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- PDB-5jff: E. coli EcFicT mutant G55R in complex with EcFicA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jff
タイトルE. coli EcFicT mutant G55R in complex with EcFicA
要素
  • Probable adenosine monophosphate-protein transferase fic
  • Uncharacterized protein YhfG
キーワードTRANSFERASE / FIC domain / fic-1 / Class I Fic protein
機能・相同性
機能・相同性情報


AMPylase activity / protein adenylyltransferase / regulation of cell division / ATP binding
類似検索 - 分子機能
FicA antitoxin homologue YhfG / YhfG / Fido-like domain / Fic-like fold / Fido-like domain superfamily / Fic/DOC family / Fido domain / Fido domain profile. / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / Uncharacterized protein YhfG / Probable protein adenylyltransferase Fic
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Stanger, F.V. / Schirmer, T.
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of the Escherichia coli Fic Toxin-Like Protein in Complex with Its Cognate Antitoxin.
著者: Stanger, F.V. / Harms, A. / Dehio, C. / Schirmer, T.
履歴
登録2016年4月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable adenosine monophosphate-protein transferase fic
B: Uncharacterized protein YhfG
C: Probable adenosine monophosphate-protein transferase fic
D: Uncharacterized protein YhfG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,80711
ポリマ－67,4724
非ポリマー3357
水8,197455
1
A: Probable adenosine monophosphate-protein transferase fic
B: Uncharacterized protein YhfG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9656
ポリマ－33,7362
非ポリマー2294
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3960 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area11680 Å2
手法PISA
2
C: Probable adenosine monophosphate-protein transferase fic
D: Uncharacterized protein YhfG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8425
ポリマ－33,7362
非ポリマー1063
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3660 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.690, 104.690, 110.520
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21C
12B
22D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPGLUGLUAA10 - 19534 - 219
21ASPASPGLUGLUCC10 - 19534 - 219
12LEULEUHISHISBB4 - 5217 - 65
22LEULEUHISHISDD4 - 5217 - 65

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質 Probable adenosine monophosphate-protein transferase fic / Cell filamentation protein fic


分子量: 25727.891 Da / 分子数: 2 / 変異: G55R / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fic, b3361, JW3324 / プラスミド: pRSFDuet1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P20605, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの
#2: タンパク質 Uncharacterized protein YhfG


分子量: 8008.137 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: yhfG, b3362, JW3325 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ADX5
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-144 / TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 455 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.5 % / Mosaicity: 0.14 °
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.2 M MgCl2, 0.1 M Tris pH 8.0, 20% (w/v) PEG 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→91 Å / Num. obs: 46198 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 31.66 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 23.61
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2-2.120.7843.43197.8
2.12-2.270.4565.95199.6
2.27-2.450.2968.81100
2.45-2.680.20113.15199.9
2.68-30.12720.361100
3-3.460.06634.651100
3.46-4.240.03659.731100
4.24-5.990.03364.791100
5.990.0289.68199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
REFMAC5.8.0131精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3SHG

3shg


解像度: 2→90.66 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 3.35 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.137 / ESU R Free: 0.126
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1941 2001 4.3 %RANDOM
Rwork0.1621 ---
obs0.1634 44196 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.96 Å2 / Biso mean: 31.732 Å2 / Biso min: 14.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.55 Å20.27 Å20 Å2
2--0.55 Å20 Å2
3----1.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→90.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4016 0 14 455 4485
Biso mean--53.4 36.78 -
残基数----490
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0194152
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.023958
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7691.9515613
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.60539044
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.645494
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.45423.584226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.73915725
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6591539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.120.2594
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.024755
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0080.021044
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.7532.8191979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.7462.8161978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8444.1932472
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A216580.13
12C216580.13
21B48720.17
22D48720.17
LS精密化 シェル解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 151 -
Rwork0.243 3221 -
all-3372 -
obs--98.42 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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