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万見
- PDB-5j5k: CRYSTAL STRUCTURE OF AFMP4P IN COMPLEX WITH PALMITIC ACID -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5j5k
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF AFMP4P IN COMPLEX WITH PALMITIC ACID
要素Uncharacterized protein
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / VIRULENCE FACTOR / AFMP4 / PALMITIC ACID
機能・相同性Cell wall mannoprotein 1 / Hydrophobic surface binding protein A / extracellular region / alpha-D-mannopyranose / PALMITIC ACID / Cell wall mannoprotein 1
機能・相同性情報
生物種Neosartorya fumigata (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Zhang, H. / Hao, Q.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: A Novel Class Of Virulence Factors In Penicillium Marneffei And Aspergillus Fumigatus Enhances Intracellular Survival In Monocytes By Arachidonic Acid Binding
著者: Zhang, H. / Hao, Q. / Lam, W.H.
履歴
登録2016年4月3日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年10月11日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32023年11月8日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3523
ポリマ－16,9161
非ポリマー4372
水2,666148
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint4 kcal/mol
Surface area6840 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)124.836, 124.836, 124.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number211
Space group name H-MI432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-316-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 16915.633 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 38-194 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Neosartorya fumigata (strain ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100) (カビ)
株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_2G17630 / プラスミド: PPIC9K / 発現宿主: PICHIA PASTORIS (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: Q4WZA5
#2: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.66 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES PH 6.5, 25% POLYETHYLENE GLYCOL 4000, 0.2M MGCL2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, TEMPERATURE 298K
PH範囲: 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97922 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97922 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 12425 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 21.7 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / 冗長度: 19.9 % / Rmerge(I) obs: 0.433 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0110精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L1N

3l1n


解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 6.354 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.127 / ESU R Free: 0.119 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.184 601 4.8 %RANDOM
Rwork0.149 ---
obs0.151 12420 99.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.42 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1077 0 29 148 1254
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0221118
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02681
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9681.9911522
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.87131714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.8155152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.07428.7841
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.03215179
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.2202
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.021241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02171
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5725753
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.8225306
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2451206
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.7610365
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.65910315
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 53 -
Rwork0.185 852 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
114.03226.9764-2.147312.4215-0.04376.0530.0891-0.07770.00990.0769-0.1592-0.50910.09790.61770.07010.07890.02120.03940.18440.07570.073714.45685.27418.165
24.03083.1375-1.3626.229-2.21043.0807-0.0031-0.2174-0.1905-0.0046-0.2192-0.27870.29290.21520.22220.07280.03840.03740.10730.02940.06275.72680.51121.449
35.57422.2513-1.85225.9315-2.2815.1074-0.16630.46240.0613-0.43210.30840.22950.3589-0.402-0.14210.1208-0.0428-0.03720.0862-0.00340.0341-6.47278.38318.229
44.18211.4413-0.80842.9247-1.04941.970.0682-0.11360.56420.13360.02350.2699-0.2429-0.0289-0.09170.1449-0.0365-0.00940.0849-0.0260.087-0.18192.09420.625
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A26 - 39
2X-RAY DIFFRACTION2A40 - 96
3X-RAY DIFFRACTION3A97 - 128
4X-RAY DIFFRACTION4A129 - 176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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