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- PDB-5jdo: T. congolense haptoglobin-haemoglobin receptor in complex with ha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5jdo
タイトルT. congolense haptoglobin-haemoglobin receptor in complex with haemoglobin
要素
  • (Haptoglobin-haemoglobin ...) x 2
  • (Hemoglobin subunit ...) x 4
キーワードOXYGEN TRANSPORT / Trypanosome / haptoglobin-haemoglobin receptor / haemoglobin / epimastigote
機能・相同性
機能・相同性情報


nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen ...nitric oxide transport / hemoglobin alpha binding / cellular oxidant detoxification / hemoglobin binding / renal absorption / haptoglobin-hemoglobin complex / hemoglobin complex / oxygen transport / Scavenging of heme from plasma / endocytic vesicle lumen / blood vessel diameter maintenance / hydrogen peroxide catabolic process / oxygen carrier activity / carbon dioxide transport / Heme signaling / Erythrocytes take up oxygen and release carbon dioxide / Erythrocytes take up carbon dioxide and release oxygen / Late endosomal microautophagy / Cytoprotection by HMOX1 / response to hydrogen peroxide / oxygen binding / regulation of blood pressure / platelet aggregation / Chaperone Mediated Autophagy / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / tertiary granule lumen / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / blood microparticle / ficolin-1-rich granule lumen / iron ion binding / heme binding / Neutrophil degranulation / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Haptoglobin-hemoglobin receptor / Ferritin - #80 / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Ferritin / Globin/Protoglobin / Globins ...: / Haptoglobin-hemoglobin receptor / Ferritin - #80 / Hemoglobin, pi / Hemoglobin, alpha-type / Hemoglobin, beta-type / : / Ferritin / Globin/Protoglobin / Globins / Globin domain profile. / Globin-like / Globin / Globin / Globin-like superfamily / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / OXYGEN MOLECULE / Uncharacterized protein / Hemoglobin subunit beta / Hemoglobin subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma congolense (トリパノソーマ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Lane-Serff, H. / Higgins, M.K.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)ML/L008246 英国
引用ジャーナル: Elife / 年: 2016
タイトル: Evolutionary diversification of the trypanosome haptoglobin-haemoglobin receptor from an ancestral haemoglobin receptor.
著者: Lane-Serff, H. / MacGregor, P. / Peacock, L. / Macleod, O.J. / Kay, C. / Gibson, W. / Higgins, M.K. / Carrington, M.
履歴
登録2016年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Haptoglobin-haemoglobin receptor
B: Haptoglobin-haemoglobin receptor
C: Hemoglobin subunit alpha
D: Hemoglobin subunit beta
E: Hemoglobin subunit alpha
F: Hemoglobin subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,86214
ポリマ－114,2686
非ポリマー2,5948
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16600 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area46740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.750, 127.300, 172.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

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Haptoglobin-haemoglobin ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Haptoglobin-haemoglobin receptor


分子量: 26563.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma congolense (トリパノソーマ)
遺伝子: TCIL3000_10_2930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0UVW6
#2: タンパク質 Haptoglobin-haemoglobin receptor


分子量: 26117.139 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trypanosoma congolense (トリパノソーマ)
遺伝子: TCIL3000_10_2930 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G0UVW6

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Hemoglobin subunit ... , 4種, 4分子 CDEF

#3: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 15150.353 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#4: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15791.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871
#5: タンパク質 Hemoglobin subunit alpha / Alpha-globin / Hemoglobin alpha chain


分子量: 14993.159 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBA1, HBA2 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P69905
#6: タンパク質 Hemoglobin subunit beta / Beta-globin / Hemoglobin beta chain


分子量: 15652.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HBB / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68871

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非ポリマー , 2種, 8分子

#7: 化合物
ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#8: 化合物
ChemComp-OXY / OXYGEN MOLECULE / ペルオキシラジカル


分子量: 31.999 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: O2

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.79 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M sodium citrate pH 5, 8% w/v PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→102.41 Å / Num. obs: 26536 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 93.75 Å2 / Rpim(I) all: 0.073 / Net I/σ(I): 7.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.2精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4E40 and 1HH0

4e40

1hh0


解像度: 3.2→102.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9152 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9127 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.412
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2351 1346 5.07 %RANDOM
Rwork0.2044 ---
obs0.206 26536 97.68 %-
原子変位パラメータBiso mean: 87.29 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--37.7025 Å20 Å20 Å2
2--14.4642 Å20 Å2
3---23.2383 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.706 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.2→102.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8046 0 180 0 8226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.018387HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.2111411HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2935SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes210HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1218HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it8387HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.21
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion22.16
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion1091SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9376SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.33 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3398 159 5.61 %
Rwork0.2716 2675 -
all0.2754 2834 -
obs--97.68 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.0972-0.59380.40390.62990.23450-0.019-0.01840.044-0.11180.03140.0527-0.05590.0796-0.0124-0.18560.0188-0.0187-0.12480.0157-0.063621.7512178.74925.8364
20.02590.6904-0.46511.7589-1.28640.72280.02530.0196-0.0069-0.02520.0505-0.01950.04470.0871-0.0758-0.05820.1124-0.1023-0.22780.0955-0.1269.8834156.361-34.9667
30-0.4894-0.13140.60730.88930.20010.01290.1179-0.0743-0.0232-0.03660.05110.0699-0.00720.0237-0.0810.0296-0.0108-0.09460.022-0.03776.0942149.056-4.4271
40.4343-0.70351.24660.37352.35620.3867-0.0282-0.0890.08430.0450.0463-0.0133-0.12640.0448-0.0181-0.00310.05320.0293-0.09420.007-0.08584.3135170.4317.4038
50-0.22-0.431100.79410.59020.0006-0.11910.03990.08150.0259-0.0241-0.02150.0759-0.0265-0.06260.0620.00150.0199-0.0701-0.066235.2983161.1122.3374
60.0711-0.11750.687800.62550.27730.01110.07960.0093-0.1192-0.03410.0947-0.0639-0.00220.02310.007-0.02130.0797-0.0680.0599-0.135526.3502170.607-18.3351
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }
4X-RAY DIFFRACTION4{ D|* }
5X-RAY DIFFRACTION5{ E|* }
6X-RAY DIFFRACTION6{ F|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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