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- PDB-5j8n: Exonuclease III homologue Mm3148 from Methanosarcina mazei -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j8n
タイトルExonuclease III homologue Mm3148 from Methanosarcina mazei
要素Exodeoxyribonuclease III
キーワードHYDROLASE / exonuclease III homologue / endonuclease / magnesium binding
機能・相同性
機能・相同性情報


: / exodeoxyribonuclease III / endonuclease activity / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
AP endonuclease 1, binding site / AP endonucleases family 1 signature 1. / AP endonuclease 1 / AP endonucleases family 1 profile. / Deoxyribonuclease I; Chain A / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Exodeoxyribonuclease III
類似検索 - 構成要素
生物種Methanosarcina mazei (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.44 Å
データ登録者Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ficner, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of the archael ExoIII homologue Mm3148 at 1.4 Angstrom
著者: Lakomek, K. / Dickmanns, A. / Ber, S. / Fritz, H.-J. / Ficner, R.
履歴
登録2016年4月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.22024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exodeoxyribonuclease III
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0363
ポリマ－29,8181
非ポリマー2192
水5,711317
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area550 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area11330 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.726, 64.564, 84.890
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Exodeoxyribonuclease III


分子量: 29817.801 Da / 分子数: 1 / 変異: P2A, A118M, M209Y / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Methanosarcina mazei (古細菌)
株: ATCC BAA-159 / DSM 3647 / Goe1 / Go1 / JCM 11833 / OCM 88
遺伝子: MM_3148 / プラスミド: pET21-d derivative / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus-RIL / 参照: UniProt: Q8PSD1, exodeoxyribonuclease III
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 317 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.72 % / 解説: plate-like shape
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 20 % (w/v) PEG 8000, 20 % (w/v) PEG 400, 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 100 mM MgCl2 mixed 1:1 with 10 mg/ml protein dissolved in 300 mM NaCl, 10 mM KHEPES pH 7.6, 2 mM DTT and addition of a seed ...詳細: 20 % (w/v) PEG 8000, 20 % (w/v) PEG 400, 100 mM Tris/HCl pH 8.5, 100 mM MgCl2 mixed 1:1 with 10 mg/ml protein dissolved in 300 mM NaCl, 10 mM KHEPES pH 7.6, 2 mM DTT and addition of a seed stock solution (1/10 volume)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.815 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月16日
放射モノクロメーター: 0.99 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.815 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.44→15 Å / Num. obs: 47242 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 14.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/av σ(I): 32.105 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.44-1.496.30.2741100
1.49-1.556.30.2091100
1.55-1.626.30.1621100
1.62-1.716.30.1281100
1.71-1.816.30.11100
1.81-1.956.30.0751100
1.95-2.156.30.061100
2.15-2.466.30.0521100
2.46-3.096.20.0461100
3.09-155.90.041199.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3FZI

3fzi


解像度: 1.44→14.831 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1713 2398 5.09 %
Rwork0.1468 --
obs0.148 47150 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 76.67 Å2 / Biso mean: 21.2763 Å2 / Biso min: 9.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.44→14.831 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2102 0 14 317 2433
Biso mean--42.24 30.71 -
残基数----258
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -17.8847 Å / Origin y: -2.734 Å / Origin z: 3.3491 Å
111213212223313233
T0.0825 Å20.0047 Å2-0.0004 Å2-0.0823 Å2-0.01 Å2--0.0944 Å2
L0.927 °2-0.0312 °2-0.0272 °2-1.3692 °2-0.2012 °2--0.8146 °2
S-0.0174 Å °-0.038 Å °0.0677 Å °0.0126 Å °0.0073 Å °-0.0671 Å °-0.0251 Å °-0.0068 Å °0.0057 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 259
2X-RAY DIFFRACTION1allC1
3X-RAY DIFFRACTION1allW1 - 263
4X-RAY DIFFRACTION1allW264 - 317
5X-RAY DIFFRACTION1allF1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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