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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5jdh | ||||||||||||||||||
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タイトル | Structural mechanisms of extracellular ion exchange and induced binding-site occlusion in the sodium-calcium exchanger NCX_Mj soaked with 10 mM Na+ and 10mM Ca2+ | ||||||||||||||||||
![]() | Uncharacterized membrane protein MJ0091 | ||||||||||||||||||
![]() | MEMBRANE PROTEIN / Na+/Ca2+ exchange / Calcium signalling / membrane transporter / induced conformational change | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() calcium, potassium:sodium antiporter activity / calcium ion transmembrane transport / calcium channel activity / intracellular calcium ion homeostasis / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||
![]() | Liao, J. / Jiang, Y.X. / Faraldo-Gomez, J.D. | ||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Mechanism of extracellular ion exchange and binding-site occlusion in a sodium/calcium exchanger. 著者: Liao, J. / Marinelli, F. / Lee, C. / Huang, Y. / Faraldo-Gomez, J.D. / Jiang, Y. #1: ![]() タイトル: Structural insight into the ion-exchange mechanism of the sodium/calcium exchanger. 著者: Liao, J. / Li, H. / Zeng, W. / Sauer, D.B. / Belmares, R. / Jiang, Y. | ||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 82.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 57.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5hwxC ![]() 5hwyC ![]() 5hxcC ![]() 5hxeC ![]() 5hxhC ![]() 5hxrC ![]() 5hxsC ![]() 5hyaC ![]() 5jdfC ![]() 5jdgC ![]() 5jdlC ![]() 5jdmC ![]() 5jdnC ![]() 5jdqC ![]() 3v5uS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 32160.326 Da / 分子数: 1 / 変異: L2V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440 遺伝子: MJ0091 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 9種, 79分子 ![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MYS.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/PE8.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/MYS.gif)
![](data/chem/img/1PE.gif)
![](data/chem/img/PE8.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||||||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-NA / | ||||||||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MYS / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PE8 / | #8: 化合物 | ChemComp-PEG / | #9: 化合物 | ChemComp-OLC / ( | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: PEG400 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 18126 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 38.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Net I/av σ(I): 22.448 / Net I/σ(I): 7.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3V5U 解像度: 2.203→31.208 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.53
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 127.57 Å2 / Biso mean: 46.875 Å2 / Biso min: 21.13 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.203→31.208 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10
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