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- PDB-5j6b: Crystal structure of Aldehyde dehydrogenase from Burkholderia tha... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j6b
タイトルCrystal structure of Aldehyde dehydrogenase from Burkholderia thailandensis in covelent complex with NADPH
要素Aldehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / ALDEHYDE DEHYDROGENASE / NADP / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the aldehyde or oxo group of donors, NAD or NADP as acceptor / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal ...Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Aldehyde dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Aldehyde dehydrogenase from Burkholderia thailandensis in covelent complex with NADPH
著者: Abendroth, J. / Mayclin, S.J. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2016年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / Item: _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aldehyde dehydrogenase
B: Aldehyde dehydrogenase
C: Aldehyde dehydrogenase
D: Aldehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)214,27612
ポリマ－211,1534
非ポリマー3,1238
水25,7791431
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area23390 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area57240 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.520, 143.660, 167.430
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Aldehyde dehydrogenase / Aldehyde dehydrogenase family protein


分子量: 52788.211 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (strain E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301) (バクテリア)
株: E264 / ATCC 700388 / DSM 13276 / CIP 106301 / 遺伝子: BTH_II0498, DR63_5272 / プラスミド: ButhA.00020.t.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q2T801
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物
ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1431 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: RigakuReagents JCSG+ screen H5: 45% MPD, 200mM Ammonium acetate, 100mM BisTris/HCl pH 5.5; ButhA.00020.t.B1.PW37792 at 22.7 mg/ml + 3mM NADP; cryo: direct; tray: 26729h5, puck sja1-10
PH範囲: 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月17日
放射モノクロメーター: DIAMOND [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 146312 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 27.86 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.513 / Mean I/σ(I) obs: 3.55 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
ARPモデル構築
Cootモデル構築
PHENIX(DEV_2356: ???)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3pqa

