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- PDB-5jhf: Crystal structure of Atg13(17BR)-Atg13(17LR)-Atg17-Atg29-Atg31 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jhf
タイトルCrystal structure of Atg13(17BR)-Atg13(17LR)-Atg17-Atg29-Atg31 complex
要素
  • Atg13 17BR
  • Atg13 17LR
  • KLTH0C07942p
  • KLTH0D11660p
  • KLTH0D15642p
キーワードPROTEIN TRANSPORT / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


Atg1/ULK1 kinase complex / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phagophore assembly site / autophagosome assembly / mitophagy / autophagy / protein transport / cytosol
類似検索 - 分子機能
Arc Repressor Mutant, subunit A - #2570 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 17 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 29 / Autophagy-related protein 29 superfamily / Atg29, N-terminal / Autophagy-related protein 31 / Atg29 N-terminal domain / Autophagy protein ATG17-like domain ...Arc Repressor Mutant, subunit A - #2570 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 17 / Autophagy-related protein 31 / Autophagy-related protein 29 / Autophagy-related protein 29 superfamily / Atg29, N-terminal / Autophagy-related protein 31 / Atg29 N-terminal domain / Autophagy protein ATG17-like domain / Autophagy protein ATG17-like domain / Autophagy-related protein 13, N-terminal / Autophagy-related protein 13 / Autophagy-related protein 13 / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / HORMA domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 13 / KLTH0C07942p / Autophagy-related protein 29 / Autophagy-related protein 17
類似検索 - 構成要素
生物種Lachancea thermotolerans (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.21 Å
データ登録者Fujioka, Y. / Noda, N.N.
引用ジャーナル: Dev.Cell / 年: 2016
タイトル: The Intrinsically Disordered Protein Atg13 Mediates Supramolecular Assembly of Autophagy Initiation Complexes.
著者: Yamamoto, H. / Fujioka, Y. / Suzuki, S.W. / Noshiro, D. / Suzuki, H. / Kondo-Kakuta, C. / Kimura, Y. / Hirano, H. / Ando, T. / Noda, N.N. / Ohsumi, Y.
履歴
登録2016年4月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年8月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: KLTH0D11660p
B: KLTH0C07942p
C: KLTH0D15642p
D: KLTH0D11660p
E: KLTH0C07942p
F: KLTH0D15642p
G: Atg13 17BR
H: Atg13 17BR
I: Atg13 17LR
J: Atg13 17LR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)158,00910
ポリマ－158,00910
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area22880 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area67560 Å2
手法PISA
2
A: KLTH0D11660p
B: KLTH0C07942p
C: KLTH0D15642p
G: Atg13 17BR
I: Atg13 17LR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0045
ポリマ－79,0045
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8610 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area36520 Å2
手法PISA
3
D: KLTH0D11660p
E: KLTH0C07942p
F: KLTH0D15642p
H: Atg13 17BR
J: Atg13 17LR


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,0045
ポリマ－79,0045
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8330 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area36980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)147.956, 64.043, 184.387
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12B
22E
13C
23F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLUGLUAA1 - 821 - 82
21METMETGLUGLUDD1 - 821 - 82
12VALVALHISHISBB9 - 1469 - 146
22VALVALHISHISEE9 - 1469 - 146
13METMETVALVALCC1 - 4131 - 413
23METMETVALVALFF1 - 4131 - 413

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 KLTH0D11660p / Atg29


分子量: 10493.102 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 1-87 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachancea thermotolerans (strain ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284) (菌類)
株: ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284 / 遺伝子: KLTH0D11660g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5DF24
#2: タンパク質 KLTH0C07942p / Atg31


分子量: 17387.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachancea thermotolerans (strain ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284) (菌類)
株: ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284 / 遺伝子: KLTH0C07942g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5DEB9
#3: タンパク質 KLTH0D15642p / Atg17


分子量: 48312.809 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lachancea thermotolerans (strain ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284) (菌類)
株: ATCC 56472 / CBS 6340 / NRRL Y-8284 / 遺伝子: KLTH0D15642g / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5DFJ6
#4: タンパク質・ペプチド Atg13 17BR


分子量: 1575.774 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lachancea thermotolerans (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5DB94*PLUS
#5: タンパク質・ペプチド Atg13 17LR


分子量: 1235.368 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lachancea thermotolerans (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C5DB94*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 5% polyethylene glycol monomethyl ether 5000, 100 mM Tris-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→50 Å / Num. obs: 53805 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.3 % / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 3.2→3.26 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P1W

4p1w


解像度: 3.21→49.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 40.235 / SU ML: 0.302 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.696 / ESU R Free: 0.385 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2651 2700 5.1 %RANDOM
Rwork0.22393 ---
obs0.22596 50369 98.28 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 142.453 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.66 Å20 Å27.59 Å2
2---0.08 Å2-0 Å2
3----6.6 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.21→49.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9843 0 0 0 9843
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0199991
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.029549
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7261.94913521
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.105321840
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.23851246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.18525.04502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg24.037151707
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.5741563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.21555
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211506
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.022321
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.7828.2285032
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.7828.2265031
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it10.23712.3286262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other10.23712.336263
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it7.8348.5224959
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other7.8338.5244960
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other12.18412.5767260
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined15.26763.70111540
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other15.26763.71111541
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A28900.15
12D28900.15
21B66880.08
22E66880.08
31C215250.13
32F215250.13
LS精密化 シェル解像度: 3.209→3.292 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 169 -
Rwork0.326 3182 -
obs--85.59 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.69780.8645-1.84098.21740.97146.44640.0379-0.56581.38841.29220.27540.0437-1.41810.1613-0.31331.30960.0111-0.17170.9018-0.07151.227912.88524.846520.9603
24.42653.1501-0.96878.7184-2.15972.6927-0.159-0.4710.24220.244-0.1813-0.6122-0.55220.43780.34030.56280.1098-0.090.38750.00220.2917.93099.44415.531
30.16710.1144-0.05230.3658-0.25530.7923-0.1948-0.10950.014-0.1848-0.1524-0.07610.33030.2230.34720.37110.09020.10240.28460.08870.1668-8.5192-2.687631.9646
44.4733-1.732-2.611410.5058-0.84634.2256-0.17810.3293-0.2275-0.00740.3467-1.55471.34490.1575-0.16861.21060.1285-0.22681.441-0.07711.5748-112.7869-10.3549182.1013
53.38510.904-1.39858.2475-3.03385.19770.0975-0.5032-0.62240.40450.0039-0.51040.20680.4651-0.10140.15640.0351-0.12510.5777-0.16430.7224-121.00555.6722178.4589
61.3329-0.2308-0.65230.16330.1270.63670.1443-0.35760.2765-0.06970.06360.06820.04860.2987-0.20790.311-0.05870.29030.3677-0.16130.68-107.270517.0896157.4192
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 82
2X-RAY DIFFRACTION2B9 - 146
3X-RAY DIFFRACTION3C1 - 413
4X-RAY DIFFRACTION4D1 - 82
5X-RAY DIFFRACTION5E9 - 146
6X-RAY DIFFRACTION6F1 - 413

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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