PDB-5dbn: Crystal structure of AtoDA complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5dbn

タイトル

Crystal structure of AtoDA complex

要素

(Acetate CoA-transferase subunit ...) x 2

キーワード

TRANSFERASE / protein complex / acetoacetyl-CoA transferase / protein binding

機能・相同性

機能・相同性情報

butyrate-acetoacetate CoA-transferase activity / acetate CoA-transferase / CoA-transferase activity / short-chain fatty acid metabolic process / acetate CoA-transferase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.549 Å

データ登録者

Arbing, M.A. / Koo, C.W. / Shin, A. / Medrano-Soto, A. / Eisenberg, D.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of AtoDA complex
著者: Arbing, M.A. / Koo, C.W. / Shin, A. / Medrano-Soto, A. / Eisenberg, D.

履歴

登録	2015年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年8月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5dbn.cif.gz	914.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5dbn.ent.gz	778.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5dbn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/5dbn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/db/5dbn	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1k6dS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2kau-d 1fwg-d 1krc-d 4ep8-d 1a5o-d 3wzf-1 1fwd-d 1fwj-d 1fwh-d 4epb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Acetate CoA-transferase subunit alpha

B: Acetate CoA-transferase subunit beta

C: Acetate CoA-transferase subunit alpha

D: Acetate CoA-transferase subunit beta

E: Acetate CoA-transferase subunit alpha

F: Acetate CoA-transferase subunit beta

G: Acetate CoA-transferase subunit alpha

H: Acetate CoA-transferase subunit beta

ヘテロ分子

191 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Acetate CoA-transferase subunit alpha

B: Acetate CoA-transferase subunit beta

C: Acetate CoA-transferase subunit alpha

D: Acetate CoA-transferase subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.6 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: Acetate CoA-transferase subunit alpha

F: Acetate CoA-transferase subunit beta

G: Acetate CoA-transferase subunit alpha

H: Acetate CoA-transferase subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
95.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.680, 175.680, 76.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 113.01, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
Acetate CoA-transferase subunit ... , 2種, 8分子 ACEGBDFH

#1: タンパク質	Acetate CoA-transferase subunit alpha / Acetyl-CoA:acetoacetate-CoA transferase subunit alpha 分子量: 23636.248 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) 株: DH5[alpha] / 遺伝子: atoD, b2221, JW2215 / プラスミド: pMAPLe3 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P76458, acetate CoA-transferase
#2: タンパク質	Acetate CoA-transferase subunit beta / Acetyl-CoA:acetoacetate CoA-transferase subunit beta 分子量: 23914.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌) 株: DH5[alpha] / 遺伝子: atoA, b2222, JW2216 / プラスミド: pMAPLe3 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P76459, acetate CoA-transferase

#1: タンパク質

Acetate CoA-transferase subunit alpha / Acetyl-CoA:acetoacetate-CoA transferase subunit alpha

分子量: 23636.248 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
株: DH5[alpha] / 遺伝子: atoD, b2221, JW2215 / プラスミド: pMAPLe3 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P76458, acetate CoA-transferase

#2: タンパク質

Acetate CoA-transferase subunit beta / Acetyl-CoA:acetoacetate CoA-transferase subunit beta

分子量: 23914.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Escherichia coli DH5[alpha] (大腸菌)
株: DH5[alpha] / 遺伝子: atoA, b2222, JW2216 / プラスミド: pMAPLe3 / 詳細 (発現宿主): pET28 derivative / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: P76459, acetate CoA-transferase

-
非ポリマー , 5種, 469分子

#3: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 457 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.45 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1:1 protein to reservoir solution (0.2 M magnesium chloride, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 25% PEG3350), crystals grew in ~4 days, cryoprotectant: reservoir solution + 10% PEG400

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.54 Å

検出器

タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年7月10日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.54 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.55→87.84 Å / Num. obs: 57378 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.62 % / B_iso Wilson estimate: 30.42 Å² / R_merge F obs: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.139 / R_rim(I) all: 0.149 / Χ²: 0.875 / Net I/σ(I): 14.71 / Num. measured all: 437267

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
2.55-2.61		7.01	0.774	0.676	3.13	27545	4265	3928	0.729	92.1
2.61-2.69			0.856	0.549	4.12	31357	4171	4097	0.589	98.2
2.69-2.76			0.882	0.502	4.5	30720	4080	4018	0.538	98.5
2.76-2.85			0.913	0.426	5.32	30110	3969	3927	0.456	98.9
2.85-2.94			0.934	0.373	5.98	29153	3826	3798	0.399	99.3
2.94-3.05			0.952	0.313	6.99	28184	3705	3671	0.336	99.1
3.05-3.16			0.967	0.252	8.6	26838	3524	3497	0.27	99.2
3.16-3.29			0.977	0.211	10.32	26424	3473	3443	0.226	99.1
3.29-3.44			0.987	0.161	13.25	25063	3284	3269	0.173	99.5
3.44-3.6			0.991	0.131	15.86	24149	3173	3155	0.141	99.4
3.6-3.8			0.994	0.109	18.82	22770	2991	2980	0.117	99.6
3.8-4.03			0.995	0.093	21.4	21784	2854	2845	0.1	99.7
4.03-4.31			0.997	0.075	25.51	20413	2676	2664	0.081	99.6
4.31-4.65			0.998	0.059	30.36	19001	2492	2481	0.064	99.6
4.65-5.1			0.998	0.058	30.6	17601	2285	2282	0.062	99.9
5.1-5.7			0.997	0.071	25.48	16128	2086	2080	0.077	99.7
5.7-6.58			0.997	0.074	24.95	14136	1831	1821	0.079	99.5
6.58-8.06			0.999	0.054	32.44	12003	1559	1554	0.058	99.7
8.06-11.4			0.999	0.036	47.07	9234	1211	1207	0.038	99.7
	11.4		0.999	0.034	49.59	4654	681	661	0.036	97.1

