PDB-5jb7: A simplified BPTI variant containing 24 alanines out of 58 residues

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5jb7

タイトル

A simplified BPTI variant containing 24 alanines out of 58 residues

要素

Pancreatic trypsin inhibitor

キーワード

HYDROLASE INHIBITOR / Bovine pancreatic trypsin inhibitor variant / sequence simplification / 24 alanines / protein design

機能・相同性

機能・相同性情報

trypsinogen activation / negative regulation of serine-type endopeptidase activity / sulfate binding / potassium channel inhibitor activity / negative regulation of platelet aggregation / zymogen binding / molecular function inhibitor activity / negative regulation of thrombin-activated receptor signaling pathway / serine protease inhibitor complex / serine-type endopeptidase inhibitor activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Islam, M.M.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of highly simplified BPTIs provide insights into hydration-driven increase of unfolding enthalpy
著者: Islam, M.M. / Yohda, M. / Kidokoro, S. / Kuroda, Y.

履歴

登録	2016年4月13日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月19日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5jb7.cif.gz	51.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5jb7.ent.gz	36.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5jb7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5jb7_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5jb7_full_validation.pdf.gz	449 KB	表示
XML形式データ	5jb7_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	5jb7_validation.cif.gz	17.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/5jb7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/jb/5jb7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5jb4C 5jb5C 5jb6C 3aubS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3wny-4 5jb6-1 3szs-7 5jb6-3 6tuv-2 1nbl-d 3wny-1 5jb4-3 3wny-6 4fc1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#46 - 2003年10月トリプシン (Trypsin) 類似性 (8) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (7) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (7) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Pancreatic trypsin inhibitor

B: Pancreatic trypsin inhibitor

C: Pancreatic trypsin inhibitor

ヘテロ分子

17.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pancreatic trypsin inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
5.88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pancreatic trypsin inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
5.78 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Pancreatic trypsin inhibitor

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
5.88 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	61.246, 100.022, 61.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1251- HOH
2	1	C-1237- HOH
3	1	C-1274- HOH

#1: タンパク質	Pancreatic trypsin inhibitor / Aprotinin / Basic protease inhibitor / BPTI 分子量: 5686.442 Da / 分子数: 3 / 変異: C49G,C73V,M87L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00974
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION 分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 277 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.73 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, LITHIUM SULFATE, TRIS-HCL

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 20200 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.068 / R_sym value: 0.068 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.269 / Mean I/σ(I) obs: 4.99 / % possible all: 99.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALA		データスケーリング
HKL-2000		位相決定
REFMAC	5.8.0049	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AUB

3aub

解像度: 1.9→27.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.957 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 2.747 / SU ML: 0.083 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.235	779	5 %	RANDOM
R_work	0.164	-	-	-
obs	0.168	14745	99.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.07 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2
1-	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²
3-	-	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→27.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1194	0	25	277	1496

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.811	1.944	1718
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.837	3	2583
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.659	5	171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	18.855	21.429	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.337	15	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	13.279	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.106	0.2	181
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.021	1526
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	331
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.718	1.771	687
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.711	1.768	686
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.616	2.626	854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.618	2.63	855
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.282	2.019	568
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.995	1.933	548
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.95	2.852	833
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.629	16.607	1608
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.809	15.22	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.89→1.94 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.269	59	-
R_work	0.181	1068	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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