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- PDB-5jgy: Crystal structure of maize AKR4C13 in P21 space group -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jgy
タイトルCrystal structure of maize AKR4C13 in P21 space group
要素Aldose reductase, AKR4C13
キーワードOXIDOREDUCTASE / aldo-keto reductase superfamily / AKR4C subfamily
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldo-keto reductase family 4C / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel ...Aldo-keto reductase family 4C / Aldo/keto reductase family signature 1. / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family signature 2. / Aldo/keto reductase, conserved site / Aldo-keto reductase / NADP-dependent oxidoreductase domain / Aldo/keto reductase family / NADP-dependent oxidoreductase domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-6KB / Aldose reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Santos, M.L. / Giuseppe, P.O. / Kiyota, E. / Sousa, S.M. / Schmelz, E.A. / Yunes, J.A. / Koch, K.E. / Murakami, M.T. / Aparicio, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of maize AKR4C13 in P21 space group
著者: Sousa, S.M. / Giuseppe, P.O. / Murakami, M.T. / Kiyota, E. / Santos, M.L. / Aparicio, R. / Schmelz, E.A. / Yunes, J.A. / Koch, K.E.
履歴
登録2016年4月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年5月3日Provider: repository / タイプ: Initial release

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldose reductase, AKR4C13
B: Aldose reductase, AKR4C13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,66915
ポリマ－73,5362
非ポリマー2,13413
水12,845713
1
A: Aldose reductase, AKR4C13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7426
ポリマ－36,7681
非ポリマー9745
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Aldose reductase, AKR4C13
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9289
ポリマ－36,7681
非ポリマー1,1608
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.750, 115.301, 56.466
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.280, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Aldose reductase, AKR4C13 / Uncharacterized protein


分子量: 36767.895 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: AR3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E9JVD4
#2: 化合物 ChemComp-6KB / 4-{[(2R,3R,4S,5R)-5-({[(R)-{[(R)-{[(2R,3R,4R,5R)-5-(6-amino-9H-purin-9-yl)-3-hydroxy-4-(phosphonooxy)tetrahydrofuran-2-yl]methoxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}methyl)-3,4-dihydroxytetrahydrofuran-2-yl]oxy}butanoic acid (non-preferred name)


分子量: 725.385 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30N5O19P3
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 713 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.72 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 15% (w/v) PEG 1500 and 0.1 M SPG buffer pH 4.5 added by 0.01 M of beta-NAD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9334 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→57.65 Å / Num. obs: 230943 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 21.264 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 11.37
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.45-1.540.6441.4198.6
1.54-1.640.3922.26199.1
1.64-1.770.233.75199
1.77-1.940.1286.44199
1.94-2.170.06811.34198.9
2.17-2.510.04217.46198.7
2.51-3.070.02724.7198.6
3.07-4.320.01737.63198
4.320.01643.36195.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
BALBES位相決定
精密化解像度: 1.45→57.65 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / WRfactor Rfree: 0.152 / WRfactor Rwork: 0.1194 / FOM work R set: 0.8936 / SU B: 2.515 / SU ML: 0.041 / SU R Cruickshank DPI: 0.0592 / SU Rfree: 0.0552 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1627 5866 5 %RANDOM
Rwork0.1261 ---
obs0.1279 112065 99.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 78.15 Å2 / Biso mean: 18.981 Å2 / Biso min: 7.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.42 Å2-0 Å20.02 Å2
2---0.35 Å2-0 Å2
3----0.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→57.65 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4874 0 228 713 5815
Biso mean--15.62 32.41 -
残基数----617
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195359
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025078
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5972.0037271
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.785311736
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.735642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.65323.66235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.85415913
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6011540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0760.2777
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215873
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021179
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6931.582535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6921.5792534
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.1272.3833185
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.383310437
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free33.0485190
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded10.926510834
LS精密化 シェル解像度: 1.448→1.485 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 428 -
Rwork0.26 8200 -
all-8628 -
obs--99.21 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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