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- PDB-5j5u: Fjoh_4561 chitin-binding protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j5u
タイトルFjoh_4561 chitin-binding protein
要素RagB/SusD domain protein
キーワードCHITIN-BINDING PROTEIN / Flavobacterium johnsoniae SusD homolog
機能・相同性SusD-like 2 / Starch-binding associating with outer membrane / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / RagB/SusD domain protein
機能・相同性情報
生物種Flavobacterium johnsoniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Koropatkin, N.M.
引用ジャーナル: Biotechnol Biofuels / 年: 2016
タイトル: A polysaccharide utilization locus from Flavobacterium johnsoniae enables conversion of recalcitrant chitin.
著者: Larsbrink, J. / Zhu, Y. / Kharade, S.S. / Kwiatkowski, K.J. / Eijsink, V.G. / Koropatkin, N.M. / McBride, M.J. / Pope, P.B.
履歴
登録2016年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.country / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RagB/SusD domain protein
B: RagB/SusD domain protein
C: RagB/SusD domain protein
D: RagB/SusD domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)215,9084
ポリマ－215,9084
非ポリマー00
水11,169620
1
A: RagB/SusD domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9771
ポリマ－53,9771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: RagB/SusD domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9771
ポリマ－53,9771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: RagB/SusD domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9771
ポリマ－53,9771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: RagB/SusD domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,9771
ポリマ－53,9771
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.706, 82.885, 93.905
Angle α, β, γ (deg.)66.440, 78.330, 67.560
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 36 - 505 / Label seq-ID: 15 - 484

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD

-
要素

#1: タンパク質
RagB/SusD domain protein


分子量: 53976.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Flavobacterium johnsoniae (strain ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101) (バクテリア)
株: ATCC 17061 / DSM 2064 / UW101 / 遺伝子: Fjoh_4561 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A5FB55
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 620 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.83 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: PegRx screen #2, condition 48: 3% Dextran sulfate sodium salt, 0.1 M Bicine pH 8.5, 15% Poly(ethylene) glycol 20,000
Temp details: room temp

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→44.49 Å / Num. obs: 181362 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 22.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/av σ(I): 7.88 / Net I/σ(I): 7.88
反射 シェル解像度: 2.3→2.382 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3061 / Mean I/σ(I) obs: 4.14 / % possible all: 96.68

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5J90

5j90


解像度: 2.3→44.49 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 27.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2626 3976 2.19 %
Rwork0.2139 --
obs0.215 181362 96.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 71.39 Å2 / Biso mean: 26.0173 Å2 / Biso min: 5.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→44.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14157 0 0 620 14777
Biso mean---25.32 -
残基数----1806
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00914500
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.13519653
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0482057
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062565
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.1185226
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A8573X-RAY DIFFRACTION3.515TORSIONAL
12B8573X-RAY DIFFRACTION3.515TORSIONAL
13C8573X-RAY DIFFRACTION3.515TORSIONAL
14D8573X-RAY DIFFRACTION3.515TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.32810.36611350.25636168630396
2.3281-2.35750.30661530.25266289644296
2.3575-2.38860.35571390.26036271641097
2.3886-2.42130.34921420.25726372651496
2.4213-2.45590.31831520.24876230638297
2.4559-2.49250.29891230.24086341646496
2.4925-2.53150.32561540.24926306646097
2.5315-2.5730.32371200.24946309642996
2.573-2.61730.32491700.2426273644396
2.6173-2.66490.26831120.24616374648697
2.6649-2.71620.29961430.24326236637996
2.7162-2.77160.27151570.23896403656097
2.7716-2.83180.34851290.24186298642797
2.8318-2.89770.27891410.23226328646997
2.8977-2.97020.31091640.2366413657797
2.9702-3.05040.24691280.22726317644597
3.0504-3.14020.29161160.2256354647097
3.1402-3.24150.33631620.22776327648997
3.2415-3.35730.24111320.22676389652197
3.3573-3.49170.26791480.22336319646797
3.4917-3.65050.20721460.21386340648697
3.6505-3.84290.23821360.19916403653997
3.8429-4.08350.24071460.18096378652498
4.0835-4.39860.20221430.16866425656897
4.3986-4.84070.1991540.16256368652298
4.8407-5.54010.22941360.17696398653498
5.5401-6.97550.20221510.1866399655098
6.9755-44.49780.22911440.19716358650297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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