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1K6D

1k6d

解像度: 2.549→44.323 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.18 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2206	2868	5 %	Random selection
R_work	0.1877	-	-	-
obs	0.1894	57367	98.9 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.549→44.323 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12606	0	67	457	13130

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.003	12849
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.737	17435
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.515	4661
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.029	2093
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	2268

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5485-2.5924	0.3017	126	0.2623	2406	X-RAY DIFFRACTION	88
2.5924-2.6396	0.2762	145	0.2465	2757	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6396-2.6903	0.3014	141	0.2402	2671	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6903-2.7452	0.2955	144	0.241	2738	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7452-2.8049	0.2773	143	0.2344	2720	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8049-2.8702	0.2792	142	0.2266	2689	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8702-2.9419	0.2795	145	0.2186	2768	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9419-3.0215	0.2563	142	0.2222	2693	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0215-3.1103	0.2718	144	0.2202	2725	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1103-3.2107	0.2434	145	0.2205	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2107-3.3254	0.2544	144	0.2135	2737	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3254-3.4585	0.2141	145	0.202	2758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4585-3.6159	0.215	143	0.1879	2726	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6159-3.8064	0.2177	146	0.1778	2771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8064-4.0447	0.2144	144	0.1669	2739	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0447-4.3568	0.1691	145	0.1516	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3568-4.7947	0.1513	145	0.1368	2757	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7947-5.4875	0.1703	146	0.1469	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4875-6.9094	0.2255	146	0.1747	2775	X-RAY DIFFRACTION	100
6.9094-44.3294	0.1699	147	0.1563	2787	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9919	-0.6725	0.4237	2.8249	-0.0995	1.9421	-0.2305	-0.4217	-0.2468	0.6954	0.2007	0.3781	0.0767	-0.1387	0.0399	0.4359	0.0979	0.1378	0.2537	0.0403	0.2486	7.1624	95.2249	27.7112
2	3.5216	-1.8823	0.6351	1.5151	-0.4916	2.0902	0.0855	0.1842	-0.2921	-0.1425	-0.0808	0.3454	0.0681	-0.2835	0.0035	0.2333	-0.0065	0.0057	0.1885	-0.0658	0.333	-6.6144	100.2306	1.6109
3	2.2969	0.4026	-0.0017	2.1909	-0.0719	1.6185	-0.0327	0.1749	0.1201	-0.0884	0.0198	-0.3354	-0.0188	0.204	0.011	0.1528	0.0337	0.0194	0.1822	0.0184	0.2219	27.3223	105.8173	4.9026
4	0.4752	0.5573	-0.0239	1.7337	1.3374	3.7031	0.1103	-0.3355	0.0765	0.2646	0.1605	-0.5354	0.0706	0.862	-0.2297	0.253	0.0553	-0.0671	0.5371	-0.1076	0.4245	38.5307	108.1386	32.5205
5	2.5048	0.4786	1.4089	1.9271	0.8911	3.9402	0.0321	0.58	-0.0451	-0.1195	0.0888	-0.4407	-0.1673	1.3321	-0.0868	0.1818	-0.03	0.08	0.6644	0.0262	0.2807	59.3307	58.4114	39.5902
6	0.9452	0.9313	1.0019	2.0798	1.6117	3.7034	-0.0812	0.2174	-0.0005	-0.1984	0.076	-0.1245	-0.2756	0.2034	0.0165	0.1977	0.0395	0.0512	0.2428	0.042	0.2141	40.1892	54.4414	17.0068
7	2.0374	-0.2542	0.2667	1.7737	-0.975	3.6676	0.0557	0.0201	0.1134	0.0453	0.0185	0.282	-0.3411	-0.4711	-0.0746	0.2114	0.0281	-0.0053	0.1723	0.0021	0.2085	28.9249	60.3634	49.2924
8	2.2708	-1.1859	1.3514	2.0318	-1.3931	3.1411	-0.1873	-0.4427	0.0323	0.3372	0.1737	-0.0398	-0.3177	-0.0511	0.0086	0.2178	0.0077	0.0412	0.2708	-0.0536	0.1805	48.0236	56.8327	72.0584

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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