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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5j9m | ||||||
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タイトル | tRNA guanine Transglycosylase (TGT) in co-crystallized complex with 2-(methylamino)-1H-benzo[d]imidazole-5-carboxamide | ||||||
![]() | Queuine tRNA-ribosyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Benzimidazole-derivatives / shigellosis / TRANSFERASE INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | ![]() tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ehrmann, F.R. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Benzimidazole-based Inhibitors as a Novel Scaffold to Inhibit Z.mobilis TGT and Study Protein Flexibility and the Contributions of Active Site Residues to Binding Affinity of lin-Benzopurines. 著者: Ehrmann, F.R. / Hohn, C. / Heine, A. / Diederich, F. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 180.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 142.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42925.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 31821 / ZM4 / CP4 / 遺伝子: tgt, ZMO0363 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
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-非ポリマー , 6種, 403分子 ![](data/chem/img/6HD.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
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![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-6HD / | ||||||||
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#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ZN / | #5: 化合物 | ChemComp-EDO / | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.01 % |
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結晶化 | 温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 13% PEG 8000,100mM MES, 1mM DTT, 10% DMSO |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.895 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.33→45.21 Å / Num. obs: 93288 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/av σ(I): 14.3 / Net I/σ(I): 14.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.33→1.41 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.489 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / % possible all: 98.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1P0D 解像度: 1.33→45.21 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.16 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.33→45.21 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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