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万見
- PDB-5jh5: Structural Basis for the Hierarchical Assembly of the Core of PRC1.1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jh5
タイトルStructural Basis for the Hierarchical Assembly of the Core of PRC1.1
要素
  • BCL-6 corepressor-like protein 1
  • Lysine-specific demethylase 2B
  • Polycomb group RING finger protein 1
  • S-phase kinase-associated protein 1
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/TRANSCRIPTION / gene repression / complex / transcription regulation / transcription repressor / METAL BINDING PROTEIN-TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


fourth ventricle development / initiation of neural tube closure / midbrain-hindbrain boundary morphogenesis / third ventricle development / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / embryonic camera-type eye morphogenesis / PRC1 complex / lateral ventricle development / negative regulation of neural precursor cell proliferation ...fourth ventricle development / initiation of neural tube closure / midbrain-hindbrain boundary morphogenesis / third ventricle development / [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me/H3K36me2 demethylase activity / embryonic camera-type eye morphogenesis / PRC1 complex / lateral ventricle development / negative regulation of neural precursor cell proliferation / F-box domain binding / hindbrain development / PcG protein complex / unmethylated CpG binding / histone H3K36 demethylase activity / positive regulation of ubiquitin protein ligase activity / Cul7-RING ubiquitin ligase complex / maintenance of protein location in nucleus / Loss of Function of FBXW7 in Cancer and NOTCH1 Signaling / midbrain development / SCF ubiquitin ligase complex / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / ubiquitin ligase complex scaffold activity / positive regulation of stem cell population maintenance / Prolactin receptor signaling / protein monoubiquitination / cullin family protein binding / histone demethylase activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / protein K48-linked ubiquitination / Nuclear events stimulated by ALK signaling in cancer / forebrain development / Regulation of BACH1 activity / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / molecular function activator activity / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / NIK-->noncanonical NF-kB signaling / promoter-specific chromatin binding / Vpu mediated degradation of CD4 / Dectin-1 mediated noncanonical NF-kB signaling / Iron uptake and transport / Activation of NF-kappaB in B cells / Degradation of GLI1 by the proteasome / transcription coregulator activity / Negative regulation of NOTCH4 signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / Degradation of GLI2 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / HDMs demethylate histones / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / CLEC7A (Dectin-1) signaling / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / beta-catenin binding / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / FCERI mediated NF-kB activation / Interleukin-1 signaling / Orc1 removal from chromatin / protein polyubiquitination / transcription corepressor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / Circadian Clock / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / Downstream TCR signaling / chromatin organization / Neddylation / chromosome / spermatogenesis / positive regulation of cell growth / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron apoptotic process / rRNA binding / protein ubiquitination / chromatin remodeling / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / centrosome / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / PHD-finger / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / : ...BCL-6 corepressor, PCGF1 binding domain / PCGF Ub-like fold discriminator superfamily / : / BCORL-PCGF1-binding domain / PHD-finger / RAWUL domain / RAWUL domain RING finger- and WD40-associated ubiquitin-like / Jumonji, helical domain / Jumonji helical domain / : / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / F-box-like / CXXC zinc finger domain / Zinc finger, CXXC-type / Zinc finger CXXC-type profile. / F-box domain / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / Potassium Channel Kv1.1; Chain A / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, RING-type, conserved site / Zinc finger RING-type signature. / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Ring finger / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Ankyrin repeats (3 copies) / Ankyrin repeat profile. / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Ankyrin repeat region circular profile. / ankyrin repeats / Ankyrin repeat / Zinc finger RING-type profile. / Leucine-rich repeat domain superfamily / Zinc finger, RING-type / Ankyrin repeat-containing domain superfamily / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Ubiquitin-like (UB roll) / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Roll / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-phase kinase-associated protein 1 / BCL-6 corepressor-like protein 1 / Lysine-specific demethylase 2B / Polycomb group RING finger protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Wong, S.J. / Taylor, A.B. / Hart, P.J. / Kim, C.A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2016
タイトル: KDM2B Recruitment of the Polycomb Group Complex, PRC1.1, Requires Cooperation between PCGF1 and BCORL1.
著者: Wong, S.J. / Gearhart, M.D. / Taylor, A.B. / Nanyes, D.R. / Ha, D.J. / Robinson, A.K. / Artigas, J.A. / Lee, O.J. / Demeler, B. / Hart, P.J. / Bardwell, V.J. / Kim, C.A.
履歴
登録2016年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月19日Group: Database references
改定 1.22024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 2B
B: S-phase kinase-associated protein 1
C: Polycomb group RING finger protein 1
D: BCL-6 corepressor-like protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,5554
ポリマ－78,5554
非ポリマー00
水1,15364
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.049, 73.796, 123.014
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 2B / CXXC-type zinc finger protein 2 / F-box and leucine-rich repeat protein 10 / F-box protein FBL10 / ...CXXC-type zinc finger protein 2 / F-box and leucine-rich repeat protein 10 / F-box protein FBL10 / F-box/LRR-repeat protein 10 / JmjC domain-containing histone demethylation protein 1B / Jumonji domain-containing EMSY-interactor methyltransferase motif protein / Protein JEMMA / Protein-containing CXXC domain 2 / [Histone-H3]-lysine-36 demethylase 1B


