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万見
- PDB-5jec: Apo-structure of humanised RadA-mutant humRadA33F -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jec
タイトルApo-structure of humanised RadA-mutant humRadA33F
要素DNA repair and recombination protein RadA
キーワードHYDROLASE / DNA repair / fragment based drug design / humanisation
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA recombinase assembly / mitotic recombination / DNA strand invasion / DNA strand exchange activity / ATP-dependent DNA damage sensor activity / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / damaged DNA binding / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA recombination/repair protein RadA / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain ...DNA recombination/repair protein RadA / DNA recombination and repair protein, RecA-like / DNA recombination and repair protein Rad51-like, C-terminal / Rad51 / DNA recombination and repair protein RecA, monomer-monomer interface / RecA family profile 2. / DNA recombination and repair protein RecA-like, ATP-binding domain / RecA family profile 1. / DNA repair Rad51/transcription factor NusA, alpha-helical / Helix-hairpin-helix domain / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif, class 1 / Helix-hairpin-helix DNA-binding motif class 1 / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair and recombination protein RadA
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Fischer, G. / Marsh, M. / Moschetti, T. / Sharpe, T. / Scott, D. / Morgan, M. / Ng, H. / Skidmore, J. / Venkitaraman, A. / Abell, C. ...Fischer, G. / Marsh, M. / Moschetti, T. / Sharpe, T. / Scott, D. / Morgan, M. / Ng, H. / Skidmore, J. / Venkitaraman, A. / Abell, C. / Blundell, T.L. / Hyvonen, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Engineering Archeal Surrogate Systems for the Development of Protein-Protein Interaction Inhibitors against Human RAD51.
著者: Moschetti, T. / Sharpe, T. / Fischer, G. / Marsh, M.E. / Ng, H.K. / Morgan, M. / Scott, D.E. / Blundell, T.L. / R Venkitaraman, A. / Skidmore, J. / Abell, C. / Hyvonen, M.
履歴
登録2016年4月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年11月30日Group: Database references
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair and recombination protein RadA
B: DNA repair and recombination protein RadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7436
ポリマ－50,4802
非ポリマー2634
水1,60389
1
A: DNA repair and recombination protein RadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4074
ポリマ－25,2401
非ポリマー1673
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: DNA repair and recombination protein RadA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,3362
ポリマ－25,2401
非ポリマー961
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.750, 90.750, 102.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

-
要素

#1: タンパク質 DNA repair and recombination protein RadA


分子量: 25239.799 Da / 分子数: 2
変異: S167K, V168A, I169M, W170Y, N175G, I182L, R183L, D192S, P193G D194S, E195D, K198D, H199N, I200V, Y201A, V202Y, E219S, K221M, I222M, K223V, V232Y
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (strain ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1) (古細菌)
株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: radA, PF1926 / プラスミド: pBAT4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O74036
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 22% PEG3350, 0.1M BisTris pH=5.0, 0.2M Li2SO4 / Temp details: Temperature stabilised in incubator

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97631 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97631 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.34→78.594 Å / Num. obs: 21095 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.7 % / Biso Wilson estimate: 45.63 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.193 / Rsym value: 0.21 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル解像度: 2.34→2.348 Å / 冗長度: 10.6 % / Rmerge(I) obs: 1.462 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J4L

5j4l


解像度: 2.34→78.59 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9368 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9013 / SU R Cruickshank DPI: 0.339 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.341 / SU Rfree Blow DPI: 0.228 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.23
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2391 1079 5.13 %RANDOM
Rwork0.1989 ---
obs0.201 21043 99.89 %-
原子変位パラメータBiso mean: 39.77 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.396 Å20 Å20 Å2
2---1.396 Å20 Å2
3---2.7921 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.315 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.34→78.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3478 0 12 89 3579
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.013537HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.24776HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1254SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes89HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes522HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3537HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.14
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.99
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion465SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3899SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.34→2.45 Å / Total num. of bins used: 11
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2385 121 4.38 %
Rwork0.2122 2641 -
all0.2133 2762 -
obs--99.96 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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