PDB-5jfc: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) from Pyrococ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jfc

タイトル

NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase (NfnI) from Pyrococcus furiosus

要素

(NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase subunit ...) x 2

キーワード

OXIDOREDUCTASE / NfnI / Pyrococcus furiosus / NADP(H) bound NfnI

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfide dehydrogenase / ferredoxin-NADP+ reductase / ferredoxin-NADP+ reductase activity / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / 3 iron, 4 sulfur cluster binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / flavin adenine dinucleotide binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.598 Å

データ登録者

Zadvornyy, O.A. / Schut, G.J. / Nguyen, D.M. / Artz, J.H. / Tokmina-Lukaszewska, M. / Lipscomb, G. / King, P.W. / Adams, M.W. / Peters, J.W.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
Department of Energy (DOE, United States)	DE-SC0012518, DE-AC02-76SF00515, DE-AC36-08-GO28308	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	P41GM103393	米国

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Mechanistic insights into energy conservation by flavin-based electron bifurcation.
著者: Lubner, C.E. / Jennings, D.P. / Mulder, D.W. / Schut, G.J. / Zadvornyy, O.A. / Hoben, J.P. / Tokmina-Lukaszewska, M. / Berry, L. / Nguyen, D.M. / Lipscomb, G.L. / Bothner, B. / Jones, A.K. / ...

履歴

登録	2016年4月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年4月26日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月31日	Group: Database references
改定 1.3	2017年9月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.5	2024年3月6日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jfc.cif.gz	355.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jfc.ent.gz	286.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jfc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jfc_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jfc_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	5jfc_validation.xml.gz	39.2 KB	表示
CIF形式データ	5jfc_validation.cif.gz	60.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/5jfc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jf/5jfc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jcaC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5dbn-2 4ep8-d 2bu2-1 1krc-d 1a5o-d 2bu5-1 2kau-d 1fwh-d 1fwg-d 4ylf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (4) #117 - 2009年9月キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase) 類似性 (1) #82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (3) #153 - 2012年9月ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex) 類似性 (2) #137 - 2011年5月シトクロムbc1 (Cytochrome bc1) 類似性 (1) #144 - 2011年12月複合体I (Complex I) 類似性 (1) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (1) #36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (4)
#117 - 2009年9月
キサンチン酸化還元酵素 (Xanthine Oxidoreductase)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (3)
#153 - 2012年9月
ピルビン酸脱水素酵素複合体 (Pyruvate Dehydrogenase Complex)
類似性 (2)
#137 - 2011年5月
シトクロムbc1 (Cytochrome bc1)
類似性 (1)
#144 - 2011年12月
複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#36 - 2002年12月
シトクロムc (Cytochrome c)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (2)

登録構造単位

L: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase subunit alpha

S: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase subunit beta

ヘテロ分子

86.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

2

L: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase subunit alpha

S: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase subunit beta

ヘテロ分子

L: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase subunit alpha

S: NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase subunit beta

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
174 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	179.927, 179.927, 80.792
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

-
NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase subunit ... , 2種, 2分子 LS

#1: タンパク質	NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase subunit alpha / SuDH / Ferredoxin:NADP oxidoreductase / FNOR 分子量: 52802.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U195, EC: 1.6.1.4
#2: タンパク質	NADH-dependent Ferredoxin:NADP Oxidoreductase subunit beta / SuDH / Ferredoxin:NADP oxidoreductase / FNOR 分子量: 31550.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 参照: UniProt: Q8U194, EC: 1.6.1.4

-
非ポリマー , 5種, 1034分子

#3: 化合物	ChemComp-SF4 / IRON/SULFUR CLUSTER 分子量: 351.640 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe₄S₄
#4: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / コメント: FAD*YM
#5: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Fe₂S₂
#6: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1028 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 4.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 72.52 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2.5 M Ammonium formate, 0.1 M HEPES pH 7.0 / PH範囲: 6.8-8.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL12-2 / 波長: 0.88 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年2月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.88 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.589→50 Å / Num. obs: 197382 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 12.24 Å² / R_merge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 29.5
反射シェル	解像度: 1.59→1.63 Å / 冗長度: 7.6 % / R_merge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 4 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(dev_2313: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.598→47.592 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1592	9712	4.92 %
R_work	0.1469	-	-
obs	0.1475	197382	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.598→47.592 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5792	0	127	1028	6947

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6103
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.496	8271
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.228	3691
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	918
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1043

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5979-1.6161	0.1914	317	0.1798	6061	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6161-1.6351	0.1892	332	0.173	6160	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6351-1.655	0.1827	264	0.1639	6314	X-RAY DIFFRACTION	100
1.655-1.676	0.1719	295	0.1555	6262	X-RAY DIFFRACTION	100
1.676-1.698	0.1772	315	0.1533	6214	X-RAY DIFFRACTION	100
1.698-1.7213	0.1661	283	0.1584	6270	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7213-1.7459	0.1726	315	0.1535	6251	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7459-1.7719	0.17	318	0.152	6190	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7719-1.7996	0.1518	332	0.1509	6258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7996-1.8291	0.1583	314	0.1493	6259	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8291-1.8607	0.1763	293	0.1484	6234	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8607-1.8945	0.1643	308	0.1487	6258	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8945-1.931	0.1621	307	0.1453	6257	X-RAY DIFFRACTION	100
1.931-1.9704	0.1605	351	0.1417	6240	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9704-2.0132	0.1524	355	0.1437	6211	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0132-2.0601	0.1567	313	0.1428	6206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0601-2.1116	0.1618	333	0.1453	6229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1116-2.1687	0.1467	330	0.1393	6285	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1687-2.2325	0.151	378	0.1455	6171	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2325-2.3045	0.1648	380	0.144	6239	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3045-2.3869	0.1561	351	0.1454	6193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3869-2.4825	0.1465	339	0.1471	6241	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4825-2.5954	0.1668	274	0.1478	6365	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5954-2.7323	0.1583	355	0.1546	6226	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7323-2.9034	0.1672	325	0.1572	6312	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9034-3.1276	0.1708	316	0.1578	6260	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1276-3.4422	0.1464	267	0.147	6355	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4422-3.9401	0.1591	349	0.1339	6316	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9401-4.9633	0.1334	369	0.1264	6308	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9633-47.6131	0.1746	334	0.153	6525	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -60.5701 Å / Origin y: 65.1181 Å / Origin z: 9.7865 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.069 Å²	-0.0193 Å²	-0.018 Å²	-	0.1121 Å²	0.0086 Å²	-	-	0.071 Å²
L	0.3929 °²	0.3665 °²	-0.1506 °²	-	0.8518 °²	-0.2131 °²	-	-	0.4103 °²
S	0.0104 Å °	-0.0255 Å °	-0.0504 Å °	-0.0254 Å °	-0.03 Å °	-0.0285 Å °	0.0241 Å °	0.0715 Å °	0.009 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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