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万見
- PDB-5j69: Structure of Astrotactin-2, a conserved vertebrate-specific and p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j69
タイトルStructure of Astrotactin-2, a conserved vertebrate-specific and perforin-like membrane protein involved in neuronal development
要素Astrotactin-2
キーワードMEMBRANE PROTEIN / MACPF domain / annexin-like domain / fibronectin / neural guidance
機能・相同性
機能・相同性情報


establishment of body hair planar orientation / cell pole / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / neuron cell-cell adhesion / negative regulation of protein localization to cell surface / protein localization to cell surface / clathrin-coated vesicle / neuron migration / protein transport / late endosome ...establishment of body hair planar orientation / cell pole / inositol 1,3,4,5 tetrakisphosphate binding / neuron cell-cell adhesion / negative regulation of protein localization to cell surface / protein localization to cell surface / clathrin-coated vesicle / neuron migration / protein transport / late endosome / cell cortex / perikaryon / early endosome / endosome / calcium ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Astrotactin / Astrotactin-2, C-terminal beta-hairpin domain / Annexin-like domain / Astrotactin-1/2, EGF-like and Fn(III) domains / Astrotactin-1/2, N-terminal / Annexin-like domain / Astrotactin-2 C-terminal beta-hairpin domain / Astrotactin 1/2 N-terminal / ASTN1/2 Fn3 domain / membrane-attack complex / perforin ...Astrotactin / Astrotactin-2, C-terminal beta-hairpin domain / Annexin-like domain / Astrotactin-1/2, EGF-like and Fn(III) domains / Astrotactin-1/2, N-terminal / Annexin-like domain / Astrotactin-2 C-terminal beta-hairpin domain / Astrotactin 1/2 N-terminal / ASTN1/2 Fn3 domain / membrane-attack complex / perforin / MAC/Perforin domain / Membrane attack complex component/perforin (MACPF) domain / Fibronectin type III superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.63 Å
データ登録者Ni, T. / Harlos, K. / Gilbert, R.J.C.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (United Kingdom)MR/N000331/1 英国
引用ジャーナル: Open Biology / 年: 2016
タイトル: Structure of astrotactin-2: a conserved vertebrate-specific and perforin-like membrane protein involved in neuronal development.
著者: Ni, T. / Harlos, K. / Gilbert, R.
履歴
登録2016年4月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年5月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22017年9月13日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32019年4月3日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_cell_line
改定 1.42019年10月2日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
改定 1.52020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.62024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Astrotactin-2
B: Astrotactin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7176
ポリマ－60,8322
非ポリマー8854
水00
1
A: Astrotactin-2
ヘテロ分子

A: Astrotactin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7176
ポリマ－60,8322
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_557-x,y,-z+21
2
B: Astrotactin-2
ヘテロ分子

B: Astrotactin-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,7176
ポリマ－60,8322
非ポリマー8854
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_558-x,y,-z+31
単位格子
Length a, b, c (Å)98.700, 86.600, 108.360
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.74, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Astrotactin-2


分子量: 30415.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ASTN2, KIAA0634 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O75129
#2: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.21 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Citric buffer pH 4.0 to 4.5 20% PEG 1000 / PH範囲: 4-4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.95 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.63→60.77 Å / Num. obs: 9653 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 49.3 % / Rmerge(I) obs: 0.188 / Net I/σ(I): 19.3
反射 シェル最高解像度: 3.63 Å / Rmerge(I) obs: 1.547

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2283: ???)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J67

5j67


解像度: 3.63→60.77 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 42.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3017 476 4.94 %
Rwork0.2795 --
obs0.2807 9645 99.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.63→60.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4038 0 56 0 4094
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034180
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6695658
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.7521597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.039646
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004718
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.6302-4.15540.37761320.36233042X-RAY DIFFRACTION99
4.1554-5.23490.33671710.32343018X-RAY DIFFRACTION100
5.2349-60.78280.2731730.24113109X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.9466-1.09593.83433.9362-0.1087.7960.1033-0.73380.16910.34210.9458-1.0155-0.2796-3.0149-0.65740.9252-0.1937-0.12631.256-0.25121.1145-38.1745-21.5481120.7187
25.2895-0.47291.83061.1264-0.05334.28950.7331-0.4693-0.3512-0.68410.38860.3519-0.7197-1.5317-0.64871.3053-0.2899-0.11621.7270.26521.3811-60.8836-19.1433106.2316
32.81750.0074-1.23112.4724-0.13455.11351.19131.31130.6063-0.52070.1471-0.3352-1.1276-0.2846-0.71351.2275-0.15640.20731.053-0.19230.9591-30.9452-13.3673120.1929
42.8816-1.8598-1.49291.7005-0.66043.64120.02220.9463-0.7683-0.65981.3803-0.8939-0.42630.0913-0.94070.4774-1.46660.50041.3204-0.13451.1767-39.9393-16.7358109.7692
55.8363-1.37970.0181.15341.72455.28121.08290.7057-1.2161-0.42730.44580.93061.7497-2.671-0.38761.7025-0.0408-0.49223.6959-0.15841.6359-77.0542-24.4947102.8288
63.47190.2049-0.7027-0.1612-0.80316.16620.8725-0.84540.48180.4222-0.00160.4966-0.5565-1.3313-0.13051.4669-0.1334-0.17261.41020.30111.0663-49.0504-20.5001111.8778
77.6978-2.77770.07147.11892.55727.7534-0.4352-0.2981-0.60880.159-0.26591.0443-1.76971.66920.87431.0032-0.2367-0.31870.7320.15051.0848-58.8626-47.8288131.7557
85.0069-0.49481.8962.99160.99575.4128-1.91043.1130.2833-2.28830.337-0.77771.55940.94080.07972.191-0.56010.59081.7643-0.02431.1514-43.455-48.0671127.381
93.8308-0.1004-3.97353.37390.85444.1724-1.11410.08350.1978-0.2854-0.4862-0.57831.11160.46190.17541.46970.09870.03031.67220.08211.2949-37.2999-46.1361157.7103
109.63428.06243.06579.24075.41926.0393-0.5153-5.4479-2.51632.2285-0.4845-1.08365.11990.33390.12771.44070.37470.25471.95810.14250.9655-36.6679-48.5961173.8051
116.5250.6811-2.0724-0.39010.96375.8108-0.18722.3474-0.2343-0.24010.06890.64350.47180.20510.34091.2145-0.38870.00860.87390.17591.0588-57.1565-43.7161138.8422
122.1-1.8318-2.60671.82373.58327.15921.30710.82791.5354-0.460.0512-1.43641.63972.864-0.06431.37851.5638-0.31084.25210.22681.3687-23.802-51.9149157.0676
136.3204-0.816.61716.3825-1.01216.8130.77642.5249-1.8273-1.57950.4579-0.63271.9273.2440.09071.88240.0974-0.02771.73940.57541.6605-32.8299-58.989150.7188
146.2531-3.59662.56342.4722-1.60729.17590.5867-0.5151.6240.13530.7092-2.14591.12223.85920.93111.5527-1.1890.24080.25460.42651.0582-50.5583-47.498136.204
153.1681.11490.10140.64990.04740.007-0.50751.1001-0.4003-3.95330.22150.6077-1.19830.52980.07983.39490.49130.85010.69780.37532.0469-71.3541-29.497141.0381
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 718 through 757 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 758 through 810 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 811 through 838 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 839 through 868 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 869 through 911 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 912 through 982 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 719 through 752 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 753 through 774 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 775 through 788 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 789 through 801 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 802 through 869 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 870 through 912 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 913 through 939 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 940 through 968 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 969 through 982 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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