.79-0.02860.656440.2742-24.2957-40.1353
63.32331.9931-1.20423.1862-3.30213.68430.2503-0.42820.0710.3329-0.4167-0.1761-0.38530.61020.15770.3201-0.0290.02990.4364-0.0510.444334.3965-27.2623-21.2544
74.726-2.11780.36343.36190.25953.1138-0.11980.21630.83340.20980.32190.2121-0.39630.207-0.2090.4394-0.08520.03540.54230.08060.536628.8417-9.542-45.0125
82.20641.9667-2.62744.1865-5.92848.38050.798-0.25190.23240.6463-1.067-0.2152-0.96990.0726-0.16030.32030.039-0.00050.4263-0.08150.3928.6633-19.3466-36.0284
91.86311.9933-1.88462.402-3.4715.13460.01880.1506-0.08760.1610.0620.1614-0.0398-0.5232-0.12270.3379-0.06330.00810.2994-0.04310.336123.6513-28.4971-21.1698
105.5607-1.29910.35274.1969-1.9344.8263-0.0530.6667-0.1016-0.1793-0.0797-0.25470.48190.37080.09830.2796-0.03150.06460.6758-0.1190.370533.5569-25.5502-55.0762
110.7532-0.0624-0.34610.39870.58813.74690.11930.1204-0.0496-0.20170.0144-0.03030.06810.2732-0.13890.6942-0.03630.06340.3634-0.00940.544228.5686-46.2233-25.3316
122.8652-0.1702-0.89042.8650.93612.48180.0047-0.180.14210.27560.1205-0.4149-0.93521.1483-0.28610.815-0.3206-0.06790.6999-0.02020.322224.9679-29.1453.5606
135.795-0.85690.64023.4238-3.63624.23270.2360.6357-0.0929-1.45810.04740.8641-0.1739-0.0486-0.23011.15180.041-0.18970.4517-0.03440.53593.4637-29.0644-0.5606
144.3652-2.40191.77396.9224-1.26851.9001-0.1259-0.15490.32730.59150.0542-0.2414-0.4844-0.08860.07520.6303-0.05770.11390.3234-0.07990.420613.8748-9.386-15.4221
150.52420.0083-1.59650.65741.27135.12110.00420.1280.17390.0736-0.050.5034-0.3014-0.37010.05890.42430.026-0.04430.6140.04310.6639-3.4416-8.7359-47.4421
167.40570.2781-1.84692.69060.49123.28610.07070.76580.9952-0.81150.2665-0.4575-0.70580.4411-0.2310.6637-0.21370.01070.8110.19280.520717.2055-13.9383-75.8723
175.89791.16322.05096.4939-0.8124.60050.3836-0.1086-0.39660.58750.02330.1416-0.0972-0.1838-0.21730.4718-0.0836-0.05190.7446-0.05580.463213.2604-34.0498-68.7159
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 15 )A1 - 15
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 16 through 44 )A16 - 44
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 45 through 72 )A45 - 72
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 73 through 109 )A73 - 109
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 15 )B1 - 15
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 16 through 44 )B16 - 44
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 45 through 72 )B45 - 72
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 73 through 78 )B73 - 78
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 79 through 109 )B79 - 109
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'C' and (resid 1 through 72 )C1 - 72
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 73 through 161 )C73 - 161
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 162 through 215 )C162 - 215
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 216 through 288 )C216 - 288
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 72 )D1 - 72
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 73 through 161 )D73 - 161
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 162 through 222 )D162 - 222
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 223 through 288 )D223 - 288

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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