分子量: 32494.600 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1059-1336 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM2B, CXXC2, FBL10, FBXL10, JHDM1B, PCCX2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8NHM5, [histone H3]-dimethyl-L-lysine36 demethylase
#2: タンパク質 S-phase kinase-associated protein 1 / Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti ...Cyclin-A/CDK2-associated protein p19 / p19A / Organ of Corti protein 2 / OCP-2 / Organ of Corti protein II / OCP-II / RNA polymerase II elongation factor-like protein / SIII / Transcription elongation factor B polypeptide 1-like / p19skp1


分子量: 18689.455 Da / 分子数: 1 / 断片: Residues 2-163 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SKP1, EMC19, OCP2, SKP1A, TCEB1L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P63208
#3: タンパク質 Polycomb group RING finger protein 1 / Nervous system Polycomb-1 / NSPc1 / RING finger protein 68


分子量: 13205.894 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 150-255 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PCGF1, NSPC1, RNF68 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BSM1
#4: タンパク質 BCL-6 corepressor-like protein 1 / BCoR-like protein 1


分子量: 14164.601 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 1594-1711 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCORL1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5H9F3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.22 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.25
詳細: 100 mM HEPES, 10 % 2-methyl-2,4-pentanediol, 10 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 0.97962 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97962 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→63.282 Å / Num. obs: 21463 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 44.86 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.114 / Net I/σ(I): 15.5
反射 シェル解像度: 2.55→2.69 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.97 / Mean I/σ(I) obs: 2 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
autoSHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.55→63.282 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.91 / 位相誤差: 28.71
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 1999 9.32 %
Rwork0.2062 --
obs0.211 21412 99.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→63.282 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4951 0 0 64 5015
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045049
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.676824
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.2781921
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004861
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.58230.39851320.33961316X-RAY DIFFRACTION96
2.5823-2.61630.34161360.32621310X-RAY DIFFRACTION97
2.6163-2.65210.39971110.31711334X-RAY DIFFRACTION99
2.6521-2.690.34071540.28471329X-RAY DIFFRACTION99
2.69-2.73020.35931380.27731366X-RAY DIFFRACTION100
2.7302-2.77280.34211360.25461318X-RAY DIFFRACTION100
2.7728-2.81830.32891570.24441368X-RAY DIFFRACTION100
2.8183-2.86690.39051460.26681316X-RAY DIFFRACTION100
2.8669-2.9190.38071300.26421383X-RAY DIFFRACTION100
2.919-2.97520.33181340.25071323X-RAY DIFFRACTION100
2.9752-3.03590.30141410.23821342X-RAY DIFFRACTION100
3.0359-3.10190.30121430.23631356X-RAY DIFFRACTION100
3.1019-3.1740.33891320.22281365X-RAY DIFFRACTION100
3.174-3.25340.29541360.22131342X-RAY DIFFRACTION100
3.2534-3.34140.29921460.22481337X-RAY DIFFRACTION100
3.3414-3.43970.28151170.2321328X-RAY DIFFRACTION99
3.4397-3.55070.27791480.21451362X-RAY DIFFRACTION100
3.5507-3.67760.25561310.20231355X-RAY DIFFRACTION100
3.6776-3.82480.27951410.18931335X-RAY DIFFRACTION100
3.8248-3.99890.21931470.1831331X-RAY DIFFRACTION99
3.9989-4.20970.23841380.16471351X-RAY DIFFRACTION100
4.2097-4.47340.2121360.1611339X-RAY DIFFRACTION100
4.4734-4.81860.18581460.15941345X-RAY DIFFRACTION100
4.8186-5.30330.16021480.16451334X-RAY DIFFRACTION99
5.3033-6.07020.2191300.18061353X-RAY DIFFRACTION100
6.0702-7.64570.22551380.2071339X-RAY DIFFRACTION100
7.6457-63.30180.21331330.17891356X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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