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万見
- PDB-5j7w: Enterococcus faecalis thymidylate synthase complex with methotrexate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j7w
タイトルEnterococcus faecalis thymidylate synthase complex with methotrexate
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / Enterococcus faecalis / thymidylate synthase / methotrexate / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTTP biosynthetic process / dTMP biosynthetic process / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
METHOTREXATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Enterococcus faecalis (乳酸球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Mangani, S. / Pozzi, C.
資金援助 イタリア, 1件
組織認可番号国
MIUR-PRIN2009200925BPZ5_004 イタリア
引用ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2016
タイトル: X-ray crystal structures of Enterococcus faecalis thymidylate synthase with folate binding site inhibitors.
著者: Catalano, A. / Luciani, R. / Carocci, A. / Cortesi, D. / Pozzi, C. / Borsari, C. / Ferrari, S. / Mangani, S.
履歴
登録2016年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,83710
ポリマ－145,5444
非ポリマー1,2936
水3,207178
1
A: Thymidylate synthase
D: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4195
ポリマ－72,7722
非ポリマー6473
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6040 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area24600 Å2
手法PISA
2
B: Thymidylate synthase
C: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4195
ポリマ－72,7722
非ポリマー6473
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6150 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area24480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.227, 94.144, 96.293
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 94.140, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Thymidylate synthase / TSase


分子量: 36385.977 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Enterococcus faecalis (乳酸球菌) / 株: ATCC 700802 / V583 / 遺伝子: thyA, EF_1576 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q834R3, thymidylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-MTX / METHOTREXATE


分子量: 454.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H22N8O5 / コメント: 化学療法薬*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.18 %
結晶化温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7
詳細: co-crystallization microbatch under oil 1:1 paraffin/silicon oil precipitant solution: 3.2 M ammonium sulfate and 0.1 M HEPES 6.5 mg/mL EfTS, co-cystallization with 4 mM MTX in DMSO in 1/10 MTX/EfTS volume ratio.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.936 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.936 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→67.23 Å / Num. obs: 37276 / % possible obs: 79.1 % / 冗長度: 4.2 % / CC1/2: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.187 / Rpim(I) all: 0.099 / Rrim(I) all: 0.213 / Net I/σ(I): 6.6 / Num. measured all: 155393 / Scaling rejects: 29
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.5540.4941699242530.7020.2750.5693.680.4
8.83-67.234.80.11636737650.9910.0560.12910.873.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.1データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.5→96.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.829 / SU B: 11.979 / SU ML: 0.262 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.41 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2727 1731 4.9 %RANDOM
Rwork0.2 ---
obs0.2035 33282 78.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 75.83 Å2 / Biso mean: 16.23 Å2 / Biso min: 2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å20.08 Å2
2---0.05 Å2-0 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→96.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9607 0 86 178 9871
Biso mean--17.31 10.12 -
残基数----1183
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0199958
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029148
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6491.95413507
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.047321052
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.19551177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.04824.333510
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.406151634
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4691548
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0960.21414
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.02111300
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022396
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9331.624732
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9331.624730
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.6012.4245901
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 122 -
Rwork0.243 2489 -
all-2611 -
obs--79.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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