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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jf0 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of type 2 PDF from Streptococcus agalactiae in complex with tripeptide Met-Ala-Arg | ||||||
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![]() | HYDROLASE / PDF / type 2 / NME / N-terminal methionine excision / Streptococcus agalactiae / inhibitor / tripeptide | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fieulaine, S. / Giglione, C. / Meinnel, T. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: A unique peptide deformylase platform to rationally design and challenge novel active compounds. 著者: Fieulaine, S. / Alves de Sousa, R. / Maigre, L. / Hamiche, K. / Alimi, M. / Bolla, J.M. / Taleb, A. / Denis, A. / Pages, J.M. / Artaud, I. / Meinnel, T. / Giglione, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 104.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 78 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 436.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 437.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5jexC ![]() 5jeyC ![]() 5jezC ![]() 5jf1C ![]() 5jf2C ![]() 5jf3C ![]() 5jf4C ![]() 5jf5C ![]() 5jf6C ![]() 5jf7C ![]() 5jf8C ![]() 2aieS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22910.297 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Methionine 16 is oxidized. 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: def, gbs1883 / プラスミド: pET16b / 発現宿主: ![]() ![]() | ||
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#2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 377.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() ![]() | ||
#3: 化合物 | ChemComp-ACT / | ||
#4: 化合物 | ChemComp-NI / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.01 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 6% PEG-8000, 100mM Na Cacodylate pH6.5, 300mM Zn acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9395 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 31676 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 6.02 % / Rsym value: 0.059 / Net I/σ(I): 20.07 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 6.14 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 96.6 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2AIE 解像度: 1.6→44.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 2.392 / SU ML: 0.051 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.084 / ESU R Free: 0.083 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.54 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.6→44.28 Å
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拘束条件 |
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