PDB-5j9c: Crystal structure of peroxiredoxin Asp f3 C31S/C61S variant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j9c

タイトル

Crystal structure of peroxiredoxin Asp f3 C31S/C61S variant

要素

peroxiredoxin Asp f3

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / Aspergillus

機能・相同性

機能・相同性情報

thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / IgE binding / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / peroxisome / cellular response to oxidative stress / protein homodimerization activity / mitochondrion / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Neosartorya fumigata (カビ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.956 Å

データ登録者

Bzymek, K.P. / Williams, J.C. / Hong, T.B. / Bagramyan, K. / Kalkum, M.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: The Crystal Structure of Peroxiredoxin Asp f3 Provides Mechanistic Insight into Oxidative Stress Resistance and Virulence of Aspergillus fumigatus.
著者: Hillmann, F. / Bagramyan, K. / Straburger, M. / Heinekamp, T. / Hong, T.B. / Bzymek, K.P. / Williams, J.C. / Brakhage, A.A. / Kalkum, M.

履歴

登録	2016年4月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年9月28日	Group: Database references
改定 1.2	2016年10月5日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j9c.cif.gz	154.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j9c.ent.gz	120 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5j9c_validation.pdf.gz	428.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5j9c_full_validation.pdf.gz	428.9 KB	表示
XML形式データ	5j9c_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	5j9c_validation.cif.gz	26.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j9/5j9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j9bSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5j9b-d 2pwj-2 2vl2-2 4qrm-10 4qrm-9 2esr-d 4k7n-2 4qrm-11 4qrm-8 2b0v-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: peroxiredoxin Asp f3

B: peroxiredoxin Asp f3

ヘテロ分子

38.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.860, 68.100, 90.960
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	peroxiredoxin Asp f3 / Peroxisomal membrane protein pmp20 / Thioredoxin reductase 分子量: 19328.744 Da / 分子数: 2 / 変異: C31S,C61S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ) 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: pmp20, AFUA_6G02280 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O43099, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 358 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.79 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Tris pH 7.2, 22% PEG 3350, 0.3 M MgCl2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年8月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.956→30.56 Å / Num. obs: 23741 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.2 % / CC_1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 1.96→2.01 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 90.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5J9B

5j9b

解像度: 1.956→30.558 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.98

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1895	1187	5 %
R_work	0.1526	-	-
obs	0.1545	23739	99.19 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.956→30.558 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2608	0	1	358	2967

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2747
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	3757
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.393	998
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.043	408
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	484

