PDB-5jd6: Crystal structure of MGS-MChE2, an alpha/beta hydrolase enzyme fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jd6

タイトル

Crystal structure of MGS-MChE2, an alpha/beta hydrolase enzyme from the metagenome of sediments from the lagoon of Mar Chica, Morocco

要素

MGS-MChE2

キーワード

HYDROLASE / alpha/beta hydrolase / esterase / metagenome

機能・相同性

Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta

機能・相同性情報

生物種

uncultured bacterium (環境試料)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.463 Å

データ登録者

Stogios, P.J. / Xu, X. / Nocek, B. / Yim, V. / Cui, H. / Martinez-Martinez, M. / Golyshin, P.N. / Yakima, M.M. / Ferrer, M. / Savchenko, A.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of MGS-MChE2, an alpha/beta hydrolase enzyme from the metagenome of sediments from the lagoon of Mar Chica, Morocco
著者: Martinez-Martinez, M.

履歴

登録	2016年4月15日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jd6.cif.gz	102.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jd6.ent.gz	78.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jd6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jd6_validation.pdf.gz	428.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jd6_full_validation.pdf.gz	432.5 KB	表示
XML形式データ	5jd6_validation.xml.gz	10.4 KB	表示
CIF形式データ	5jd6_validation.cif.gz	13 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/5jd6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jd/5jd6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1cr6S 5jd3 5jd4 5jd5 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5l9v-2 1hd7-d 2f14-d 6cac-3 1a2k-3 7auy-2 2aky-d 4kap-d 4dwz-5 5qh4-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: MGS-MChE2

28.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	78.968, 78.968, 78.384
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	MGS-MChE2 分子量: 28903.330 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) uncultured bacterium (環境試料) / プラスミド: p15Tv lic / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.44 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 2 M ammonium sulphate, 5% isopropanol. Cryoprotectant: paratone-N oil.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.47→25.848 Å / Num. obs: 10194 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 35.92
反射シェル	解像度: 2.47→2.51 Å / 冗長度: 6.8 % / R_merge(I) obs: 0.578 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定
PHENIX		モデル構築
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1CR6

1cr6

解像度: 2.463→25.848 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2452	516	5.08 %	Random
R_work	0.2107	-	-	-
obs	0.2125	9315	83.51 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.463→25.848 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1743	0	0	24	1767

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	1784
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.959	2410
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.091	663
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	267
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	304

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4628-2.6169	0.3399	82	0.2702	1607	X-RAY DIFFRACTION	51
2.6169-2.8188	0.3266	109	0.249	2173	X-RAY DIFFRACTION	69
2.8188-3.102	0.3008	163	0.2342	2943	X-RAY DIFFRACTION	94
3.102-3.5499	0.2273	159	0.2262	3020	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5499-4.4687	0.2226	159	0.1802	3043	X-RAY DIFFRACTION	97
4.4687-25.8498	0.2201	167	0.1988	2892	X-RAY DIFFRACTION	92

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.56	0.0054	1.8814	3.4217	-2.5868	5.5126	0.2175	-0.4442	-0.3268	-0.2632	-0.0094	0.4483	0.0405	-0.1754	-0.0152	0.1897	0.1346	0.049	0.158	0.036	0.3176	-26.6862	-24.1802	-2.7114
2	7.1399	-0.5724	4.7084	6.2394	-2.2807	8.2764	-0.0551	-0.2935	-0.1514	-0.1214	0.2142	0.3509	0.7765	-0.5979	-0.1026	0.2728	0.0899	0.0586	0.1247	-0.0328	0.3188	-33.4083	-22.8925	-8.1313
3	5.736	-2.0523	1.5761	6.8884	-0.0336	4.2048	-0.2723	-0.2286	0.3422	0.3723	0.0989	-0.5348	-0.4475	0.2247	0.0383	0.2845	0.0419	0.0152	0.0898	-0.0145	0.2288	-21.2377	-13.6633	-0.3309
4	1.704	-1.0978	1.3163	4.163	1.5096	4.0968	0.009	-0.5285	0.2043	0.739	0.1066	0.1575	-0.4242	-0.3162	-0.0341	0.5687	0.0628	0.0317	0.2116	-0.003	0.3155	-29.0268	-8.2156	4.8202
5	4.3723	-1.5451	1.5252	6.6223	0.3194	3.4014	-0.2944	-0.0685	0.3182	-0.3458	0.063	0.2088	-1.1488	-0.5561	0.0682	0.5911	0.2151	-0.0514	0.2822	0.057	0.2434	-34.7786	-6.383	-12.7544

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:29)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 30:53)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 54:100)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 101:182)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 183:254)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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