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- PDB-5jdu: Crystal structure for human thrombin mutant D189A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jdu
タイトルCrystal structure for human thrombin mutant D189A
要素
  • Thrombin heavy chain
  • Thrombin light chain
キーワードHYDROLASE / Serine protease / Coagulation / conformational equilibrium
機能・相同性
機能・相同性情報


cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / thrombin-activated receptor signaling pathway / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / regulation of blood coagulation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin ...cytolysis by host of symbiont cells / thrombospondin receptor activity / thrombin-activated receptor signaling pathway / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / negative regulation of astrocyte differentiation / regulation of blood coagulation / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / ligand-gated ion channel signaling pathway / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of platelet activation / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Gamma-carboxylation of protein precursors / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / negative regulation of proteolysis / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / Peptide ligand-binding receptors / Regulation of Complement cascade / acute-phase response / Cell surface interactions at the vascular wall / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / lipopolysaccharide binding / growth factor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / Golgi lumen / positive regulation of protein localization to nucleus / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / regulation of cell shape / heparin binding / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / : / positive regulation of cell growth / blood microparticle / G alpha (q) signalling events / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / receptor ligand activity / endoplasmic reticulum lumen / signaling receptor binding / serine-type endopeptidase activity / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Pozzi, N. / Chen, Z. / Di Cera, E.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL049413 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL073813 米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)HL112303 米国
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Loop Electrostatics Asymmetry Modulates the Preexisting Conformational Equilibrium in Thrombin.
著者: Pozzi, N. / Zerbetto, M. / Acquasaliente, L. / Tescari, S. / Frezzato, D. / Polimeno, A. / Gohara, D.W. / Di Cera, E. / De Filippis, V.
#1: ジャーナル: JBC / 年: 2004
タイトル: Molecular dissection of Na+ binding to thrombin
著者: Pineda, A.O. / Carrell, C.J. / Bush, L.A. / Prasad, S. / Caccia, S. / Chen, Z.W. / Mathews, F.S. / Di Cera, E.
履歴
登録2016年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年7月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年8月10日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月4日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.auth_asym_id / _pdbx_struct_mod_residue.auth_seq_id / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thrombin light chain
B: Thrombin heavy chain
C: Thrombin light chain
D: Thrombin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,0318
ポリマ－67,0554
非ポリマー9764
水11,205622
1
A: Thrombin light chain
B: Thrombin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,9523
ポリマ－33,5272
非ポリマー4241
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area13030 Å2
手法PISA
2
C: Thrombin light chain
D: Thrombin heavy chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,0795
ポリマ－33,5272
非ポリマー5523
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3090 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area13560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.429, 81.333, 146.366
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質・ペプチド / タンパク質 / 糖 , 3種, 6分子 ACBD

#1: タンパク質・ペプチド Thrombin light chain / Coagulation factor II


分子量: 3791.204 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00734, thrombin
#2: タンパク質 Thrombin heavy chain / Coagulation factor II


分子量: 29736.211 Da / 分子数: 2 / Mutation: D189A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F2
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P00734, thrombin
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-6)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-6DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a6-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(6+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE

-
非ポリマー , 3種, 624分子

#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 622 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.3 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 200 mM KCl and 20% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2006年4月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 74112 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.394 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.5.0109精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ID 1SHH