3pqa


解像度: 1.95→46.4 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 17.87
Rfactor反射数%反射
Rfree0.187 2012 1.38 %
Rwork0.149 --
obs0.149 146283 99.5 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.19 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.4 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14416 0 196 1431 16043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715091
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8520543
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.2979177
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0512305
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052769
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.814-0.1072-0.20180.59090.06121.2954-0.00910.01360.27-0.02360.02710.2237-0.2711-0.0458-0.01980.18990.01850.01320.1180.04180.300985.45177.449331.468
20.41380.0666-0.2541.16390.52720.4195-0.01350.03810.05680.00030.06320.12180.00460.0199-0.06870.15990.0085-0.01170.15190.03860.147694.8761159.50825.2185
30.4041-0.10260.23140.6583-0.22760.7963-0.00710.02510.07240.0377-0.00690.2447-0.0497-0.09610.01810.13310.01770.03250.13380.03450.2381.9422163.604632.3024
42.3418-0.31340.20891.43590.36240.3046-0.013-0.06550.18510.20130.04760.1688-0.1568-0.00150.00830.2380.00520.08230.1422-0.00480.162497.2293160.756654.4704
50.69270.0924-0.02191.00870.15950.5835-0.0623-0.14660.01920.33210.03040.27940.0696-0.07810.01890.23890.02350.09830.15250.0220.169990.7741155.264956.2546
60.34620.44740.31220.58010.47311.5796-0.07110.04820.0274-0.06180.02160.1195-0.15330.08310.01110.13790.01130.00730.13960.04450.185892.5578151.400423.0683
71.16680.5467-0.14090.678-0.21680.7859-0.08320.0927-0.1333-0.06470.05620.060.156-0.07310.00950.1449-0.02670.0320.11930.00070.174181.2944121.146723.1176
81.07080.66220.36881.08050.56810.4501-0.04390.1122-0.0401-0.0710.08670.0248-0.05230.0529-0.06770.1495-0.03550.01470.15950.03090.119593.606137.935724.1513
90.95390.6199-0.05670.8393-0.34670.5796-0.06340.1250.119-0.04640.04980.20580.0057-0.0896-0.03630.1131-0.0252-0.00170.13670.01370.170878.7358134.754422.5235
100.3825-0.47210.20240.95210.08640.4111-0.11880.4359-0.1109-0.26670.22570.12080.1792-0.0134-0.13850.2966-0.1747-0.06870.44990.020.151484.1522136.7074-3.4766
111.09340.2177-0.42580.33050.06390.7001-0.25070.56790.3028-0.28790.26510.29380.0081-0.30450.05380.2541-0.15-0.14530.45540.16190.257878.1143143.1578-2.8099
120.56330.31930.57640.66070.70592.003-0.06290.10750.16-0.01260.02090.15710.07450.04340.02470.1187-0.02530.0130.11130.03680.162693.0765145.948226.714
130.8911-0.29940.83251.1093-1.17162.92730.04190.2181-0.2932-0.305-0.0076-0.13860.52180.2988-0.02580.29670.05320.05970.222-0.07520.2662131.0513119.58969.4895
143.2965-1.78922.69742.0143-1.78423.17590.23290.0446-0.6004-0.21110.11220.19590.5513-0.0778-0.31660.2277-0.0324-0.0030.1513-0.00380.3031115.7632119.688817.2043
151.1574-0.54720.20851.1533-0.03930.2751-0.0075-0.0168-0.12050.0090.08090.08-0.012-0.0248-0.09460.1227-0.01210.0220.1390.0210.1137115.1208137.245617.1917
160.396-0.0860.06550.55960.14641.5390.00540.0499-0.1022-0.1033-0.0002-0.08960.06710.1494-0.01940.13280.00330.03290.1872-0.0040.1728129.2562131.589517.3813
173.7574-0.9443-1.78163.13821.0072.6177-0.1715-0.1776-0.44160.15710.01380.10460.41720.12470.13830.12380.0285-0.01040.17170.06980.1933123.4211126.258643.1885
181.3833-0.247-0.10771.58080.1021.2367-0.0767-0.2417-0.2040.16230.0981-0.18040.16150.2287-0.00620.13360.0369-0.01820.23420.04830.1842134.5074127.677845.2568
192.22220.1847-0.11151.13260.34171.5687-0.0215-0.08050.0580.12820.02860.0122-0.1220.0595-0.00790.130.01740.01680.1260.01980.108120.926140.602940.4063
200.195-0.10480.44711.5217-1.37052.2974-0.01760.00830.0186-0.11890.08870.07060.05040.0226-0.10890.118-0.0150.02060.1290.01280.1466116.9461145.609117.1127
210.78550.1992-0.28371.498-1.93974.00970.01960.05290.24190.0834-0.0009-0.1422-0.41150.20620.02160.2651-0.12230.03070.22290.00370.2745137.4448179.672119.0125
221.29230.3379-0.49380.5355-0.1491.42180.04-0.06120.1780.02370.0868-0.0019-0.26160.0114-0.09560.2004-0.05850.04230.109-0.0290.1507123.8614171.284825.495
230.4019-0.0279-0.35281.1216-0.2470.56210.04360.07140.0476-0.06850.0680.1359-0.0783-0.011-0.1310.1411-0.0433-0.00930.15890.03190.1217117.3212158.044422.9638
240.57610.07160.20470.5337-0.01850.7955-0.00170.03240.0358-0.06960.0137-0.1064-0.10130.19580.00120.1569-0.05070.04510.16520.02470.1528130.7153162.373317.1323
252.10580.44711.11260.41670.64531.9422-0.0892-0.03720.214-0.18970.08180.0571-0.23710.03810.07050.2823-0.04660.02030.16590.05880.1612115.7254168.2828-4.8283
260.91090.00690.37831.4058-0.27791.47980.0010.21910.097-0.32830.012-0.1351-0.07080.2249-0.00810.292-0.04640.05450.22620.03150.1297124.6881166.4945-10.8064
271.8528-0.0480.11340.7362-0.38441.31920.00050.0581-0.1411-0.21550.0910.07860.1647-0.0738-0.09110.2152-0.0543-0.00580.15330.04030.1276112.7725154.6536-0.6724
280.4208-0.40410.09260.4882-0.49611.3493-0.0324-0.0157-0.07280.02440.05490.0506-0-0.0236-0.05680.1319-0.0340.02360.12730.01790.1428118.2257149.553922.4285

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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