PDB-5j6t: NMR structures of hylin-a1 analogs: Hylin-Ac

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5j6t

タイトル

NMR structures of hylin-a1 analogs: Hylin-Ac

要素

Hylin-a1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / Hylin-a1 analogues / antimicrobial peptides / DPC

機能・相同性

defense response to fungus / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / extracellular region / Hylin-a1

機能・相同性情報

生物種

Hypsiboas albopunctatus (カエル)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Crusca Jr., E. / Matos, C.O. / Liao, L.M. / Oliveira, A.L.

資金援助

ブラジル, 3件

引用

ジャーナル: J. Pept. Sci. / 年: 2017
タイトル: NMR structures and molecular dynamics simulation of hylin-a1 peptide analogs interacting with micelles.
著者: Crusca, E. / Camara, A.S. / Matos, C.O. / Marchetto, R. / Cilli, E.M. / Liao, L.M. / Lima de Oliveira, A.

履歴

登録	2016年4月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年5月17日	Group: Database references
改定 1.2	2017年5月24日	Group: Database references
改定 1.3	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.5	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.6	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5j6t.cif.gz	57.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5j6t.ent.gz	38.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5j6t.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/5j6t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j6/5j6t	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5j6vC 5j6wC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2l87-d 5y0j-d 2l9g-d 6mi9-d 5tbr-d 2nc7-d 1wn8-d 5v64-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 30057

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Hylin-a1

1.96 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	10 / 200	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1

#1: タンパク質・ペプチド	Hylin-a1 / Hy-a1 分子量: 1964.463 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Hypsiboas albopunctatus (カエル) / 参照: UniProt: P85982
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H COSY

-
試料調製

詳細	タイプ: micelle / 内容: 100 mM [U-100% 2H] DPC-d38, 90% H2O/10% D2O / Label: Hylin-Ac / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 100 mM / 構成要素: DPC-d38 / Isotopic labeling: [U-100% 2H]
試料状態	詳細: 1 mM of hylin-Ac / イオン強度: PBS buffer Not defined / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 25 C

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CNS	BRUNGER A. T. ET.AL.	精密化
NMRView		構造決定

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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