PDB-5y0j: Solution structure of arenicin-3 derivative N2

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5y0j

タイトル

Solution structure of arenicin-3 derivative N2

要素

N2

キーワード

ANTIBIOTIC / arenicin-3 derivative beta-hairpin antimicrobial action

生物種

Arenicola marina (無脊椎動物)

手法

溶液NMR / simulated annealing

データ登録者

Liu, X.H. / Wang, J.H.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Antibacterial and detoxifying activity of NZ17074 analogues with multi-layers of selective antimicrobial actions against Escherichia coli and Salmonella enteritidis
著者: Yang, N. / Liu, X. / Teng, D. / Li, Z. / Wang, X. / Mao, R. / Wang, X.M. / Hao, Y. / Wang, J.

履歴

登録	2017年7月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月14日	Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl / Item: _exptl.method
改定 1.2	2023年6月14日	Group: Database references / Derived calculations / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_conn.pdbx_dist_value
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5y0j.cif.gz	122.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5y0j.ent.gz	84 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5y0j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5y0j_validation.pdf.gz	501 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5y0j_full_validation.pdf.gz	698.4 KB	表示
XML形式データ	5y0j_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	5y0j_validation.cif.gz	29.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y0/5y0j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5y0hC 5y0iC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2mue-d 2muf-d 5j6t-d 5y0i-d 6mi9-d 2l87-d 5i55-d 5v0y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 36107solution structure of arenicin-3 derivative N2

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: N2

2.58 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質・ペプチド	N2 分子量: 2575.053 Da / 分子数: 1 / 変異: G1A,Y5N,G12A,Y17H / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Arenicola marina (無脊椎動物)
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-15N HSQC
1	4	1	isotropic	1	2D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 2.0 mM NA- N2, 90% H2O/10% D2O / Label: NA- / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料	濃度: 2.0 mM / 構成要素: N2 / Isotopic labeling: NA-
試料状態	イオン強度: 0 mM / Label: condition_1 / pH: 4 Not defined / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Agilent dd2 / 製造業者: Agilent / モデル: dd2 / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析
Analysis	CCPN	chemical shift assignment
ARIA	Linge, O'Donoghue and Nilges	structure calculation
CNS	Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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