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- PDB-5j71: Crystal structure of pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 in c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j71
タイトルCrystal structure of pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 in complex with inhibitor PS35
要素[Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / GHKL protein kinase / pyruvate dehydrogenase complex / Mitochondrial protein kinases / Impaired glucose oxidation / Hepatic steatosis / Type 2 diabetes / Cancer / Bergerat nucleotide-binding fold / protein Kinase / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / regulation of ketone metabolic process / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis ...[pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase / regulation of acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring) kinase activity / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / regulation of ketone metabolic process / pyruvate dehydrogenase complex / regulation of pH / cellular response to nutrient / Signaling by Retinoic Acid / regulation of gluconeogenesis / intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / regulation of glucose metabolic process / regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to reactive oxygen species / glucose metabolic process / insulin receptor signaling pathway / glucose homeostasis / protein kinase activity / mitochondrial matrix / protein homodimerization activity / mitochondrion / nucleoplasm / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 ...Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain / Branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase/Pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal / Alpha-ketoacid/pyruvate dehydrogenase kinase, N-terminal domain superfamily / PDK/BCKDK protein kinase / Mitochondrial branched-chain alpha-ketoacid dehydrogenase kinase / Butyryl-CoA Dehydrogenase, subunit A; domain 3 / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Histidine kinase-like ATPase, C-terminal domain / Heat Shock Protein 90 / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-P35 / L(+)-TARTARIC ACID / [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Gui, W.J. / Tso, S.C. / Chuang, J.L. / Wu, C.Y. / Qi, X. / Wynn, R.M. / Chuang, D.T.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of Diabetes and Digestive and Kidney Disease (NIH/NIDDK)DK-62306 米国
Welch FoundationI-1286 米国
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: Development of Dihydroxyphenyl Sulfonylisoindoline Derivatives as Liver-Targeting Pyruvate Dehydrogenase Kinase Inhibitors.
著者: Tso, S.C. / Lou, M. / Wu, C.Y. / Gui, W.J. / Chuang, J.L. / Morlock, L.K. / Williams, N.S. / Wynn, R.M. / Qi, X. / Chuang, D.T.
履歴
登録2016年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7733
ポリマ－45,2331
非ポリマー5402
水4,288238
1
A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子

A: [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,5466
ポリマ－90,4672
非ポリマー1,0794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_555-x,-y,z1
Buried area4180 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area30250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.746, 110.746, 228.584
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number98
Space group name H-MI4122

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要素

#1: タンパク質 [Pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase isozyme 2, mitochondrial / Pyruvate dehydrogenase kinase isoform 2 / PDKII


分子量: 45233.402 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PDK2, PDHK2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q15119, [pyruvate dehydrogenase (acetyl-transferring)] kinase
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 化合物 ChemComp-P35 / 4-({5-[(piperidin-4-yl)amino]-1,3-dihydro-2H-isoindol-2-yl}sulfonyl)benzene-1,3-diol


分子量: 389.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H23N3O4S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.9 M ammonium tartrate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 85125 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rsym value: 0.041 / Net I/σ(I): 47
反射 シェル解像度: 1.65→1.68 Å / 冗長度: 11.4 % / Rmerge(I) obs: 0.949 / Mean I/σ(I) obs: 2.65 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MPC

4mpc


解像度: 1.65→33.222 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1971 1999 2.35 %
Rwork0.1837 --
obs0.184 85034 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→33.222 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2736 0 37 239 3012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012881
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0573907
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.011762
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059428
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006495
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6498-1.6910.24681390.22975769X-RAY DIFFRACTION99
1.691-1.73680.21941410.21015875X-RAY DIFFRACTION100
1.7368-1.78790.24211410.19995893X-RAY DIFFRACTION100
1.7879-1.84560.18811420.18685879X-RAY DIFFRACTION100
1.8456-1.91150.20991410.18045875X-RAY DIFFRACTION100
1.9115-1.9880.19751420.18055891X-RAY DIFFRACTION100
1.988-2.07850.1921420.17825899X-RAY DIFFRACTION100
2.0785-2.18810.18491430.17225914X-RAY DIFFRACTION100
2.1881-2.32510.17891430.16855942X-RAY DIFFRACTION100
2.3251-2.50460.21491420.16985931X-RAY DIFFRACTION100
2.5046-2.75650.20651440.17985980X-RAY DIFFRACTION100
2.7565-3.15510.21991450.18795997X-RAY DIFFRACTION100
3.1551-3.97410.17581450.18256038X-RAY DIFFRACTION100
3.9741-33.22840.18421490.18876152X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.9449 Å / Origin y: 17.1033 Å / Origin z: -25.5121 Å
111213212223313233
T0.0604 Å20.0209 Å2-0.0042 Å2-0.0891 Å2-0.0083 Å2--0.0879 Å2
L0.4505 °20.2615 °20.0822 °2-0.3017 °20.2341 °2--0.6285 °2
S-0.0932 Å °-0.0122 Å °0.0949 Å °-0.006 Å °0.0278 Å °0.0203 Å °-0.1152 Å °-0.0211 Å °0.0367 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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