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.956-2.045	0.2637	138	0.1742	2631	X-RAY DIFFRACTION	94
2.045-2.1528	0.1883	148	0.157	2803	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1528-2.2876	0.1867	146	0.1491	2788	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2876-2.4642	0.1801	149	0.1577	2817	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4642-2.712	0.2317	148	0.1629	2823	X-RAY DIFFRACTION	100
2.712-3.1041	0.1928	149	0.1649	2833	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1041-3.9096	0.1693	151	0.1344	2866	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9096-30.5616	0.1721	158	0.1484	2991	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.9344	-0.8057	0.4853	1.4169	0.2593	1.1781	-0.0703	0.0638	0.0875	-0.3506	0.0256	0.131	-0.0409	-0.055	-0.0073	0.0847	0.0154	0.005	0.1127	0.0155	0.0659	8.5785	8.8082	-15.0913
2	0.8418	0.2979	-0.3077	0.4611	0.2674	0.5604	0.0876	-0.0121	0.0305	0.0365	-0.0012	0.1473	-0.055	0.0095	0	0.1193	-0.0005	-0.0034	0.1093	-0.0109	0.1241	14.4635	8.7346	-5.0129
3	1.9495	1.2277	-0.2817	1.6318	-0.0677	0.0565	-0.0301	-0.196	0.2975	0.2699	0.0803	0.2602	-0.0282	0.0764	0.1056	0.1195	0.0106	0.0052	0.1292	-0.0402	0.0961	9.4812	13.9379	2.8345
4	0.4075	0.3944	0.2115	0.8301	-0.0675	0.5926	0.0642	-0.0009	0.1417	-0.0205	0.0425	0.1294	-0.0369	-0.1298	0	0.1206	-0.0029	0.0112	0.1202	0.0103	0.1235	8.3559	5.4333	-8.0357
5	1.8964	1.851	1.025	2.107	0.3181	3.7495	0.0139	0.4227	-0.4169	-0.2117	0.059	-0.4555	0.3581	0.5233	0.5411	0.0723	0.0324	0.0587	0.1504	-0.0214	0.0943	24.0344	3.8232	-12.7661
6	0.6947	0.1546	-0.1124	0.16	0.2388	0.6965	0.0298	-0.0949	0.2739	-0.0193	0.0085	-0.1914	-0.0031	0.0156	0	0.1224	0.0062	-0.002	0.1173	-0.0005	0.1921	22.2283	13.9214	-3.5921
7	5.7025	-2.3788	-0.7564	1.07	1.151	9.3446	-0.0003	-0.088	1.117	0.0166	0.0927	-0.4937	-1.0257	0.4061	0.2339	0.1776	-0.026	-0.0058	0.1742	-0.0794	0.2626	17.7759	19.5627	3.6703
8	1.8662	0.1737	0.349	2.8811	0.6193	0.3178	-0.0647	0.3393	0.0404	-0.6495	0.3484	-0.6113	-0.0469	0.4875	0.1438	0.1975	0.0248	0.1001	0.2119	-0.0846	0.1705	19.0393	-28.7256	-21.3772
9	2.042	0.2853	-0.0493	3.5308	0.376	0.5952	0.1097	-0.321	-0.193	0.6215	-0.1075	-0.097	-0.0199	0.0408	-0.3081	0.0375	-0.0165	-0.0473	0.1301	-0.0253	0.0919	13.981	-16.375	0.3156
10	0.6179	0.2275	-0.0933	1.0967	0.1839	1.0296	-0.0047	-0.1089	-0.0828	0.1241	0.0346	-0.0244	0.0358	-0.0059	0	0.1142	-0.0046	-0.011	0.1274	-0.0092	0.1208	11.1012	-18.5668	-8.9793
11	0.9806	-0.7898	-0.0133	2.4631	-0.1797	1.0055	0.0213	-0.084	-0.0747	0.0509	-0.0898	0.5147	0.1403	-0.1812	-0.2392	0.106	-0.0357	0.0059	0.1394	-0.0402	0.1	-1.1721	-24.8139	-9.827
12	0.3491	-0.0438	0.1024	0.6932	0.5869	0.5122	0.032	-0.1266	-0.0146	0.1734	-0.0332	-0.0158	0.1782	-0.0076	0	0.1337	-0.0001	-0.0012	0.1349	-0.0074	0.1035	8.6864	-16.3343	-6.4307
13	1.7264	0.2674	0.9378	0.4181	0.7629	1.7252	-0.1203	0.1937	0.1597	-0.2457	0.0188	0.0031	-0.2733	0.1637	-0.3067	0.1077	-0.0033	0.0287	0.1008	0.0128	0.0859	15.7199	-14.8507	-19.3861
14	1.6714	0.3294	-0.5184	0.7687	0.5037	0.6818	-0.0714	0.5173	-0.1089	-0.3318	0.086	0.1057	0.2499	-0.2071	-0.0321	0.1458	-0.0281	0.0018	0.069	-0.0318	0.0767	6.7607	-24.2798	-21.6088
15	3.3827	-1.7489	1.935	1.9157	0.5078	3.3727	0.0565	-0.0072	-0.7261	0.0346	0.1794	0.4828	1.0254	-0.1209	0.2608	0.2958	-0.0635	-0.0111	0.1842	-0.0329	0.1805	-1.1619	-30.5014	-18.2595

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 4 through 43 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 44 through 65 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 66 through 80 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 81 through 115 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 116 through 135 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 136 through 161 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 162 through 169 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 2 through 15 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 16 through 26 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 27 through 65 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 66 through 80 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 81 through 110 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 111 through 135 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 136 through 161 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 162 through 170 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)