1shh


解像度: 1.7→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.953 / SU B: 4.087 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): -3 / ESU R: 0.101 / ESU R Free: 0.097 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.206 3729 5.1 %RANDOM
Rwork0.18077 ---
obs0.18203 70070 98.86 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 27.943 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.04 Å20 Å20 Å2
2--0.09 Å20 Å2
3----0.13 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4456 0 63 622 5141
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0224658
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3771.9766291
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2845547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.25423.028218
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.0315826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.2051542
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1040.2661
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0213516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6261.52742
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.18224420
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.98631916
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.1884.51869
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.692→1.736 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 255 -
Rwork0.247 4654 -
obs--89.69 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
19.0468-0.16-0.02765.85211.5855.7054-0.1282-0.7402-0.0640.5835-0.0587-0.2009-0.07720.52470.1870.1273-0.0174-0.02620.12230.00190.211234.93116.064637.3995
210.3533-4.87513.08245.8842-2.55163.8703-0.10470.43430.5203-0.281-0.1067-0.6369-0.26630.46250.21130.1727-0.07720.02770.1457-0.00450.183733.392722.446723.9664
32.81510.6031.20230.23150.02127.6972-0.00440.6906-0.2687-0.14390.1421-0.1203-0.08560.535-0.13770.2272-0.00310.0760.1775-0.06380.197529.89149.157823.8943
43.04291.40670.37487.91880.45533.3827-0.03560.1197-0.3085-0.44270.0558-0.00040.17830.0316-0.02020.05640.0184-0.01390.0251-0.00980.126122.1532-0.687735.6271
54.69010.71891.41570.95870.36871.4343-0.0167-0.1973-0.2944-0.0107-0.0161-0.03050.1666-0.23350.03280.1153-0.0101-0.00460.049-0.00930.085914.0882-0.522237.6868
64.2768-1.92-1.37933.35830.09162.1093-0.09230.1652-0.3213-0.1917-0.1058-0.24730.25420.0580.19810.142-0.0224-0.040.0996-0.00380.167926.5094-0.541637.2661
74.92240.0609-0.1132.4104-0.5462.75150.0309-0.2886-0.1472-0.016-0.04630.02770.0605-0.24190.01530.08760.0063-0.0220.0492-0.00750.036717.70187.78739.2051
82.3501-0.9425-0.2563.00420.53213.6341-0.07380.0496-0.0246-0.14780.02710.0996-0.10440.01830.04670.0571-0.0303-0.00450.05850.00840.116322.596917.881228.1978
94.82630.3915-0.58351.3964-0.09982.1685-0.1290.22920.3475-0.18030.10740.2344-0.268-0.33630.02160.16130.0186-0.060.0880.00550.12998.220219.7723.7116
1055.5333-0.5975.71050.0351-0.147214.2310.23974.52932.1699-0.1905-0.115-0.049-0.11080.5023-0.12471.27710.00770.16180.61650.15640.303317.336517.665810.6233
112.73060.56960.53821.4538-0.15161.5245-0.06410.1583-0.0315-0.13560.0927-0.069-0.0592-0.077-0.02850.08720.0007-0.00990.02010.00370.05217.939215.31627.5996
123.439-1.87043.91366.9903-5.873813.91050.0669-0.11390.05380.2077-0.0592-0.0568-0.15680.2454-0.00770.067-0.0019-0.00260.0831-0.03220.053216.01514.333148.6786
137.7834-4.32422.12488.0129-2.45016.7010.17770.5004-0.1023-0.6153-0.0848-0.29010.01470.689-0.09280.0631-0.04640.0140.17990.02970.075636.996218.228670.2977
143.38150.23953.63292.34110.70688.5003-0.1045-0.1290.3315-0.0859-0.02110.1416-0.413-0.25950.12560.0542-0.00290.01020.08050.03630.139832.940124.830381.8705
151.3899-0.38480.18833.657-0.69641.8366-0.01170.0883-0.0675-0.1177-0.00140.26520.1645-0.1070.01310.03820.0052-0.01360.10260.00380.040627.68323.259575.8189
160.90570.5969-0.45433.5362-2.70034.0621-0.0160.0021-0.1302-0.3295-0.07830.04920.6323-0.02860.09440.1364-0.0040.00870.1056-0.01780.108827.7379-10.137777.6039
175.7768-1.49892.33523.1232-0.88783.5728-0.02480.1512-0.3407-0.24030.02650.16490.26580.0588-0.00170.07410.0074-0.0130.10170.01310.057219.78469.662164.2258
181.5534-0.00950.73644.0755-1.3643.63550.06880.0686-0.1937-0.2965-0.115-0.13090.4910.18310.04620.07430.04060.02210.1135-0.00030.073336.3064-2.44376.5151
197.9942-2.1693-5.09466.92546.11249.69950.1527-0.42180.2070.14850.0789-0.5252-0.10250.9288-0.23160.076-0.0228-0.03990.19650.06630.149846.392812.436686.984
202.5114-0.71933.22481.3297-0.49066.64850.1571-0.2214-0.10420.0795-0.10.13830.1315-0.4009-0.05710.0363-0.01930.0210.06620.01410.060726.873411.682786.4557
2110.5908-1.926-7.54484.19640.44099.3552-0.1291-0.5268-0.26860.27760.0559-0.12950.2550.48620.07320.0857-0.0045-0.04820.09720.04560.076735.04780.145499.6323
2212.3516-7.9161-6.346810.09972.59537.5091-0.047-0.41260.21810.48750.06270.2341-0.2035-0.0756-0.01570.0705-0.03370.00250.0779-0.01630.067729.618412.172195.7901
232.40851.8703-0.39584.7695-0.99271.67210.0397-0.14280.15170.2394-0.02750.1739-0.1358-0.0416-0.01220.02640.0025-0.00250.060.01280.024732.820912.857785.7998
244.9005-1.3541-3.45072.66391.38455.4251-0.02350.1418-0.16560.025-0.0562-0.14730.23590.1430.07970.05410.0009-0.02110.06860.03740.060936.78250.920786.93
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 8
2X-RAY DIFFRACTION2A9 - 14
3X-RAY DIFFRACTION3B16 - 29
4X-RAY DIFFRACTION4B30 - 50
5X-RAY DIFFRACTION5B51 - 69
6X-RAY DIFFRACTION6B70 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7B93 - 121
8X-RAY DIFFRACTION8B122 - 159
9X-RAY DIFFRACTION9B160 - 185
10X-RAY DIFFRACTION10B186 - 188
11X-RAY DIFFRACTION11B189 - 232
12X-RAY DIFFRACTION12B233 - 247
13X-RAY DIFFRACTION13C1 - 8
14X-RAY DIFFRACTION14C9 - 14
15X-RAY DIFFRACTION15D16 - 59
16X-RAY DIFFRACTION16D60 - 68
17X-RAY DIFFRACTION17D69 - 81
18X-RAY DIFFRACTION18D82 - 122
19X-RAY DIFFRACTION19D123 - 131
20X-RAY DIFFRACTION20D132 - 167
21X-RAY DIFFRACTION21D168 - 180
22X-RAY DIFFRACTION22D181 - 185
23X-RAY DIFFRACTION23D186 - 213
24X-RAY DIFFRACTION24D214 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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