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- PDB-5jg9: Crystal structure of the de novo mini protein gEHEE_06 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jg9
タイトルCrystal structure of the de novo mini protein gEHEE_06
要素de novo design, hyper stable, disulfide-rich mini protein
キーワードDE NOVO PROTEIN / de novo design of hyper stable / disulfide-rich
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.09 Å
データ登録者Rupert, P.B. / Johnsen, W.A.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2016
タイトル: Accurate de novo design of hyperstable constrained peptides.
著者: Bhardwaj, G. / Mulligan, V.K. / Bahl, C.D. / Gilmore, J.M. / Harvey, P.J. / Cheneval, O. / Buchko, G.W. / Pulavarti, S.V. / Kaas, Q. / Eletsky, A. / Huang, P.S. / Johnsen, W.A. / Greisen, P.J. ...著者: Bhardwaj, G. / Mulligan, V.K. / Bahl, C.D. / Gilmore, J.M. / Harvey, P.J. / Cheneval, O. / Buchko, G.W. / Pulavarti, S.V. / Kaas, Q. / Eletsky, A. / Huang, P.S. / Johnsen, W.A. / Greisen, P.J. / Rocklin, G.J. / Song, Y. / Linsky, T.W. / Watkins, A. / Rettie, S.A. / Xu, X. / Carter, L.P. / Bonneau, R. / Olson, J.M. / Coutsias, E. / Correnti, C.E. / Szyperski, T. / Craik, D.J. / Baker, D.
履歴
登録2016年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年10月12日Group: Structure summary
改定 1.22016年10月26日Group: Database references
改定 1.32016年11月2日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: de novo design, hyper stable, disulfide-rich mini protein
B: de novo design, hyper stable, disulfide-rich mini protein
C: de novo design, hyper stable, disulfide-rich mini protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,6585
ポリマ－17,5313
非ポリマー1282
水1,22568
1
A: de novo design, hyper stable, disulfide-rich mini protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8441
ポリマ－5,8441
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: de novo design, hyper stable, disulfide-rich mini protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,8792
ポリマ－5,8441
非ポリマー351
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: de novo design, hyper stable, disulfide-rich mini protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,9362
ポリマ－5,8441
非ポリマー921
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)34.920, 45.533, 49.704
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 105.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDRefine codeAuth asym-IDAuth seq-ID
1010A0 - 44
2010B0 - 44
1020A0 - 44
2020C0 - 44
1030B-1 - 45
2030C-1 - 45

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド de novo design, hyper stable, disulfide-rich mini protein


分子量: 5843.565 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 68 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.48 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Peg, buffer 7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.09→50 Å / Num. obs: 8734 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Net I/σ(I): 14.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0124精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.09→47.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.918 / SU B: 11.042 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.279 / ESU R Free: 0.214 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25084 412 4.7 %RANDOM
Rwork0.20067 ---
obs0.20306 8310 96.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 35.892 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.61 Å20 Å20.4 Å2
2--2.12 Å20 Å2
3----1.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.09→47.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1204 0 7 68 1279
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0191249
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0120.021162
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.1991.961653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.07832657
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5315143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.92321.88990
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.01515268
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.0451532
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.021456
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.02340
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5992.003563
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5952.004562
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3022.988700
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3012.988701
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1222.382686
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1222.381686
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.3453.461951
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.7415.7361357
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.73815.7531358
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.18 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A4820
12B4820
21A4934
22C4934
31B4820
32C4820
LS精密化 シェル解像度: 2.093→2.147 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.284 37 -
Rwork0.215 499 -
obs--80.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
110.7312-1.1532-3.41173.04660.12443.5315-0.08240.010.1013-0.0952-0.0753-0.4115-0.06480.08760.15770.0152-0.02720.00330.10810.03050.0681-5.168-10.0749-3.183
23.45530.6462-2.97751.3783-2.175711.47770.1180.159-0.2748-0.1828-0.0249-0.03970.2533-0.3724-0.09320.03930.0176-0.01540.1097-0.00490.0544-12.4749-27.736-11.232
38.96111.7585-5.24513.7624-2.23736.2766-0.1049-0.0399-0.020.02680.04980.0481-0.20590.04390.05520.04120.0202-0.00270.1007-0.00610.0041-21.2446-5.9396-16.3155
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2B-1 - 45
3X-RAY DIFFRACTION3C-1 - 45

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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